最近為了RNA-seq和iCLIP-seq的分析任務(wù)晒他，靠朋友關(guān)系找了一個(gè)私有服務(wù)器遍尺，只能開個(gè)普通賬號(hào)啤斗，系統(tǒng)是CentOS 8，一切都要苦逼的重新配置烙如。 以下記錄我配置環(huán)境的全...
IP屬地：北京
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[2022-9-18]iCLIP-seq Analysis 配置分析環(huán)境
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蕪湖漂辐，我又回來(lái)了，和坐過(guò)山車一樣
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轉(zhuǎn)錄組----可變剪接分析-rMATs●可變剪切（differential splicing）也叫做選擇性剪切alternative splicing, 指的是在mRNA前體到成熟mRNA的過(guò)程當(dāng)中棕硫，不同的剪切方...
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筆記：rmats繪圖結(jié)果怎么看rmats是一款比較好的分析可變剪切的分析軟件哈扮，將rmats分析的結(jié)果纬纪，利用rmats2sashimiplot繪畫出的圖也是比較漂亮的， 可變剪切事件： 可變剪切事件可以分為...
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手把手教你做單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析（六）——組間差異分析及可視化往期回顧： 在前面的課程中我們已經(jīng)進(jìn)行過(guò)“單樣本數(shù)據(jù)分析[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s...
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NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（五）：基因差異表達(dá)分析第五節(jié)：基因差異表達(dá)分析 在本節(jié)教程中灶泵，我們將介紹基因差異表達(dá)分析的相關(guān)知識(shí)育八。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，差異表達(dá)分析可以具有多種功能赦邻，例如鑒定細(xì)胞群的標(biāo)記基因髓棋，以及跨條件（健康與對(duì)...
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單細(xì)胞 （小鼠）| 差異分析＋GSEA通路富集
教程：FindMarkers做差異分析默認(rèn)就不會(huì)返回全部基因 - 騰訊云開發(fā)者社區(qū)-騰訊云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/d...
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motif分析——從實(shí)戰(zhàn)到原理（Homer篇）一、不求甚解系列 軟件下載及配置 conda安裝： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER軟件的...
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2019-06-17 homer motif結(jié)果作氣泡圖
y<- read.table("motif-logP.txt",sep= "," , header= T) head(y) motif logPvalue type...
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scRNA-Seq | 單細(xì)胞功能注釋和富集分析(GO恬吕、KEGG签则、GSEA)一、多個(gè)亞群各自marker基因聯(lián)合進(jìn)行GO以及KEGG分析 在前面幾節(jié)我們已經(jīng)知道各個(gè)細(xì)胞亞群的 marker 基因铐料，接下來(lái)我們對(duì)這些marker基因進(jìn)行功能注釋和富集分析...
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Monocle2包學(xué)習(xí)筆記（一）：Getting Started with Monocle
Monocle包是一個(gè)強(qiáng)大的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析工具渐裂，它引入了一個(gè)對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行排序的新方法（擬時(shí)序分析），通過(guò)利用不同細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控的異步過(guò)程钠惩，將它們沿著與生物過(guò)程（如細(xì)胞分化...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)041--[sc]小鼠20器官單細(xì)胞圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)Tabula Muris2018年10月5日柒凉，來(lái)自美國(guó)斯坦福大學(xué)、陳-扎克伯格生物中心（Chan Zuckerberg Biohub）篓跛，弗吉尼亞州帕洛阿爾托醫(yī)療保健系統(tǒng)和加州大學(xué)的一個(gè)龐大的研究團(tuán)隊(duì)...
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單細(xì)胞交響樂31-實(shí)戰(zhàn)十四 10X HCA計(jì)劃的38萬(wàn)骨髓細(xì)胞劉小澤寫于2020.7.22為何取名叫“交響樂”膝捞？因?yàn)閱渭?xì)胞分析就像一個(gè)大樂團(tuán)，需要各個(gè)流程的協(xié)同配合單細(xì)胞交響樂1-常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)SingleCellExperiment單...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF愧沟，motifs）-SCENIC相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過(guò)SCENIC的使用蔬咬，這兒鲤遥，針對(duì)我自己對(duì)SCENIC的學(xué)習(xí)使用，遇到的問題做一個(gè)詳細(xì)的講解說(shuō)明林艘，希望能對(duì)大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助盖奈。 SC...
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R-SCENIC 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析文章接受，終于有空再發(fā)點(diǎn)筆記了?? SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下圖所示北启。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)卜朗，結(jié)合的緊密程度是動(dòng)態(tài)變化的。當(dāng) DNA 需要復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時(shí)咕村，結(jié)合變得松散讓 DNA 暴露场钉。暴露的 ...
