小白不孤單

作者：ahworld鏈接：空轉(zhuǎn)分析代碼備忘錄：seurat可視化代碼雕琢[https://mp.weixin.qq.com/s/nzKN6-AYiZZflbPHreRZMQ]...

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1覆旱、基礎知識 （1）基本概念 富集分析(enrichment analysis)簡單來說就是將成百上千個基因肩榕、蛋白或者其他分子分到不同的類中枚碗，以減少分析的復雜度。比如之前差異...

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1.背景 單細胞數(shù)據(jù)分析在進行完細胞自聚類或者細胞類型注釋后嘱蛋，一般需要對查到的差異基因可視化，用來顯示基因和細胞群的相關性，進行后續(xù)分析祟蚀。當然Seurat和scanpy本身可...

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hello，大家好占调，今天我們來分享一下最新常用的聚類算法----leiden暂题，其實大家在看Seurat的函數(shù)FindClusters可能會觀察到，其中有一個參數(shù)algorit...

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1. 文獻怎么用 monocle2 ? (1) ex1 作者處理2種細胞使用的策略還不一樣究珊！ 中性粒細胞 neutrophil 是先subset出來薪者，去除污染細胞，然后Seu...

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導讀 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）進行宏基因組學分析。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...

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導讀 第一次做宏基因組還是在2018年，現(xiàn)在2021很多軟件數(shù)據(jù)庫大更新猿棉，這里搭建目前比較受認可的流程磅叛，即用Kneaddata（trimmomatic bowtie2） kr...

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單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細胞之富集分析-2：批量...

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scRNAseq免疫細胞注釋： 免疫細胞注釋-1：T細胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細胞注釋-2：髓系細胞[http...

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處理單細胞不可避免的一個問題就是樣本整合問題。那如何將不同器官萨赁，不同測序平臺弊琴，不同物種之間的單細胞數(shù)據(jù)進行整合分析呢？Scanpy使用python語言構(gòu)建了一套完整的單細胞分...

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Scanpy 是一個基于 Python 分析單細胞數(shù)據(jù)的軟件包杖爽，內(nèi)容包括預處理敲董，可視化紫皇，聚類，擬時序分析和差異表達分析等腋寨。https://genomebiology.biom...

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軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 單細胞之軌跡分析-2：mono...

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之前的timeROC曲線圖在：(本來這里應該有個鏈接聪铺，可是已經(jīng)被封了，又不讓放別的平臺的鏈接萄窜，所以放不了了计寇。)剛剛對它進行了一點調(diào)整和升級。 1.輸入數(shù)據(jù) 需要有3列脂倦，生存時...

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軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...

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參考文獻：Confronting false discoveries in single-cell differential expression[https://doi.o...