跟著 Nature Communication 學(xué)作圖 | 百分比堆積柱狀圖+卡方檢驗(yàn) 今天我們復(fù)現(xiàn)一幅2021年6月發(fā)表在nature communications上的熱圖...
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跟著 Nature Communication 學(xué)作圖 | 百分比堆積柱狀圖+卡方檢驗(yàn) -
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R語(yǔ)言畫柱狀圖數(shù)據(jù)變換前幾天畫條形圖廓脆，自己統(tǒng)計(jì)出來(lái)的數(shù)據(jù)把自己看蒙了半天府瞄，乍一看有點(diǎn)不會(huì)轉(zhuǎn)換了弦叶。 記錄下數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換的過(guò)程 初始數(shù)據(jù)與畫圖要求 自己統(tǒng)計(jì)完數(shù)據(jù)放到excel中就是上圖中的情況符喝。然后需要...
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析招狸，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過(guò)程啼辣，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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為什么我裝包老是失敗鞍⊙小？(R裝包的小建議)裝包是件苦差事（至少在你沒(méi)有明確的思路以前）鸥拧。 裝包時(shí)党远，通常可以搜索一下包名富弦，就能得到常規(guī)的安裝命令以完成安裝（這些命令通常位于github,bioconductor,cra...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組GSVA分析更新及可視化很久以前沟娱，我們?cè)趯憜渭?xì)胞分析的時(shí)候，就寫過(guò)GSVA分析了腕柜，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis济似，能夠分析基因集/通路的活性程度，具體的原...
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劃時(shí)代更新媳握！Seurat v5重磅登場(chǎng)前言 說(shuō)到單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析碱屁，不得不提的一個(gè)工具就是基于R語(yǔ)言構(gòu)建的一站式分析軟件--Seurat。即使目前每年都有很多新的單細(xì)胞工具被開發(fā)出來(lái)蛾找，Seurat仍然是目前市場(chǎng)占有率...
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R及R包安裝、更新赵誓、卸載打毛、刪除
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio，要更新library里所有包俩功，一種方法是點(diǎn)擊Tools幻枉，選擇Check for Package Updates即可。 ...
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seurat V5升級(jí)：一些常見(jiàn)報(bào)錯(cuò)1诡蜓、數(shù)據(jù)在不同環(huán)境中的兼容情況 目前V5版本的環(huán)境可以兼容V3版本的數(shù)據(jù)熬甫，但是V3環(huán)境中導(dǎo)入V5環(huán)境會(huì)報(bào)錯(cuò)（缺依賴包）。目前有兩種方式新建R對(duì)象數(shù)據(jù)CreateSeuratO...
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TIMER20和cibersort一個(gè)既能分析測(cè)序數(shù)據(jù)（最好是TPM格式）蔓罚，又能分析芯片數(shù)據(jù)的網(wǎng)站細(xì)胞免疫浸潤(rùn)網(wǎng)站使用 1.cibersort 數(shù)據(jù)輸入格式：輸入數(shù)據(jù)的要求： 1.不可以有負(fù)值和缺失值 2.不要取log 3.如果是芯片數(shù)據(jù)椿肩，昂飛芯片使用RMA標(biāo)準(zhǔn)化，Ill...
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公眾號(hào): 醫(yī)科研<br>wechat: YKY7060
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套路分享：利用TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行免疫細(xì)胞浸潤(rùn)相關(guān)生信數(shù)據(jù)挖掘本文作者毛細(xì)血管，研究方向腫瘤學(xué)茬末，目前主要在學(xué)習(xí)生信數(shù)據(jù)挖掘和腫瘤免疫微環(huán)境等厂榛，在后面的分享過(guò)程中主要分享自己學(xué)到的生信方面操作以及腫瘤免疫微環(huán)境相關(guān)的文獻(xiàn)解讀，現(xiàn)已發(fā)表me...
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GEO數(shù)據(jù)上傳的詳細(xì)步驟演示GEO數(shù)據(jù)上傳的詳細(xì)步驟演示 想必很多老師、同學(xué)們對(duì)轉(zhuǎn)錄組相關(guān)數(shù)據(jù)如何上傳至GEO數(shù)據(jù)庫(kù)存在困惑击奶，本篇整理了GEO數(shù)據(jù)上傳的相關(guān)步驟辈双，教大家如何上傳數(shù)據(jù)。 1 登錄GEO 1...
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【R>>ggsci】懶人必備配色方案科研繪圖中經(jīng)常用到ggsci,不得不佩服作者的無(wú)限才華柜砾。其實(shí)在許多帖子里面都有介紹這個(gè)R包的湃望，下面就來(lái)溫習(xí)下自己最常用的功能。 NEJM配色 這個(gè)功能還是相當(dāng)使用的局义。 參考鏈接：
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R語(yǔ)言與醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)圖形-【8】顏色的選取R語(yǔ)言基礎(chǔ)繪圖系統(tǒng) 基礎(chǔ)繪圖包之低級(jí)繪圖函數(shù)——內(nèi)置顏色喜爷、 1.內(nèi)置顏色選取 功能657種內(nèi)置顏色。colors() 調(diào)色板函數(shù)：palette(), rgb(), rain...
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R語(yǔ)言：R語(yǔ)言調(diào)色板相信各位在肝圖表寫論文時(shí)萄唇，一定都會(huì)思考：這張圖表用啥顏色檩帐？論文整體配色搭配怎么把控才好看？ 畢竟高分期刊大牛文章的共通點(diǎn)另萤，除了論文精彩湃密，整體配色也十分具有吸引力。 許多在線配...
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用EnhancedVolcano 繪制火山圖最近發(fā)現(xiàn)一個(gè)新包EnhancedVolcano四敞，畫火山圖令人發(fā)指的簡(jiǎn)單泛源，而且用戶自主設(shè)置顏色、形狀忿危、大小和陰影等參數(shù)定義不同的繪圖屬性达箍，還可以通過(guò)添加連線的方式有效避免數(shù)據(jù)點(diǎn)...
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跟著Nature Communications 學(xué)畫圖~ggplot2拼圖今天繼續(xù) 跟著Nature Communications學(xué)畫圖系列第五篇。學(xué)習(xí)R語(yǔ)言ggplot2包畫圖铺厨。然后多個(gè)圖拼接到一起缎玫。對(duì)應(yīng)的是論文中的補(bǔ)充材料圖一。 對(duì)應(yīng)的 Nat...
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R語(yǔ)言：ggplot 拼圖R | ggplot2拼圖 —— patchwork 塵世中一個(gè)迷途小書僮[http://www.reibang.com/u/ab8a1c7d0510]關(guān)注 22019.1...
