"不要將DoubletFinder應(yīng)用于代表多個(gè)不同樣本的匯總scRNA-seq數(shù)據(jù)纵搁。 例如粪摘,如果您對(duì)表示跨10Xlane測(cè)序的WT和突變細(xì)胞系的匯總數(shù)據(jù)運(yùn)行DoubletFinder南片,則將從WT和突變細(xì)胞生成artificial doublet肺素,它們?cè)谀臄?shù)據(jù)中不存在誊辉。 這些artificial doublets 會(huì)歪曲結(jié)果耿戚。 值得注意的是,可以對(duì)通過在多個(gè)10Xlane上分割單個(gè)樣本而生成的數(shù)據(jù)運(yùn)行DoubletFinder蟆炊。" 這句話真心看不懂稽莉,不走捷徑了,我去看原文
DoubletFinder相信各位做單細(xì)胞的童鞋們涩搓,都遇到過去除多細(xì)胞的情況污秆,而Cellranger默認(rèn)的是前1%(3000cell),對(duì)于低質(zhì)量的細(xì)胞有了算法來確認(rèn)是否保留昧甘,但是對(duì)于多細(xì)胞而言良拼,Ce...