IP屬地：湖北
-
lie to brain
-
重復(fù)單細(xì)胞it-ChIP文章小圖Tips: 最近看單細(xì)胞ChIP-seq 文章一個圖，本來作者用base plot 畫的柠衅，因此嘗試用ggplot2 畫出base plot 風(fēng)格皮仁。 圖表達(dá)意思：在小鼠胚胎發(fā)育...
-
這幾組方法篩選 交集幾乎沒有坟漱。這是合理的嘛
WGCNA:使用模擬數(shù)據(jù)來評估不同的模塊檢測方法和基因篩選方法
原文鏈接：Simulated-07-Membership.pdf (ucla.edu)[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/Coex...
-
有R語言版本嗎叶雹？
根據(jù)表達(dá)量排序掂摔，并輸出不同表達(dá)量區(qū)段的基因
I have a file with two tab-separated columns. The first column contains IDs and the sec...
-
上下調(diào)基因難度不可能富集到同一個通路嗎唆貌？
一行代碼搞定上下調(diào)基因分別富集
我們經(jīng)常遇到上下調(diào)基因分別做富集分析(GO,KEGG)愈犹，并且整合在同一張條形圖中键科。 常規(guī)的想法就是分上下調(diào)基因分別做富集分析闻丑，使用ggplot包，設(shè)置因子勋颖，計(jì)算雙向的log1...
-
有新增方案哦sigscore
GSA嗦嗡、GSEA、ssGSEA饭玲、GSVA的算法原理及它們的聯(lián)系與區(qū)別
一侥祭、 簡述 ? ? 為了從基因的表達(dá)水平中得到更加具體直觀的生物學(xué)功能變化的信息，多種基于已知的基因集的分析方法應(yīng)運(yùn)而生茄厘。其中矮冬，基因集分析（Gene Set Analysis...
-
可以做配對的嘛
R語言~繪制對半小提琴圖
最近，眾多學(xué)術(shù)期刊上開始出現(xiàn)一些讓人眼前一亮的高顏值小提琴圖次哈。在網(wǎng)上搜羅一番胎署，發(fā)現(xiàn)，規(guī)范的稱呼應(yīng)該是split violin窑滞。直譯有點(diǎn)太抽象了琼牧，暫且譯為對半小提琴吧。 該功能...
-
大佬 有公眾號嗎移剪？
R中完成PSM妈候，CBPS，IPTW挂滓，Doubly robust estimation總結(jié)
前段時間在幫女朋友做基于MIMICIII的臨床數(shù)據(jù)分析，需要用到傾向性分析啸胧，下面總結(jié)一下個人在這個過程中積累的知識和學(xué)習(xí)的R包赶站。1.什么是傾向性分析：2.PSM，CBPS纺念，I...
-
STAR +RSEM 組合還是可以的
RSEM錯誤解決：The SAM/BAM file declares less reference sequences (25)
不管是STAR贝椿，還是RSEM，都是第一次使用陷谱，所以在使用過程中難免摸著石頭過河烙博，犯了各種錯誤瑟蜈。 接下來是使用RSEM過程中遇到的一個小錯誤和解決辦法，記錄下來渣窜，加深印象铺根。 一...
-
使用deeptools將bam文件轉(zhuǎn)換為bw文件整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時用到的工具。本文只對使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹乔宿。 deeptools 提供兩個bam轉(zhuǎn)換為bw的命令位迂，分別是bamCove...
-
累計(jì)經(jīng)驗(yàn)分布的顯著性其實(shí)就是兩組基因集的差異也可以用箱式圖繪制。只是借助了ks檢驗(yàn)
R繪圖 | 兩組genes的累積曲線分布比較详瑞！
出發(fā)點(diǎn)： 源自Single cell RNA sequencing to dissect the molecular heterogeneity in lupus nephr...
-
你好 請問下 msigdb怎么加入模型
[Paper] || 基因embedding Gene2vec: distributed representation pf genes based on co-expression
一句話總結(jié)：將有共表達(dá)的基因?qū)Ξ?dāng)作上下文（context)掂林，利用Skip-Gram模型做gene embedding。 問題背景 NLP的一個動機(jī)是希望把文本轉(zhuǎn)換成帶有語義信...
-
GSA、GSEA计寇、ssGSEA锣杂、GSVA的算法原理及它們的聯(lián)系與區(qū)別一、 簡述 ? ? 為了從基因的表達(dá)水平中得到更加具體直觀的生物學(xué)功能變化的信息饲常，多種基于已知的基因集的分析方法應(yīng)運(yùn)而生蹲堂。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
-
