最近為了RNA-seq和iCLIP-seq的分析任務(wù)，靠朋友關(guān)系找了一個私有服務(wù)器呈枉，只能開個普通賬號，系統(tǒng)是CentOS 8剩蟀，一切都要苦逼的重新配置。 以下記錄我配置環(huán)境的全...
IP屬地：北京
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[2022-9-18]iCLIP-seq Analysis 配置分析環(huán)境
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轉(zhuǎn)錄組----可變剪接分析-rMATs●可變剪切（differential splicing）也叫做選擇性剪切alternative splicing, 指的是在mRNA前體到成熟mRNA的過程當(dāng)中缰冤，不同的剪切方...
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筆記：rmats繪圖結(jié)果怎么看rmats是一款比較好的分析可變剪切的分析軟件棉浸，將rmats分析的結(jié)果，利用rmats2sashimiplot繪畫出的圖也是比較漂亮的刺彩， 可變剪切事件： 可變剪切事件可以分為...
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手把手教你做單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析（六）——組間差異分析及可視化往期回顧： 在前面的課程中我們已經(jīng)進(jìn)行過“單樣本數(shù)據(jù)分析[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s...
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NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)（五）：基因差異表達(dá)分析第五節(jié)：基因差異表達(dá)分析 在本節(jié)教程中迷郑，我們將介紹基因差異表達(dá)分析的相關(guān)知識。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中创倔，差異表達(dá)分析可以具有多種功能嗡害，例如鑒定細(xì)胞群的標(biāo)記基因，以及跨條件（健康與對...
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單細(xì)胞 （小鼠）| 差異分析＋GSEA通路富集
教程：FindMarkers做差異分析默認(rèn)就不會返回全部基因 - 騰訊云開發(fā)者社區(qū)-騰訊云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/d...
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motif分析——從實戰(zhàn)到原理（Homer篇）一畦攘、不求甚解系列 軟件下載及配置 conda安裝： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER軟件的...
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2019-06-17 homer motif結(jié)果作氣泡圖
y<- read.table("motif-logP.txt",sep= "," , header= T) head(y) motif logPvalue type...
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scRNA-Seq | 單細(xì)胞功能注釋和富集分析(GO、KEGG摆出、GSEA)一朗徊、多個亞群各自marker基因聯(lián)合進(jìn)行GO以及KEGG分析 在前面幾節(jié)我們已經(jīng)知道各個細(xì)胞亞群的 marker 基因，接下來我們對這些marker基因進(jìn)行功能注釋和富集分析...
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Monocle2包學(xué)習(xí)筆記（一）：Getting Started with Monocle
Monocle包是一個強(qiáng)大的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析工具偎漫，它引入了一個對單細(xì)胞進(jìn)行排序的新方法（擬時序分析）爷恳，通過利用不同細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控的異步過程，將它們沿著與生物過程（如細(xì)胞分化...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)041--[sc]小鼠20器官單細(xì)胞圖譜數(shù)據(jù)庫Tabula Muris2018年10月5日象踊，來自美國斯坦福大學(xué)温亲、陳-扎克伯格生物中心（Chan Zuckerberg Biohub）棚壁，弗吉尼亞州帕洛阿爾托醫(yī)療保健系統(tǒng)和加州大學(xué)的一個龐大的研究團(tuán)隊...
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單細(xì)胞交響樂31-實戰(zhàn)十四 10X HCA計劃的38萬骨髓細(xì)胞劉小澤寫于2020.7.22為何取名叫“交響樂”？因為單細(xì)胞分析就像一個大樂團(tuán)栈虚，需要各個流程的協(xié)同配合單細(xì)胞交響樂1-常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)SingleCellExperiment單...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF袖外，motifs）-SCENIC相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過SCENIC的使用，這兒魂务，針對我自己對SCENIC的學(xué)習(xí)使用曼验，遇到的問題做一個詳細(xì)的講解說明，希望能對大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助粘姜。 SC...
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R-SCENIC 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析文章接受鬓照，終于有空再發(fā)點筆記了?? SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下圖所示。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)孤紧，結(jié)合的緊密程度是動態(tài)變化的豺裆。當(dāng) DNA 需要復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時，結(jié)合變得松散讓 DNA 暴露号显。暴露的 ...
