賞菊須知 菊屬植物種類繁多，又含多種栽培種，兼具觀賞和藥用價值跷车，且染色體組結構從2n=18到8n=72之間肮塞，十分復雜逗柴，多年來難以攻破诸狭。 中藥所所長陳士林研究員先鱼、副研究員宋馳博...
IP屬地：江蘇
-
基因組文章 | Chrysanthemum nankingense《Molecular Plant》 2018 -
生信 | 基因組組裝實戰(zhàn)（三）：Kmer評估基因組寫在前面 以下內容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓班上記錄的課堂筆記 1.Kmer定義 雜合Kmer...
-
gce基因組特征評估 2019-07-24GCE下載安裝 在Linux系統(tǒng)下瓜客，直接在下載鏈接ftp中下載安裝适瓦。 GCE主要包含兩個主程序：kmer_freq_hash竿开，用于k-mer頻數(shù)統(tǒng)計；gce玻熙，用于基因組特征評...
-
2否彩、RNAseq(2)--測序原始數(shù)據(jù)處理（Clean data）1、fastq文件 一般我們從公司里得到的原始測序數(shù)據(jù)都是屬于fastq.gz文件, .gz是一種壓縮格式的縮寫嗦随，于是首先第一步是對這些壓縮格式進行解壓操作 解壓好的文件即正...
-
單細胞聚類---淺析監(jiān)督學習與無監(jiān)督學習
單細胞轉錄組分析在線性降維后通常要進行聚類列荔，使用到機器學習的常用方法，主要分為有監(jiān)督學習[supervised learning]和無監(jiān)督學習unsupervised lea...
-
-
R-Seurat單細胞數(shù)據(jù)分析流程Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]創(chuàng)建Seurat對象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
-
被子植物花器官發(fā)育的分子機制花發(fā)育是被子植物生命周期中一個重要的綜合發(fā)育過程贴浙，涉及無限生長向有限生長及不同發(fā)育方式的轉換，包括開花誘導署恍、信號傳遞崎溃、屬性決定、器官發(fā)生盯质，既受環(huán)境因子（如光周期袁串、溫度等）的誘...
-
scRNA基礎分析-1:安裝包、導入數(shù)據(jù)呼巷、過濾質控已經學習了轉錄組基本入門知識囱修，現(xiàn)在了解、學習下單細胞轉錄組(scRNA)相關知識朵逝。依舊是站在巨人的肩膀上看世界蔚袍，入門學習目前主要參考 微信公眾號--生信會客廳的單細胞轉錄組分...
-
文獻學習044--[sc+st]雞心臟發(fā)育的時空單細胞測序揭示細胞分化和形態(tài)發(fā)生之間的相互作用作者提供了數(shù)據(jù)和代碼[https://github.com/madhavmantri/chicken_heart/security]。 1. Spatially resolv...
-
【文獻分享】蘭花空間轉錄組植物空間轉錄組的文章其實并不多配名，除了前面分享的一篇華大做的擬南芥葉片的之外啤咽，這個可能是我看到的第二篇。所以渠脉，今天簡要分享這篇發(fā)表在NAR上面的宇整，復旦大學做的一個工作。 我們都...
-
文獻閱讀-《Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data》文獻名稱：教程：單細胞 RNA 測序數(shù)據(jù)的計算分析指南文獻期刊：nature protocols發(fā)表時間：2021-1-9 摘要 單細胞 RNA 測序技術 (scRNA-se...
-
scanpy官方教程2022||01-Preprocessing and clustering 3k PBMCs學習資料來源： scanpy主頁：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io...
-
scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心繪圖功能學習資料來源：scanpy主頁：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
-
單細胞轉錄組數(shù)據(jù)如何處理線粒體基因什么是線粒體基因 線粒體是參與細胞凋亡啟動和執(zhí)行的主要細胞器之一芋膘。線粒體基因在大多數(shù)細胞中表達鳞青，其表達水平是細胞類型特異性的。也就是說這個也是和細胞類型及其狀態(tài)有關系的为朋。 為...
-
【GEO數(shù)據(jù)庫挖掘】三胶惰、表達矩陣代碼參考： 1 構建新矩陣 圖1 全部數(shù)據(jù)的箱線圖，整體數(shù)據(jù)表達量在一條線上霞溪，表明可以比較 圖2 檢查樣本分布是否有問題 2 回到GSE42872表達矩陣 還有很多需要加工的...
-
【陪你學·生信】Bioinformatics For Dummies完結撒花
【陪你學·生信】序[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MzU2Mjc1OA==&mid=2247485255&idx=1&sn=2838...
-
實驗記錄2：Cellranger整理fastq數(shù)據(jù)為表達矩陣在分析單細胞轉錄組測序數(shù)據(jù)前，我們需要將原始的fastq測序文件轉化成我們可讀的數(shù)據(jù)坊饶，最好的方法是將數(shù)據(jù)整理為基因-細胞表達矩陣泄伪，如此一來后續(xù)的分析就能夠直接讀取到某細胞的某...
