最近有好多學(xué)弟學(xué)妹來問我關(guān)于京東管培的事兒呀延欠，就趁著TET14的號角還沒有完全吹響做一波TET13京東管培的面試Review父腕。2019年兜兜轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)，幾乎把所有上海和杭州聽說過名...
發(fā)簡信
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京東TET管培全流程面經(jīng)吐血整理
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計算WGS/WES/panel捕獲效率/覆蓋度的方法有哪些
WGS, WES, or targeted sequencing數(shù)據(jù)分析的時候，經(jīng)常需要計算全基因組整體的平均測序深度或者 target 區(qū)域的覆蓋度岁经，從而考察試劑盒的捕獲效...
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??[linux]根據(jù)一串ID批量提取另外一個文件的指定行一地梨、待解決問題 A文件如下所示。tip:ID列指的是圖中帶紅框的那列,A大小73.1MB毯盈、B大小約1GBimage.png B文件是從網(wǎng)上下載的注釋文件"GCF_000001...
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bcftools：根據(jù)染色體提取vcf中的信息
根據(jù)染色體提取vcf中的信息： bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_...
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使用bcftools view 拆分vcf格式文件首先看一下bcftools view用法 我們重點關(guān)注Subset 和output選項 我們僅使用-o -O -s -S 這四個選項 -o 輸出為標(biāo)準(zhǔn)的vcf文件剃毒，如果輸出...
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生物序列搜索算法的進化
這是我上的生物信息學(xué)課前三周主要學(xué)習(xí)的一篇文章，自己進行了全文翻譯搂赋。本來應(yīng)該在實驗室做實驗的我赘阀，現(xiàn)在卻只能在宅在家里摸魚學(xué)習(xí)，一周兩節(jié)網(wǎng)課約等于沒課脑奠，簡直是愉快地荒廢了整個學(xué)...
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matplotlib 畫圖的相關(guān)設(shè)置：坐標(biāo)軸刻度字體基公、大小等
導(dǎo)入包 設(shè)置坐標(biāo)軸范圍 設(shè)置坐標(biāo)軸名稱、字體宋欺、大小 設(shè)置坐標(biāo)軸刻度轰豆、字體、大小 標(biāo)題齿诞、字體秒咨、大小 圖例、字體掌挚、大小 設(shè)置xtick和ytick的方向：in雨席、out、inout
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[pyecharts1.7] 坐標(biāo)軸設(shè)置：X軸吠式、Y軸通用
本文檔（以及pyecharts使用手冊中的其他文檔）將會持續(xù)更新陡厘。 有些內(nèi)容標(biāo)記為待更新的抽米，有時間我會補充上。個人精力有限糙置，優(yōu)先發(fā)布在公眾號上云茸，有興趣的可以關(guān)注一下哈：微信公...
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Python中matplotlib模塊plot用法，實現(xiàn)繪畫折線谤饭，點狀等圖前序 在用Python做數(shù)據(jù)分析的時候标捺，難免會遇到把數(shù)據(jù)整理成圖表，如柱線圖揉抵，折線圖亡容，餅圖等。這里介紹 折線圖/點狀圖 簡單用法冤今。 1. 語法 2. 簡單用法 3. plot...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（2）在開始筆記之前我只想吐槽一下戏罢，官網(wǎng)里這一部分的代碼錯的離譜Ｎ萏贰！龟糕！各種報錯報的我懷疑人生桐磁。。讲岁。 第四節(jié) 比對結(jié)果過濾和文件格式轉(zhuǎn)換 （一）利用比對質(zhì)量過濾比對上的【可選步驟】 ...
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理解SAM文件格式以及過濾sam文件RNA-seq或者ChIP-seq等等測序的上游分析流程里的比對步驟相信大家都知道所意，我之前也只是按照各種教程去走流程，并沒有仔細(xì)的研究過每一步的內(nèi)容催首。今天這篇文章學(xué)習(xí)一下sa...
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暫別簡書扶踊，后會有期
我不是老師，也不是大神郎任，更不是前輩秧耗。我只是個普通的科研工作者，一個只想努力變得更好的人舶治。 來到簡書快3年了分井，期間寫了不少的筆記。很多的筆記是在疫情嚴(yán)重時wfh的時候?qū)懙拿姑汀Ｖ两?..
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Mapping Ion Torrent Data used Novoalign
Mapping Ion Torrent Data used Novoalign What：比較Novoaligin和TMAP程序在比對Ion Torrent數(shù)據(jù)時的準(zhǔn)確性 W...
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測序深度和測序覆蓋度尺锚，怎么估算？在我們開始測序之前惜浅，經(jīng)常會被問道瘫辩，你需要的測序深度和測序覆蓋度的概念，比如在測序線粒體的DNA時候，測序小哥就問說1個G的數(shù)據(jù)量夠了嗎伐厌？下面就給大家解釋下這兩個概念： 測...
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重測序分析
重測序：是對已對已知基因組的物種進行測序承绸，去挖掘不同個體和群體之間的差異性。 重測序分析內(nèi)容： SNP挣轨，INDEL, SV , SNV 進化分析军熏，群體結(jié)構(gòu)： LD,FST 分...
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我的ChIP-Seq(2): cutadapt/fastp/Trimmomatic 過濾軟件選擇過濾軟件的比較與選擇：cutadapt/fastp/trimmomatic 注：還沒有完全搞明白，先總結(jié)一下特點和使用卷扮，之后再慢慢體會荡澎、總結(jié)經(jīng)驗本次只針對雙端PE算法都沒好好...
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Seqkit小工具處理序列、提取序列IDSeqkit是一款專門處理fsata/q序列文件的軟件晤锹，由go語言編寫摩幔，功能比較完善，軟件使用也很穩(wěn)定抖甘。 優(yōu)點1.能夠非常全面的處理fasta/q文件，運行速度超快的序列工具...
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基礎(chǔ)——illumina測序原理與細(xì)節(jié)（以RNA-seq為例）目前我們主要分析的數(shù)據(jù)還是二代測序的數(shù)據(jù)葫慎，也就是大家經(jīng)常掛在嘴邊的 NGS衔彻，而這其中最大的贏家應(yīng)該算是 illumina 測序公司了，其經(jīng)典的邊合成邊測序（sequencin...
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bamdst: bam文件深度統(tǒng)計
下載安裝 git clone https://github.com/shiquan/bamdst.gitcd bamdst/make 使用 先看看example/里面有些啥 ...
