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lie to brain
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重復(fù)單細(xì)胞it-ChIP文章小圖Tips: 最近看單細(xì)胞ChIP-seq 文章一個(gè)圖序攘，本來作者用base plot 畫的茴她，因此嘗試用ggplot2 畫出base plot 風(fēng)格。 圖表達(dá)意思：在小鼠胚胎發(fā)育...
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這幾組方法篩選 交集幾乎沒有程奠。這是合理的嘛
WGCNA:使用模擬數(shù)據(jù)來評(píng)估不同的模塊檢測方法和基因篩選方法
原文鏈接：Simulated-07-Membership.pdf (ucla.edu)[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/Coex...
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有R語言版本嗎瞄沙？
根據(jù)表達(dá)量排序己沛，并輸出不同表達(dá)量區(qū)段的基因
I have a file with two tab-separated columns. The first column contains IDs and the sec...
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上下調(diào)基因難度不可能富集到同一個(gè)通路嗎申尼？
一行代碼搞定上下調(diào)基因分別富集
我們經(jīng)常遇到上下調(diào)基因分別做富集分析(GO,KEGG)，并且整合在同一張條形圖中垫桂。 常規(guī)的想法就是分上下調(diào)基因分別做富集分析师幕，使用ggplot包，設(shè)置因子诬滩，計(jì)算雙向的log1...
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有新增方案哦sigscore
GSA霹粥、GSEA、ssGSEA疼鸟、GSVA的算法原理及它們的聯(lián)系與區(qū)別
一后控、 簡述 ? ? 為了從基因的表達(dá)水平中得到更加具體直觀的生物學(xué)功能變化的信息，多種基于已知的基因集的分析方法應(yīng)運(yùn)而生空镜。其中浩淘，基因集分析（Gene Set Analysis...
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可以做配對(duì)的嘛
R語言~繪制對(duì)半小提琴圖
最近捌朴，眾多學(xué)術(shù)期刊上開始出現(xiàn)一些讓人眼前一亮的高顏值小提琴圖。在網(wǎng)上搜羅一番馋袜，發(fā)現(xiàn)男旗，規(guī)范的稱呼應(yīng)該是split violin。直譯有點(diǎn)太抽象了欣鳖，暫且譯為對(duì)半小提琴吧察皇。 該功能...
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大佬 有公眾號(hào)嗎？
R中完成PSM样眠，CBPS友瘤，IPTW，Doubly robust estimation總結(jié)
前段時(shí)間在幫女朋友做基于MIMICIII的臨床數(shù)據(jù)分析檐束，需要用到傾向性分析辫秧，下面總結(jié)一下個(gè)人在這個(gè)過程中積累的知識(shí)和學(xué)習(xí)的R包。1.什么是傾向性分析：2.PSM被丧，CBPS盟戏，I...
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STAR +RSEM 組合還是可以的
RSEM錯(cuò)誤解決：The SAM/BAM file declares less reference sequences (25)
不管是STAR，還是RSEM甥桂，都是第一次使用柿究，所以在使用過程中難免摸著石頭過河，犯了各種錯(cuò)誤黄选。 接下來是使用RSEM過程中遇到的一個(gè)小錯(cuò)誤和解決辦法笛求，記錄下來，加深印象糕簿。 一...
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使用deeptools將bam文件轉(zhuǎn)換為bw文件整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具探入。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹。 deeptools 提供兩個(gè)bam轉(zhuǎn)換為bw的命令懂诗，分別是bamCove...
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累計(jì)經(jīng)驗(yàn)分布的顯著性其實(shí)就是兩組基因集的差異也可以用箱式圖繪制蜂嗽。只是借助了ks檢驗(yàn)
R繪圖 | 兩組genes的累積曲線分布比較！
出發(fā)點(diǎn)： 源自Single cell RNA sequencing to dissect the molecular heterogeneity in lupus nephr...
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你好 請(qǐng)問下 msigdb怎么加入模型
[Paper] || 基因embedding Gene2vec: distributed representation pf genes based on co-expression
一句話總結(jié)：將有共表達(dá)的基因?qū)Ξ?dāng)作上下文（context)殃恒，利用Skip-Gram模型做gene embedding植旧。 問題背景 NLP的一個(gè)動(dòng)機(jī)是希望把文本轉(zhuǎn)換成帶有語義信...
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GSA病附、GSEA问窃、ssGSEA、GSVA的算法原理及它們的聯(lián)系與區(qū)別一完沪、 簡述 ? ? 為了從基因的表達(dá)水平中得到更加具體直觀的生物學(xué)功能變化的信息域庇，多種基于已知的基因集的分析方法應(yīng)運(yùn)而生。其中覆积，基因集分析（Gene Set Analysis...
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