最近有好多學(xué)弟學(xué)妹來問我關(guān)于京東管培的事兒呀，就趁著TET14的號(hào)角還沒有完全吹響做一波TET13京東管培的面試Review转捕。2019年兜兜轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)作岖，幾乎把所有上海和杭州聽說過名...
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京東TET管培全流程面經(jīng)吐血整理
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計(jì)算WGS/WES/panel捕獲效率/覆蓋度的方法有哪些
WGS, WES, or targeted sequencing數(shù)據(jù)分析的時(shí)候，經(jīng)常需要計(jì)算全基因組整體的平均測(cè)序深度或者 target 區(qū)域的覆蓋度五芝，從而考察試劑盒的捕獲效...
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??[linux]根據(jù)一串ID批量提取另外一個(gè)文件的指定行一痘儡、待解決問題 A文件如下所示。tip:ID列指的是圖中帶紅框的那列,A大小73.1MB枢步、B大小約1GBimage.png B文件是從網(wǎng)上下載的注釋文件"GCF_000001...
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bcftools：根據(jù)染色體提取vcf中的信息
根據(jù)染色體提取vcf中的信息： bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_...
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使用bcftools view 拆分vcf格式文件首先看一下bcftools view用法 我們重點(diǎn)關(guān)注Subset 和output選項(xiàng) 我們僅使用-o -O -s -S 這四個(gè)選項(xiàng) -o 輸出為標(biāo)準(zhǔn)的vcf文件沉删，如果輸出...
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生物序列搜索算法的進(jìn)化
這是我上的生物信息學(xué)課前三周主要學(xué)習(xí)的一篇文章，自己進(jìn)行了全文翻譯醉途。本來應(yīng)該在實(shí)驗(yàn)室做實(shí)驗(yàn)的我矾瑰，現(xiàn)在卻只能在宅在家里摸魚學(xué)習(xí)，一周兩節(jié)網(wǎng)課約等于沒課隘擎，簡直是愉快地荒廢了整個(gè)學(xué)...
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matplotlib 畫圖的相關(guān)設(shè)置：坐標(biāo)軸刻度字體殴穴、大小等
導(dǎo)入包 設(shè)置坐標(biāo)軸范圍 設(shè)置坐標(biāo)軸名稱、字體货葬、大小 設(shè)置坐標(biāo)軸刻度采幌、字體、大小 標(biāo)題震桶、字體植榕、大小 圖例、字體尼夺、大小 設(shè)置xtick和ytick的方向：in尊残、out、inout
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[pyecharts1.7] 坐標(biāo)軸設(shè)置：X軸淤堵、Y軸通用
本文檔（以及pyecharts使用手冊(cè)中的其他文檔）將會(huì)持續(xù)更新寝衫。 有些內(nèi)容標(biāo)記為待更新的，有時(shí)間我會(huì)補(bǔ)充上拐邪。個(gè)人精力有限慰毅，優(yōu)先發(fā)布在公眾號(hào)上，有興趣的可以關(guān)注一下哈：微信公...
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Python中matplotlib模塊plot用法扎阶，實(shí)現(xiàn)繪畫折線汹胃，點(diǎn)狀等圖前序 在用Python做數(shù)據(jù)分析的時(shí)候婶芭，難免會(huì)遇到把數(shù)據(jù)整理成圖表，如柱線圖着饥，折線圖犀农，餅圖等。這里介紹 折線圖/點(diǎn)狀圖 簡單用法宰掉。 1. 語法 2. 簡單用法 3. plot...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（2）在開始筆記之前我只想吐槽一下轨奄，官網(wǎng)里這一部分的代碼錯(cuò)的離譜Ｃ虾Α！挪拟！各種報(bào)錯(cuò)報(bào)的我懷疑人生挨务。。玉组。 第四節(jié) 比對(duì)結(jié)果過濾和文件格式轉(zhuǎn)換 （一）利用比對(duì)質(zhì)量過濾比對(duì)上的【可選步驟】 ...
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理解SAM文件格式以及過濾sam文件RNA-seq或者ChIP-seq等等測(cè)序的上游分析流程里的比對(duì)步驟相信大家都知道谎柄，我之前也只是按照各種教程去走流程，并沒有仔細(xì)的研究過每一步的內(nèi)容球切。今天這篇文章學(xué)習(xí)一下sa...
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暫別簡書，后會(huì)有期
我不是老師绒障，也不是大神吨凑，更不是前輩。我只是個(gè)普通的科研工作者户辱，一個(gè)只想努力變得更好的人鸵钝。 來到簡書快3年了，期間寫了不少的筆記庐镐。很多的筆記是在疫情嚴(yán)重時(shí)wfh的時(shí)候?qū)懙亩魃獭Ｖ两?..
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Mapping Ion Torrent Data used Novoalign
Mapping Ion Torrent Data used Novoalign What：比較Novoaligin和TMAP程序在比對(duì)Ion Torrent數(shù)據(jù)時(shí)的準(zhǔn)確性 W...
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測(cè)序深度和測(cè)序覆蓋度，怎么估算必逆？在我們開始測(cè)序之前怠堪，經(jīng)常會(huì)被問道，你需要的測(cè)序深度和測(cè)序覆蓋度的概念名眉，比如在測(cè)序線粒體的DNA時(shí)候粟矿，測(cè)序小哥就問說1個(gè)G的數(shù)據(jù)量夠了嗎？下面就給大家解釋下這兩個(gè)概念： 測(cè)...
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重測(cè)序分析
重測(cè)序：是對(duì)已對(duì)已知基因組的物種進(jìn)行測(cè)序损拢，去挖掘不同個(gè)體和群體之間的差異性陌粹。 重測(cè)序分析內(nèi)容： SNP，INDEL, SV , SNV 進(jìn)化分析福压，群體結(jié)構(gòu)： LD,FST 分...
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我的ChIP-Seq(2): cutadapt/fastp/Trimmomatic 過濾軟件選擇過濾軟件的比較與選擇：cutadapt/fastp/trimmomatic 注：還沒有完全搞明白掏秩，先總結(jié)一下特點(diǎn)和使用或舞，之后再慢慢體會(huì)、總結(jié)經(jīng)驗(yàn)本次只針對(duì)雙端PE算法都沒好好...
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Seqkit小工具處理序列蒙幻、提取序列IDSeqkit是一款專門處理fsata/q序列文件的軟件映凳，由go語言編寫，功能比較完善杆煞，軟件使用也很穩(wěn)定魏宽。 優(yōu)點(diǎn)1.能夠非常全面的處理fasta/q文件，運(yùn)行速度超快的序列工具...
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基礎(chǔ)——illumina測(cè)序原理與細(xì)節(jié)（以RNA-seq為例）目前我們主要分析的數(shù)據(jù)還是二代測(cè)序的數(shù)據(jù)决乎，也就是大家經(jīng)常掛在嘴邊的 NGS队询，而這其中最大的贏家應(yīng)該算是 illumina 測(cè)序公司了，其經(jīng)典的邊合成邊測(cè)序（sequencin...
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bamdst: bam文件深度統(tǒng)計(jì)
下載安裝 git clone https://github.com/shiquan/bamdst.gitcd bamdst/make 使用 先看看example/里面有些啥 ...
