歡迎關(guān)注"生信修煉手冊(cè)"祭示！ 在GATK4的best practice中兜挨，不再像以前那樣給出每個(gè)步驟對(duì)應(yīng)的代碼攘蔽，而是直接給出了官方使用的pipeline揪惦。這些pipeline采...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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GATK官方推薦的workflow語(yǔ)言-WDL
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爬蟲(chóng)抓取OncoKB數(shù)據(jù)庫(kù)中腫瘤基因靶向藥物信息通過(guò)驅(qū)動(dòng)瀏覽器爬取OncoKB數(shù)據(jù)庫(kù)中"基因——腫瘤——靶向藥物"等信息补胚。 1. 安裝Chrome瀏覽器壹哺，下載并配置ChromeDriver倾剿，將其加入到環(huán)境變量中。 下圖方框...
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CIBERSORT：反卷積推測(cè)bulk中的細(xì)胞類(lèi)型五一學(xué)了一個(gè)新的分析方法-CIBERSORT宠纯，這個(gè)包其實(shí)很早就想學(xué)的卸夕，因?yàn)楝F(xiàn)在一般的單細(xì)胞文章的套路层释，很難不用到它婆瓜，那么它能干什么呢？它能夠推測(cè)出bulk RNA每一個(gè)樣本中...
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cellphoneDB代碼及原理簡(jiǎn)介簡(jiǎn)介 cellphoneDB作為使用最廣泛的單細(xì)胞通訊軟件之一贡羔，已經(jīng)得到了學(xué)者廣泛的認(rèn)可廉白，它的龐大的數(shù)據(jù)庫(kù)也一直在更新。簡(jiǎn)短說(shuō)一下原理乖寒，它是基于 UniProt猴蹂、Ensemb...
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TGF-b信號(hào)通路 必知必會(huì)TGF-b信號(hào)通路 文章目錄： 1.TGFb信號(hào)通路概述 1.1.基本概括 1.2 信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路 2.TGFb受體差異 1.TGFb信號(hào)通路概述 1.1.基本概括 TGF-β...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)NormalizeData()歸一化處理后楣嘁，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化磅轻。ScaleData()[http...
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你好 使用更低版本R后 monocle2還報(bào)錯(cuò)嗎
R和monocle包的版本不兼容
monocle包（2.24.1）的orderCells報(bào)錯(cuò)廣為人知，但我在跑estimateSizeFactors()函數(shù)時(shí)候也遇到了報(bào)錯(cuò) 這個(gè)報(bào)錯(cuò)非常小眾逐虚，全網(wǎng)都比較難找到...
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velocyto.R畫(huà)圖中箭頭的指向前言 Gene在轉(zhuǎn)錄為mRNA的過(guò)程中會(huì)經(jīng)歷splicing聋溜，RNA剛轉(zhuǎn)錄出來(lái)（此時(shí)稱(chēng)之為前體RNA）是沒(méi)有經(jīng)歷過(guò)splicing的，而剪切過(guò)的RNA（此時(shí)稱(chēng)之為mRNA）從...
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通過(guò)ggh4x調(diào)整ggplot2圖形刻度ggh4x軟件包是ggplot2擴(kuò)展軟件包叭爱。它提供了一些不完全符合“圖形語(yǔ)法”概念的實(shí)用程序功能但在調(diào)整ggplots時(shí)仍然有用 下面通過(guò)幾個(gè)小例子來(lái)展示一下ggh4x的功能...
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跟著高分SCI學(xué)作圖 -- 復(fù)雜熱圖+漸變色連線從這個(gè)系列開(kāi)始撮躁，師兄就帶著大家從各大頂級(jí)期刊中的Figuer入手，從仿照別人的作圖風(fēng)格到最后實(shí)現(xiàn)自己游刃有余的套用在自己的分析數(shù)據(jù)上买雾！這一系列絕對(duì)是高質(zhì)量把曼！還不趕緊點(diǎn)贊+在看...
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Sincast：利用bulk RNAseq定義細(xì)胞功能亞群前言 說(shuō)到對(duì)單細(xì)胞亞群進(jìn)行定義杨帽，那對(duì)很多分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的小伙伴來(lái)說(shuō)都是最頭疼的事情之一了。因?yàn)槎x細(xì)胞的正確與否直接關(guān)系到后續(xù)分析所有結(jié)果的準(zhǔn)確性嗤军，所以針對(duì)單細(xì)胞注釋的解決方...
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clusterprofier提取子集可視化
想偷個(gè)懶注盈，不想自己用ggplot生成，想直接用dotplot可視化自己選擇的一些通路叙赚，如果直接進(jìn)行提取的話可能會(huì)有問(wèn)題当凡，生成的是dataframe，dataframe不能直接...
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熱點(diǎn)綜述 | 腫瘤微環(huán)境中的細(xì)胞間通信推斷和分析：數(shù)據(jù)資源和計(jì)算策略
量化腫瘤微環(huán)境（TME）中各種細(xì)胞類(lèi)型之間和內(nèi)部的串?dāng)_纠俭，有助于開(kāi)發(fā)用于腫瘤靶向治療的工具沿量。《Briefings in Bioinformatics》發(fā)表了一篇綜述文章冤荆，介紹了...
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R語(yǔ)言: 從pheatmap無(wú)縫遷移至ComplexHeatmap
pheatmap是一個(gè)非常受歡迎的繪制熱圖的R包朴则。ComplexHeatmap包即是受之啟發(fā)而來(lái)。你可以發(fā)現(xiàn)Heatmap()函數(shù)中很多參數(shù)都與pheatmap()相同钓简。在p...
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pak包：一條指令解決包的安裝問(wèn)題乌妒，支持CRAN，Bioconductor和Github外邓，還支持自動(dòng)更新R語(yǔ)言有很多強(qiáng)大的包撤蚊，而且各種包之間還相互依賴(lài)，尤其是CRAN和Bioconductor還經(jīng)常相互依賴(lài)损话，但是安裝指令卻不一樣侦啸，再比如Github上的包，有時(shí)候更新的話還要重新...
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SCPA（三）：具有擬時(shí)序特征的通路活性評(píng)估
前言 單細(xì)胞的擬時(shí)序分析是利用算法模擬不同細(xì)胞之間的分化趨勢(shì)丧枪，目前已經(jīng)是一種相對(duì)常規(guī)化的分析手段光涂。通過(guò)擬時(shí)序分析，可以模擬不同細(xì)胞之間的潛在分化聯(lián)系拧烦，因此可以起到動(dòng)態(tài)預(yù)測(cè)的作...
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用小餅圖代替點(diǎn)圖里的點(diǎn)0.起因 最近在群里看到一個(gè)圖忘闻，棒棒糖圖的點(diǎn)用餅圖代替了。 然后又看到一個(gè)文章里恋博，用餅圖代替了富集分析的點(diǎn)圖齐佳，妙啊~ 這個(gè)地球上有什么漂亮的圖能躲過(guò)我的小胖手呢？畫(huà)他债沮！ 1....
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 軌跡推斷/擬時(shí)序分析什么是擬時(shí)序分析炼吴？擬時(shí)序（pseudotime）分析，又稱(chēng)細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析秦士，通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過(guò)程缺厉。我...