我覺得處理任何事情洲脂，不僅要做到“知其然”节芥，還要做到“知其所以然”有滑。在做事情時(shí)，如果僅知道低頭蠻干壹士，不知道抬頭看路磷雇；只知道跟著“牽牛繩”的方向，在鞭子的抽打下前進(jìn)或停止躏救，那么最...
IP屬地：內(nèi)蒙古
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祖先狀態(tài)重建—揭示物種性狀的起源與演化 -
PAML之codeml正選擇問題 2020-10-10
原理參考：http://www.chenlianfu.com/?p=3084[http://www.chenlianfu.com/?p=3084]解析參考：https://u...
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同源染色體片段檢測(cè)工具ColinearScan的使用寫在前面 更好的閱讀體驗(yàn)請(qǐng)移步這里唯笙。確定染色體同源片段是基因組學(xué)研究的一個(gè)重要方面，有助于揭示基因組在歷史上發(fā)生的多種多樣的進(jìn)化事件盒使，如DNA復(fù)制睁本、染色體重排、基因丟失等忠怖。研...
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Hyphy呢堰，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件，使用指北
近幾年來凡泣，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多枉疼，雖然不及paml皮假，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注。首先相比paml骂维，hyphy有以下幾大優(yōu)點(diǎn)： 操作使用簡(jiǎn)單惹资。 運(yùn)...
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使用 PAMLX-MCMCTree 可視化估算物種分歧時(shí)間（這里只列流程，原理和具體參數(shù)設(shè)置請(qǐng)參照說明書航闺，推薦使用 Windows系統(tǒng)褪测，不需要編譯） 1、軟件下載及安裝（http://abacus.gene.ucl.ac.uk/so...
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如何高效而且優(yōu)雅地比較多物種的不同基因組區(qū)域潦刃？寫在前面 高通量測(cè)序技術(shù)的普及侮措，帶來的是遍地的基因組。昨日乖杠，OneKP項(xiàng)目又發(fā)了一個(gè)Paper【因?yàn)楹芫靡郧八麄兙桶l(fā)過分扎，數(shù)據(jù)也早就可以獲取】。他們?cè)侔l(fā)多少paper胧洒，事實(shí)上畏吓，...
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Motif中的PWM矩陣PWM矩陣是表示motif的一種方式，全稱是position-specificweightmatrix(PSWM)或者是position-specificscoringmat...
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Motif和domain的區(qū)別Protein domain： 結(jié)構(gòu)域的概念由Wetlaufer于1973年首次提出卫漫，他定義結(jié)構(gòu)域?yàn)榭梢宰詣?dòng)折疊的穩(wěn)定的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)單位菲饼。過去，結(jié)構(gòu)域被描述為列赎，折疊單位宏悦，致密結(jié)...
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泛基因組工具: Roary, panX, PEPPAN, PGAP引用文章標(biāo)題：Insights on the Evolutionary Genomics of the Blautia Genus: Potential New Specie...
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泛基因組 | 簡(jiǎn)介一、什么是泛基因組粥谬？ 2005年肛根，Tettelin等人提出了微生物泛基因組概念（pangenome辫塌，pan源自希臘語‘παν’漏策，全部的意思），泛基因組即臼氨。2009 年掺喻，Li等...
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基于Roary構(gòu)建泛基因組記錄安裝軟件 創(chuàng)建環(huán)境 運(yùn)行 NCBI下載{genome}.gbff格式的測(cè)試數(shù)據(jù) gbff轉(zhuǎn)gff格式 生成泛基因組 DeBUG !!!運(yùn)行中如果有關(guān)于Perl腳本的報(bào)錯(cuò)，例如...
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PAML正選擇文獻(xiàn)閱讀與計(jì)算方法-自用版防杠疊甲：下述所有內(nèi)容均為本人理解储矩，歡迎友好的學(xué)術(shù)討論感耙。覺得看不進(jìn)去的，寫的不好的請(qǐng)windows用戶移步右上角×標(biāo)記持隧，mac用戶移步左上角即硼，手機(jī)用戶請(qǐng)關(guān)機(jī)。 持續(xù)更新中 將...
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Blast屡拨，Blast+只酥，Diamond比較
1. Blast （1）格式化數(shù)據(jù)庫formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile主要參數(shù)：-i 輸入需要格式化的源數(shù)據(jù)庫名稱-p 文件類型褥实，...
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bedtools獲得基因組指定范圍的序列
·# getfasta[https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/getfasta.html#getfa...
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可以從fasta中提取基因序列的4款軟件
前言 ??做生分析有時(shí)候需要從基因組fasta文件中提取基因的序列裂允，對(duì)于這個(gè)需求有不少現(xiàn)成的軟件可以來實(shí)現(xiàn)损离，今天來跟大家分享4款可以完成這個(gè)需求的軟件，廢話不多說了绝编，直接來看...
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學(xué)習(xí)記錄1：同線性(Synteny)和共線性(Collinearity)文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用僻澎，有錯(cuò)誤請(qǐng)指出，我立刻改正十饥！ 更多參考：https://shengxin.ren/question/541[https://shengxin.ren...
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Augustus 基因從頭預(yù)測(cè)
目前的從頭預(yù)測(cè)軟件大多是基于HMM(隱馬爾科夫鏈)和貝葉斯理論窟勃，通過已有物種的注釋信息對(duì)軟件進(jìn)行訓(xùn)練，從訓(xùn)練結(jié)果中去推斷一段基因序列中可能的結(jié)構(gòu)绷跑，在這方面做的最好的工具是AU...
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參考基因組新時(shí)代 — “單倍型”參考基因組高雜合拳恋、多倍體一直是組裝中的難點(diǎn)，以往的做法就是構(gòu)建單倍體或雙單倍材料(double-haploid )來進(jìn)行組裝砸捏，但同時(shí)也沒有辦法獲得全面的基因信息谬运。目前主流的組裝算法傾向...
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫于19.6.8之前最開始學(xué)習(xí)IGV的時(shí)候?qū)戇^兩篇推文，當(dāng)時(shí)簡(jiǎn)單做了了解垦藏，但有朋友說意猶未盡梆暖，嗯我也這么覺得，總覺得還是學(xué)的不夠掂骏。推薦閱讀：https://github...