一. 群體結(jié)構(gòu)評(píng)估 1.群體結(jié)構(gòu) 群體結(jié)構(gòu)評(píng)估內(nèi)容構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)群體結(jié)構(gòu)分析PCA（主成分分析） a.系統(tǒng)發(fā)育樹(shù) 一般 GWAS 都是種間的，用 NJ 法就可以还最，maga 就...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
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GWAS理論 1-3 群體結(jié)構(gòu)與親緣關(guān)系評(píng)估 -
GWAS學(xué)習(xí)筆記（2）-GWAS分析具體流程y一缓艳、認(rèn)識(shí)文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存儲(chǔ)何種數(shù)據(jù) 五種格式 ①ped（pedigree，家系）：包含樣本的譜系信息和基因型信息肥缔，必須與f...
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GWAS 分析練習(xí)（二）關(guān)聯(lián)分析關(guān)聯(lián)分析就是將突變與表型聯(lián)系起來(lái)，如果表型是分類的，最簡(jiǎn)單的方法就是卡方檢驗(yàn)超埋。plink - -assoc 原理就是這樣，但不能添加協(xié)變量佳鳖，plink - -logistic...
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vcf文件與vcftools（二）
vcftools是用來(lái)處理vcf和bcf文件的工具集霍殴，功能涵蓋了過(guò)濾，數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換系吩，一些指標(biāo)的統(tǒng)計(jì)計(jì)算繁成，vcf文件之間變異信息的差異比較等等。 1.基本用法 2.使用 官網(wǎng)提...
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R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)-T檢驗(yàn)
寫(xiě)在前面搬運(yùn)自公眾號(hào)bioLinkx t檢驗(yàn)用于檢驗(yàn)兩個(gè)總體均值是否一致淑玫，分為單樣本t檢驗(yàn)巾腕、獨(dú)立樣本t檢驗(yàn)和配對(duì)樣本t檢驗(yàn)。 t檢驗(yàn)適用條件：小樣本絮蒿、正態(tài)分布尊搬、方差齊性 若是...
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R語(yǔ)言可視化（二十七）：序列l(wèi)ogo圖繪制27. 序列l(wèi)ogo圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用seqLogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用ggseqlogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用motifStack包...
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利用R包ggmsa進(jìn)行多序列比對(duì)_2020-05-31## 1.設(shè)置當(dāng)前工作目錄 setwd("./ggmsa") ## 2.安裝和導(dǎo)入R包 # install.packages("ggmsa") library(ggmsa) ...
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2021-11-12R包安裝報(bào)錯(cuò)怎么解決實(shí)話說(shuō)，這是一個(gè)非常龐大的問(wèn)題土涝，因?yàn)檫@個(gè)牽扯到服務(wù)器硬件佛寿，系統(tǒng)等軟件因素，還有一些網(wǎng)絡(luò)問(wèn)題導(dǎo)致的玄學(xué)問(wèn)題但壮，復(fù)雜性導(dǎo)致它很有挑戰(zhàn)冀泻。但是，我們不能因?yàn)橛刑魬?zhàn)性就放棄了蜡饵，畢竟總會(huì)不...
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多個(gè)Sanger測(cè)序結(jié)果和多序列比對(duì)結(jié)果的可視化寫(xiě)在前面 轉(zhuǎn)眼五一假期就要結(jié)束弹渔。事實(shí)上，在每一個(gè)假期溯祸，我總是有一些想做的事情肢专，比如完成某個(gè)分析任務(wù)舞肆？或者是寫(xiě)一個(gè)不錯(cuò)的工具。今次假期比較特殊博杖，我似乎變得愿意安排出時(shí)間陪伴本應(yīng)...
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IGV 導(dǎo)入本地基因組及注釋文件IGV軟件有自帶的基因組文件和注釋文件椿胯，使用自帶的還是方便一些。但是剃根，其使用的注釋文件和基因組文件可能與我們數(shù)據(jù)分析時(shí)的不一致哩盲，這時(shí)候我們可視化bigwig文件或者bam文件...
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在IGV里同時(shí)查看多個(gè)region/gene之前使用IGV查看ChIP-seq結(jié)果的時(shí)候，一般就是只看某一個(gè)基因附近的peaks狈醉，或者同時(shí)打開(kāi)好幾個(gè)IGV界面(sessions)查看多個(gè)基因种冬。從來(lái)沒(méi)有幾個(gè)基因一起查看過(guò)...
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IGV 雜記網(wǎng)頁(yè)在線版 https://igv.org/app/[https://igv.org/app/] 本地安裝，下載網(wǎng)址：http://software.broadinsti...
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IGV腳本批量截圖IGV腳本批量截圖 IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因組瀏覽器舔糖。我們常常用它來(lái)查看一些位點(diǎn)或者區(qū)域的變化娱两。在一些文章的附...
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IGV導(dǎo)出SVG圖片導(dǎo)入到AI里的方法
前言 從IGV里導(dǎo)出矢量圖格式SVG，雖然可以直接用chrome查看金吗，但是用AI打開(kāi)編輯時(shí)會(huì)報(bào)錯(cuò)十兢，并只剩下框架，沒(méi)有各個(gè)tracks摇庙，如下圖： 有些版本還會(huì)報(bào)帶有Tiny的提...
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Tracksplot的繪制（繪圖基礎(chǔ)知識(shí)）最近年中匯總旱物，會(huì)持續(xù)到6月底，我們就分享一些基礎(chǔ)知識(shí)卫袒！ 我們的任務(wù)是實(shí)現(xiàn)下面這張圖 直接開(kāi)始,讀取數(shù)據(jù) 開(kāi)始繪制 在這里我們大功告成宵呛，完成上面圖譜的繪制。 擴(kuò)展一下 使用gg...
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基因結(jié)構(gòu)繪圖UTR夕凝、外顯子和內(nèi)含子位置和結(jié)構(gòu) 運(yùn)用在線分析工具GSDS(Gene Structure Display Server)繪制基因內(nèi)含子-外顯子結(jié)構(gòu)圖網(wǎng)址：Gene Struc...
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R語(yǔ)言：gggenes在基因組中畫(huà)基因箭頭圖導(dǎo)讀 gggenes: Draw Gene Arrow Maps in 'ggplot2'宝穗。 Github：gggens[https://github.com/wilkox/...
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genoplotR對(duì)基因組比較結(jié)果的展示先運(yùn)行一段小的代碼 一些數(shù)據(jù)格式的說(shuō)明 dna_segs： （name，start码秉，end逮矛，strand這四項(xiàng)是必須要的col，lty转砖，lwd须鼎，pch，cex府蔗，gene_ty...
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genoPlotR繪制基因結(jié)構(gòu)圖繪制基因結(jié)構(gòu)圖的方法有很多晋控，TBtools,GSDS網(wǎng)站等;今天介紹如何通過(guò)R繪制基因結(jié)構(gòu)圖，廢話不多說(shuō)直接看代碼姓赤。 只需要安裝加載所需要的R包赡译，讀入如下示例格式數(shù)據(jù)即可,
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跟著Nature Genetics學(xué)畫(huà)圖：R語(yǔ)言ggbio包畫(huà)基因結(jié)構(gòu)圖論文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wi...