2024年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)揭曉盆偿，一半授予大衛(wèi)·貝克（David Baker）狡恬，以表彰他在計(jì)算蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)領(lǐng)域的卓越貢獻(xiàn)既鞠；另一半則由德米斯·哈薩比斯（Demis Hassabis）和...
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一文看懂AlphaFold2&3輸出結(jié)果的json文件內(nèi)容 -
2023-03-22 幾個(gè)預(yù)測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)呜呐、理化性質(zhì)的在線工具
1.預(yù)測(cè)理化性質(zhì)：分子量(Da)垢箕、等電點(diǎn)(PI)\不穩(wěn)定系數(shù)(Instability index)皱炉、親水指數(shù)(Grand average of hydropathicity-...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—DEseq2差異分析轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的目的之一胡本，就是探索組間顯著表達(dá)變化的基因——差異表達(dá)基因。那么畸悬，如何基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的定量表達(dá)值侧甫，識(shí)別差異表達(dá)變化的基因或其它非編碼RNA分子呢？DESeq2是...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析前準(zhǔn)備——參考基因組準(zhǔn)備進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析前，需準(zhǔn)備好參考基因組文件蒿辙。醫(yī)學(xué)研究中應(yīng)用最多的就是人類拇泛、大鼠、小鼠思灌。本文以這三種為主進(jìn)行介紹俺叭。 參考基因組的下載可以進(jìn)入ensembl數(shù)據(jù)庫進(jìn)行 點(diǎn)擊畫紅框位...
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轉(zhuǎn)錄組分析流程概述轉(zhuǎn)錄組分析總體流程如圖所示，主要分為上游分析（原始數(shù)據(jù)質(zhì)量控制习瑰、比對(duì)绪颖、組裝、定量）甜奄，下游分析（差異分析柠横、富集分析）和高級(jí)分析（共表達(dá)分析、GSEA课兄、時(shí)序性分析等）牍氛。整個(gè)流程圖...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析——原始數(shù)據(jù)質(zhì)量控制（QC）獲得轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（.fastq文件）后的第一步就是對(duì)原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制。 目的 質(zhì)量控制的目的是全面查看原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量烟阐，內(nèi)容包括堿基質(zhì)量評(píng)估搬俊、GC含量檢驗(yàn)、N堿基數(shù)量評(píng)估蜒茄、TC...
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2022《Cell》 作物馴化與育種中的整合基因組學(xué)導(dǎo)讀 野生植物被成功地馴化為農(nóng)作物是人類文明的大事件檀葛。該過程的成功很大程度上要?dú)w功于持續(xù)的人工選擇玩祟。本文總結(jié)了過去十年在作物馴化和育種研究中的新發(fā)現(xiàn)。作物基因組圖譜的構(gòu)建和眾...
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群體適應(yīng)性分析——選擇信號(hào)●選擇信號(hào)：生物在自然選擇或人工選擇過程中转锈，由于選擇作用在基因組上留下的遺傳多態(tài)性降低盘寡、連鎖不平衡等選擇印記〈榭●選擇性清除（selective sweep）：受選擇基因座位的...
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ROH抚吠、近交系數(shù)、親緣系數(shù)弟胀、IBD楷力、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的孵户，基于ROH計(jì)算的基因組近交系數(shù)是個(gè)體真實(shí)的近交系數(shù)萧朝，它比傳統(tǒng)系譜...
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【可視作圖】VMD蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)可視化VMD軟件下載 一 個(gè) 功 能 同 樣 強(qiáng) 大 的 免 費(fèi)蛋 白 質(zhì) 三 維結(jié) 構(gòu)可 視 化軟 件VMD（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vm...
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任何人！十分鐘掌握Circos圖繪制
寫在寫在前面的前面 我不喜歡調(diào)用外部程序夏哭，如果是簡單的事情检柬。我覺得應(yīng)該用最簡單的方式來實(shí)現(xiàn)。如果你只是想畫一個(gè)簡單的Circos圖竖配，perl何址？不用的。R进胯？不用的用爪。網(wǎng)頁？不用的...
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基因組共線用MCScanX導(dǎo)讀 下載胁镐、安裝偎血、使用MCScanX分析NCBI taxonomy上下載的兩個(gè)梭菌基因組共線性情況。共線性又稱同線性盯漂，是一個(gè)物種的基因組中相互連鎖的基因颇玷，在另一物種的基因組中...
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泛基因組學(xué)習(xí)：第一天，了解泛基因組文章轉(zhuǎn)載自 微分基因公眾號(hào)http://www.sohu.com/a/273345614_100126902 僅供個(gè)人學(xué)習(xí)之用就缆。目前想學(xué)習(xí)泛基因組的知識(shí)帖渠，把所看到的的文獻(xiàn)記錄...
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生物基礎(chǔ)知識(shí)-CDS、ORF违崇、啟動(dòng)子阿弃、終止子诊霹、轉(zhuǎn)錄因子、UTR劉小澤寫于2020.2.8大概回顧一下基礎(chǔ)知識(shí) 一：ORF與CDS ORF：open reading frame（開放閱讀框） 它是理論上的蛋白編碼區(qū)渣淳，一般是先在DNA序列中...
