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0.NMF NMF是非負矩陣分解，也是常用的劃分亞組（亞型）的聚類方法之一咯玄括。 代碼主要參考了幫助文檔和曾老板的博客：http://www.bio-info-trainee....

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HPA數(shù)據(jù)庫（Human Protein Atlas）是基于蛋白組學,轉(zhuǎn)錄組學以及系統(tǒng)生物學數(shù)據(jù)，可以繪制組織船老、細胞、器官等圖譜圃酵。不僅收錄了腫瘤組織柳畔，也涵蓋了正常組織的蛋白表...

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0.需求解讀 這是富集分析比較常見的一個圖，左圖右表郭赐。 圖的最外層是GOterm的編號薪韩，中間灰色背景層表示基因的logFC分布，可以看到每個term對應到的市上調(diào)基因還是下調(diào)...

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歡迎關注公眾號“生信小課堂” TCGA數(shù)據(jù)分析課程：生物信息學教學 今天繼續(xù)我們TCGA在線數(shù)據(jù)庫系列观谦。今天介紹的數(shù)據(jù)庫是LinkedOmic,http://www.link...

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Cox 回歸模型 寫在最開頭：誠心推薦解螺旋麥子的Cox回歸模型R教學視頻Ｘ睬荨！承桥！如果你對cox還稀里糊涂的驻粟，下面的鏈接，點凶异！15分鐘就能GET超級舒爽的代碼~【Cox回歸的R...

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參考：山東大學 基礎醫(yī)學院 之前的博客我們講了生物數(shù)據(jù)庫之核酸數(shù)據(jù)庫蜀撑。這次我們來講蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的種類比核酸數(shù)據(jù)庫要多剩彬，但它的注釋要比核酸數(shù)據(jù)庫直白得多酷麦。像核酸數(shù)...

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一.問題描述：windows本地調(diào)試Hadoop程序時報錯錯誤信息： 其原因是需要在windows本地搭建Hadoop環(huán)境，下載winutils文件喉恋，并將hadoop-2.8...

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日常掰蝦 ??前面學習了DNA甲基化的基礎知識，也了解了它的重要性氓鄙，不知道的同學看這里馆揉，DNA甲基化知識概述[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz...

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Consensus Clustering(一致性聚類)，無監(jiān)督聚類方法抖拦，可根據(jù)不同組學數(shù)據(jù)集將樣本區(qū)分成幾個亞型升酣，從而發(fā)現(xiàn)新的疾病亞型或者對不同亞型進行比較分析舷暮。 Conse...

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原文鏈接：關聯(lián)分析(3):Apriori R語言實現(xiàn) 微信公眾號：機器學習養(yǎng)成記 搜索添加微信公眾號：chenchenwings 在關聯(lián)分析(1):概念及應用中我們介紹了關...

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熊金波實驗室出品 整理歸納：Larry 本次學習使用的服務器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...

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TCGA的樣品編碼方式（barcode)

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在我們的工作中，常常會有將一段未知或已知核苷酸序列（DNA/RNA）翻譯成氨基酸序列的需求噩茄。如果編程基礎過硬的話下面，自己寫個代碼翻譯三聯(lián)密碼子，正義鏈和反義鏈各三個移碼閱讀框绩聘。...

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1.生存曲線 基礎包survival+擴展包survminer驯遇。 survival包內(nèi)置肺癌數(shù)據(jù)集lung。 生存曲線進一步修飾蓄髓。 其他類型生存曲線繪制。fun參數(shù)默認pct...

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1. Odds Odds 的意思為機率会喝、可能性，是指某事件發(fā)生的可能性(概率)與不發(fā)生的可能性（概率）之比玩郊。假如某藥物有療效的比例為p1肢执，則無效的比為1-p1，則odds的計...