關(guān)于單細胞氣泡圖的做法氧枣，我們寫過很多很多，但是這些圖基本上都是利用Seurat提取了數(shù)據(jù)戳稽，然后在ggplot2中完成的蹄溉。因為Seurat包中的DotPlot函數(shù)的底層就是gg...
發(fā)簡信
IP屬地：河北
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NCS質(zhì)感圖表：Seurat單細胞DotPlot函數(shù)基因表達氣泡圖修飾 -
懦夫把困難舉在頭頂圈澈，英雄把困難踩在腳下
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install Matrix.utils
總之顯示一堆幺蛾子，然后這個代碼跑通了 install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Ma...
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【生信實戰(zhàn)】空間轉(zhuǎn)錄組反卷積——帶你了解Spot里究竟都有點啥細胞隨著空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的普及笙瑟，越來越多的課題開始使用這一技術(shù)楼镐。當前，以10X Visium為代表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)是目前最常見的技術(shù)逮走。然而鸠蚪，10X Visium由于技術(shù)本身的局限性...
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[轉(zhuǎn)載]/usr/bin/ld: 找不到 -lgfortran
最近安裝R包遇到的問題，原文在此师溅。本人只做筆記用茅信。發(fā)現(xiàn)同樣適用于Ubuntu16.04CentOS安裝R包報錯：/usr/bin/ld: cannot find -lgfor...
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這個世界流行離開蘸鲸，但我們卻不擅長告別
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文獻學習107-IL-1β+ macrophages fuel pathogenic inflammation in pancreatic cancer1. Identification of IL-1β+ TAMs in PDAC Fig 1a-c： 作者對新鮮分離的來自naive 或 chemotherapy treat...
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SpaceRanger下載安裝使用原文： https://mp.weixin.qq.com/s/gBj60iMNP1r2pjG9W77s9w[https://mp.weixin.qq.com/s/gBj60i...
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R語言分析4：一致性聚類分析（ConsensusClusterPlus）一致性聚類是一種提供定量證據(jù)的方法酌摇，用以確定數(shù)據(jù)集中可能的聚類的成員及數(shù)量膝舅，例如微陣列基因表達。這種方法在癌癥基因組學中得到了廣泛應用窑多，以發(fā)現(xiàn)了新的疾病分子亞類仍稀。一致性聚類方...
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小技巧2-melt()函數(shù)轉(zhuǎn)換(R)我們常見的數(shù)據(jù)一般長這樣： 作圖時常用的形式是這樣：（這個就是melt型數(shù)據(jù)） 圖片來源：[pandas]處理pcr數(shù)據(jù)的時候，melt真是好東西呀 - 路人乙小明的文章 -...
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單細胞差異基因分析：pseudobulk（muscat包）
單細胞差異基因的分析很多人一直使用的是Seurat自帶函數(shù)Findmarkers埂息。但是也有人提出這個分析結(jié)果不準確技潘，之前有篇Nature communications專門研究...
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單細胞簡易分群-各種細胞marker基因
探序基因腫瘤研究院整理[https://cancer.tanxugene.cn/] 免疫細胞：PRPTC 上皮細胞 epithelial cells：EPCAM T細胞，T ...
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基于EM算法的聚類R包mclust簡介 mclust是一種基于高斯混合分布千康，利用EM算法聚類的方法：mclust文獻轉(zhuǎn)送[https://journal.r-project.org/archive/2016/...
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R語言分組箱線圖添加顯著性標記簡單小例子部分示例數(shù)據(jù)如下 第一列是數(shù)值 第二列是處理一-第三列是處理二 最終出圖如下 這里自動做統(tǒng)計檢驗的函數(shù)是 stat_compare_means() 首先是做箱線圖和小提琴圖的...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— circlize 圖形前言 這一節(jié)享幽，我們將介紹 circlize 提供的圖形對象函數(shù)，這些函數(shù)默認在當前的單元格中繪制拾弃。因此值桩，如果在 panel.fun 函數(shù)外調(diào)用，需要傳遞扇形及軌跡的索引來指定...
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【R畫圖學習11.3】富集圈圖---circlize這幾年豪椿，我也陸陸續(xù)續(xù)在paper中看到一些環(huán)形的富集圖奔坟，有時候也挺好的，今天我們也來學習一下畫法砂碉，繼續(xù)練習circlize的技巧蛀蜜。 這次，我找了一個經(jīng)常做的GO富集的結(jié)果拿來...
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學做NAR圖表：ggraph做網(wǎng)絡圖最近在NAR上看到一篇文章： 原文網(wǎng)絡圖如下： 我們借此機會增蹭，通過ggraph作圖解析相關(guān)參數(shù)。詳細注釋代碼和參數(shù)已上傳QQ群文件磅摹！我做的圖如下滋迈，有一點問題，但不影響我們對這...
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韋恩圖腳本例子一 例子二 vennDiagram雖然是我畫Vene圖首選户誓，但是畫兩個以上就不會按數(shù)據(jù)比例畫圓圈,而是一樣大的圓饼灿。但是vennerable可以，唯一不足的是顏色不能設置原...
