最近為了RNA-seq和iCLIP-seq的分析任務软吐，靠朋友關系找了一個私有服務器腕扶，只能開個普通賬號直砂，系統(tǒng)是CentOS 8义矛，一切都要苦逼的重新配置赊级。 以下記錄我配置環(huán)境的全...
IP屬地：北京
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[2022-9-18]iCLIP-seq Analysis 配置分析環(huán)境
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轉錄組----可變剪接分析-rMATs●可變剪切（differential splicing）也叫做選擇性剪切alternative splicing, 指的是在mRNA前體到成熟mRNA的過程當中泳猬，不同的剪切方...
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筆記：rmats繪圖結果怎么看rmats是一款比較好的分析可變剪切的分析軟件得封，將rmats分析的結果埋心，利用rmats2sashimiplot繪畫出的圖也是比較漂亮的， 可變剪切事件： 可變剪切事件可以分為...
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手把手教你做單細胞測序數(shù)據(jù)分析（六）——組間差異分析及可視化往期回顧： 在前面的課程中我們已經(jīng)進行過“單樣本數(shù)據(jù)分析[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s...
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NBIS系列單細胞轉錄組數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)（五）：基因差異表達分析第五節(jié)：基因差異表達分析 在本節(jié)教程中忙上，我們將介紹基因差異表達分析的相關知識拷呆。在單細胞數(shù)據(jù)分析中，差異表達分析可以具有多種功能疫粥，例如鑒定細胞群的標記基因洋腮，以及跨條件（健康與對...
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單細胞 （小鼠）| 差異分析＋GSEA通路富集
教程：FindMarkers做差異分析默認就不會返回全部基因 - 騰訊云開發(fā)者社區(qū)-騰訊云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/d...
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motif分析——從實戰(zhàn)到原理（Homer篇）一、不求甚解系列 軟件下載及配置 conda安裝： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER軟件的...
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2019-06-17 homer motif結果作氣泡圖
y<- read.table("motif-logP.txt",sep= "," , header= T) head(y) motif logPvalue type...
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scRNA-Seq | 單細胞功能注釋和富集分析(GO库糠、KEGG伙狐、GSEA)一涮毫、多個亞群各自marker基因聯(lián)合進行GO以及KEGG分析 在前面幾節(jié)我們已經(jīng)知道各個細胞亞群的 marker 基因，接下來我們對這些marker基因進行功能注釋和富集分析...
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Monocle2包學習筆記（一）：Getting Started with Monocle
Monocle包是一個強大的單細胞轉錄組數(shù)據(jù)分析工具贷屎，它引入了一個對單細胞進行排序的新方法（擬時序分析）罢防，通過利用不同細胞轉錄調控的異步過程，將它們沿著與生物過程（如細胞分化...
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文獻學習041--[sc]小鼠20器官單細胞圖譜數(shù)據(jù)庫Tabula Muris2018年10月5日唉侄，來自美國斯坦福大學咒吐、陳-扎克伯格生物中心（Chan Zuckerberg Biohub），弗吉尼亞州帕洛阿爾托醫(yī)療保健系統(tǒng)和加州大學的一個龐大的研究團隊...
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單細胞交響樂31-實戰(zhàn)十四 10X HCA計劃的38萬骨髓細胞劉小澤寫于2020.7.22為何取名叫“交響樂”属划？因為單細胞分析就像一個大樂團恬叹，需要各個流程的協(xié)同配合單細胞交響樂1-常用的數(shù)據(jù)結構SingleCellExperiment單...
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單細胞轉錄調控網(wǎng)絡分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多專題應該已經(jīng)講過SCENIC的使用同眯，這兒绽昼，針對我自己對SCENIC的學習使用，遇到的問題做一個詳細的講解說明须蜗，希望能對大家理解學習應用SCENIC起到一些幫助硅确。 SC...
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R-SCENIC 單細胞轉錄因子調控網(wǎng)絡分析文章接受，終于有空再發(fā)點筆記了?? SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下圖所示明肮。真核生物 DNA 與核小體結合形成染色質菱农，結合的緊密程度是動態(tài)變化的。當 DNA 需要復制或轉錄時柿估，結合變得松散讓 DNA 暴露循未。暴露的 ...
