CellChat 三部曲3：具有不同細(xì)胞類型成分的多個(gè)數(shù)據(jù)集的細(xì)胞通訊比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 第一部分：比較分析具...
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CellChat 三部曲3：具有不同細(xì)胞類型成分的多個(gè)數(shù)據(jù)集的細(xì)胞通訊比較分析
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CellChat三部曲1：使用CellChat對單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析CellChat三部曲1：使用CellChat對單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析 自從周運(yùn)來在簡書寫了一篇cellchat的中文介紹教程弓候，然后R包作者也在B站做了直播介紹斩例，cel...
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用ggpubr包繪制圖表本文參考ggpubr包官方文檔https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/index.html[https://rpkgs.datanovia.co...
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CellChat 三部曲2：使用CellChat 對多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析CellChat 三部曲2：使用CellChat 對多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...
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單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)進(jìn)階分析—《細(xì)胞通訊》2.2CellChat多組別分析
前言 在前面的一講內(nèi)容里(單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)進(jìn)階分析—《細(xì)胞通訊》2.1CellChat基礎(chǔ)分析教程[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwMz...
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（視頻教程-原創(chuàng)函數(shù)）Cellchat受配體多組比較氣泡圖函數(shù)事情是這樣的：前面我們發(fā)布了這樣一款函數(shù)（(原創(chuàng)函數(shù))-Cellchat受配體多組比較氣泡圖函數(shù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OT...
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CellChat細(xì)胞通訊0. 背景知識 細(xì)胞通訊是單細(xì)胞數(shù)據(jù)高級分析中比較常見的一個(gè)浆劲，我們習(xí)慣使用的R包是CellChat。 這個(gè)是CellChat的一手教程： https://htmlprevie...
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復(fù)現(xiàn)SCI圖表：適用于cellchat v2和cpdb v5的細(xì)胞互作受配體分組氣泡圖圖是關(guān)于互作分析受配體的展示懦尝。橫軸是source cell伏伯，縱軸是受配體對，展示了每個(gè)source與其他細(xì)胞的互作婶肩，也展示了每個(gè)組之間結(jié)果糕簿。其實(shí)看圖就可以想到，用分面圖就ok...
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基于cellphonedb互作分析：弦圖展示細(xì)胞互作受配體對結(jié)果（一鍵函數(shù)）我們之前介紹過一個(gè)函數(shù)（基于cellchat互作分析：弦圖展示細(xì)胞互作受配體對結(jié)果（一鍵函數(shù)）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTY...
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跟著 Nature Communication 學(xué)作圖 | 百分比堆積柱狀圖+卡方檢驗(yàn)跟著 Nature Communication 學(xué)作圖 | 百分比堆積柱狀圖+卡方檢驗(yàn) 今天我們復(fù)現(xiàn)一幅2021年6月發(fā)表在nature communications上的熱圖...
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R語言畫柱狀圖數(shù)據(jù)變換前幾天畫條形圖，自己統(tǒng)計(jì)出來的數(shù)據(jù)把自己看蒙了半天苗膝，乍一看有點(diǎn)不會轉(zhuǎn)換了殃恒。 記錄下數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換的過程 初始數(shù)據(jù)與畫圖要求 自己統(tǒng)計(jì)完數(shù)據(jù)放到excel中就是上圖中的情況。然后需要...
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析辱揭，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析离唐，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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為什么我裝包老是失敗拔是浴亥鬓？(R裝包的小建議)裝包是件苦差事（至少在你沒有明確的思路以前）。 裝包時(shí)域庇，通城陡辏可以搜索一下包名覆积，就能得到常規(guī)的安裝命令以完成安裝（這些命令通常位于github,bioconductor,cra...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組GSVA分析更新及可視化很久以前，我們在寫單細(xì)胞分析的時(shí)候熟呛，就寫過GSVA分析了宽档，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis，能夠分析基因集/通路的活性程度庵朝，具體的原...
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劃時(shí)代更新吗冤！Seurat v5重磅登場前言 說到單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析，不得不提的一個(gè)工具就是基于R語言構(gòu)建的一站式分析軟件--Seurat九府。即使目前每年都有很多新的單細(xì)胞工具被開發(fā)出來椎瘟，Seurat仍然是目前市場占有率...
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R及R包安裝、更新侄旬、卸載肺蔚、刪除
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio，要更新library里所有包勾怒，一種方法是點(diǎn)擊Tools婆排，選擇Check for Package Updates即可。 ...
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seurat V5升級：一些常見報(bào)錯1笔链、數(shù)據(jù)在不同環(huán)境中的兼容情況 目前V5版本的環(huán)境可以兼容V3版本的數(shù)據(jù)段只，但是V3環(huán)境中導(dǎo)入V5環(huán)境會報(bào)錯（缺依賴包）。目前有兩種方式新建R對象數(shù)據(jù)CreateSeuratO...
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TIMER20和cibersort一個(gè)既能分析測序數(shù)據(jù)（最好是TPM格式）鉴扫，又能分析芯片數(shù)據(jù)的網(wǎng)站細(xì)胞免疫浸潤網(wǎng)站使用 1.cibersort 數(shù)據(jù)輸入格式：輸入數(shù)據(jù)的要求： 1.不可以有負(fù)值和缺失值 2.不要取log 3.如果是芯片數(shù)據(jù)赞枕，昂飛芯片使用RMA標(biāo)準(zhǔn)化，Ill...