最近有好多學弟學妹來問我關于京東管培的事兒呀率碾，就趁著TET14的號角還沒有完全吹響做一波TET13京東管培的面試Review吨岭。2019年兜兜轉轉，幾乎把所有上海和杭州聽說過名...
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京東TET管培全流程面經吐血整理
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計算WGS/WES/panel捕獲效率/覆蓋度的方法有哪些
WGS, WES, or targeted sequencing數據分析的時候础嫡，經常需要計算全基因組整體的平均測序深度或者 target 區(qū)域的覆蓋度啼染，從而考察試劑盒的捕獲效...
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??[linux]根據一串ID批量提取另外一個文件的指定行一厂庇、待解決問題 A文件如下所示座柱。tip:ID列指的是圖中帶紅框的那列,A大小73.1MB迷帜、B大小約1GBimage.png B文件是從網上下載的注釋文件"GCF_000001...
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bcftools：根據染色體提取vcf中的信息
根據染色體提取vcf中的信息： bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_...
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使用bcftools view 拆分vcf格式文件首先看一下bcftools view用法 我們重點關注Subset 和output選項 我們僅使用-o -O -s -S 這四個選項 -o 輸出為標準的vcf文件，如果輸出...
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生物序列搜索算法的進化
這是我上的生物信息學課前三周主要學習的一篇文章色洞，自己進行了全文翻譯戏锹。本來應該在實驗室做實驗的我，現在卻只能在宅在家里摸魚學習火诸，一周兩節(jié)網課約等于沒課锦针，簡直是愉快地荒廢了整個學...
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matplotlib 畫圖的相關設置：坐標軸刻度字體、大小等
導入包 設置坐標軸范圍 設置坐標軸名稱置蜀、字體伞插、大小 設置坐標軸刻度、字體盾碗、大小 標題、字體舀瓢、大小 圖例廷雅、字體、大小 設置xtick和ytick的方向：in京髓、out航缀、inout
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[pyecharts1.7] 坐標軸設置：X軸、Y軸通用
本文檔（以及pyecharts使用手冊中的其他文檔）將會持續(xù)更新堰怨。 有些內容標記為待更新的芥玉，有時間我會補充上。個人精力有限备图，優(yōu)先發(fā)布在公眾號上灿巧，有興趣的可以關注一下哈：微信公...
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Python中matplotlib模塊plot用法，實現繪畫折線揽涮，點狀等圖前序 在用Python做數據分析的時候抠藕，難免會遇到把數據整理成圖表，如柱線圖蒋困，折線圖盾似，餅圖等。這里介紹 折線圖/點狀圖 簡單用法雪标。 1. 語法 2. 簡單用法 3. plot...
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CUT&Tag數據分析筆記（2）在開始筆記之前我只想吐槽一下，官網里這一部分的代碼錯的離譜８娉Ｗァ！各種報錯報的我懷疑人生玄妈。乾吻。。 第四節(jié) 比對結果過濾和文件格式轉換 （一）利用比對質量過濾比對上的【可選步驟】 ...
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理解SAM文件格式以及過濾sam文件RNA-seq或者ChIP-seq等等測序的上游分析流程里的比對步驟相信大家都知道拟蜻，我之前也只是按照各種教程去走流程绎签，并沒有仔細的研究過每一步的內容。今天這篇文章學習一下sa...
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暫別簡書酝锅，后會有期
我不是老師诡必，也不是大神，更不是前輩搔扁。我只是個普通的科研工作者爸舒，一個只想努力變得更好的人。 來到簡書快3年了稿蹲，期間寫了不少的筆記扭勉。很多的筆記是在疫情嚴重時wfh的時候寫的。至今...
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Mapping Ion Torrent Data used Novoalign
Mapping Ion Torrent Data used Novoalign What：比較Novoaligin和TMAP程序在比對Ion Torrent數據時的準確性 W...
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測序深度和測序覆蓋度苛聘，怎么估算涂炎？在我們開始測序之前，經常會被問道设哗，你需要的測序深度和測序覆蓋度的概念唱捣，比如在測序線粒體的DNA時候，測序小哥就問說1個G的數據量夠了嗎网梢？下面就給大家解釋下這兩個概念： 測...
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重測序分析
重測序：是對已對已知基因組的物種進行測序震缭，去挖掘不同個體和群體之間的差異性。 重測序分析內容： SNP战虏，INDEL, SV , SNV 進化分析拣宰，群體結構： LD,FST 分...
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我的ChIP-Seq(2): cutadapt/fastp/Trimmomatic 過濾軟件選擇過濾軟件的比較與選擇：cutadapt/fastp/trimmomatic 注：還沒有完全搞明白，先總結一下特點和使用烦感，之后再慢慢體會徐裸、總結經驗本次只針對雙端PE算法都沒好好...
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Seqkit小工具處理序列、提取序列IDSeqkit是一款專門處理fsata/q序列文件的軟件啸盏，由go語言編寫重贺，功能比較完善，軟件使用也很穩(wěn)定。 優(yōu)點1.能夠非常全面的處理fasta/q文件气笙，運行速度超快的序列工具...
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基礎——illumina測序原理與細節(jié)（以RNA-seq為例）目前我們主要分析的數據還是二代測序的數據次企，也就是大家經常掛在嘴邊的 NGS，而這其中最大的贏家應該算是 illumina 測序公司了潜圃，其經典的邊合成邊測序（sequencin...
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bamdst: bam文件深度統(tǒng)計
下載安裝 git clone https://github.com/shiquan/bamdst.gitcd bamdst/make 使用 先看看example/里面有些啥 ...
