"不要將DoubletFinder應(yīng)用于代表多個(gè)不同樣本的匯總scRNA-seq數(shù)據(jù)尤蒿。 例如平挑,如果您對(duì)表示跨10Xlane測序的WT和突變細(xì)胞系的匯總數(shù)據(jù)運(yùn)行DoubletFinder,則將從WT和突變細(xì)胞生成artificial doublet损合,它們?cè)谀臄?shù)據(jù)中不存在润梯。 這些artificial doublets 會(huì)歪曲結(jié)果质况。 值得注意的是横堡,可以對(duì)通過在多個(gè)10Xlane上分割單個(gè)樣本而生成的數(shù)據(jù)運(yùn)行DoubletFinder。" 這句話真心看不懂谴返,不走捷徑了煞肾,我去看原文
DoubletFinder相信各位做單細(xì)胞的童鞋們,都遇到過去除多細(xì)胞的情況嗓袱,而Cellranger默認(rèn)的是前1%(3000cell)扯旷,對(duì)于低質(zhì)量的細(xì)胞有了算法來確認(rèn)是否保留,但是對(duì)于多細(xì)胞而言索抓,Ce...