背景知識 創(chuàng)建樣本權重是為了考慮復雜的調(diào)查設計（包括過度抽樣）睛低、調(diào)查無響應和后分層（以確保計算出的估計值代表美國平民非機構化人口NHANES復雜抽樣導致需要）計算權重The ...
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IP屬地：上海
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2022-11-05 權重 -
2022-10-10 Bert模型關注點1：Transformer 1. embedding層：把離散字符轉(zhuǎn)化為數(shù)字 ：用于區(qū)分 祠斧，1個文本字符對應768維的向量邑时，1個token embeddings輸出N（...
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R稀疏矩陣轉(zhuǎn)化稠密矩陣|使用as.matrix()報錯：Cholmod error 'problem too large'
在進行一些數(shù)據(jù)分析是經(jīng)常會需要將一個數(shù)據(jù)對象轉(zhuǎn)化為矩陣扬卷，以及稀疏矩陣（sparse matrix）和稠密矩陣之間的互化扩然。 問題&報錯 在R環(huán)境中掸犬，用的非常普遍的函數(shù)就是as....
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腦轉(zhuǎn)移癌相關髓系細胞大腦很久以來都被認為是一個免疫豁免器官珊楼，其含有的免疫細胞含量較少通殃，但在一些病例情況下，例如腫瘤厕宗，就會導致免疫細胞的異常浸潤画舌，其中從血液中遷徙過來的巨噬細胞和位于大腦原位的小膠...
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腦部腫瘤的免疫微環(huán)境圖譜2020年，來自瑞士洛桑大學的Johanna A Joyce團隊通過全面對比不同類型腫瘤的免疫微環(huán)境已慢，展現(xiàn)了不同類型腦腫瘤的免疫浸潤特點曲聂，回答了幾個關于中樞神經(jīng)系統(tǒng)免疫微環(huán)境...
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GATK下游VCF maf可視化
VCF可以通過不同的上游分析獲得，在格式上又有一些不同佑惠，盲目轉(zhuǎn)化會帶來很多問題朋腋。查看VCF文件內(nèi)容可知是通過GATK上游處理得到的。 為了對變異結(jié)果進一步進行可視化分析膜楷，查找...
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GATK后maftools可視化
#####刪除文件的前N行#### tail -n +N Het-158-rawGATK-indel-filter.vcf| head #####合并所有VCF文件####（...
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RNA seq上游分析（簡潔版）
環(huán)境配置 質(zhì)檢 去接頭 比對 得到count值 最終會在目標文件夾下面獲得兩個文件旭咽，counts.txt和counts.txt.summary。在R中進行ID轉(zhuǎn)換即可赌厅。
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單細胞個性化分析之細胞通訊篇作者穷绵，追風少年i 組織是一個有序的統(tǒng)一體，細胞與細胞之間不是割裂的存在察蹲，而是存在頻繁的相互作用，這種相互作用催训，是通過配體細胞表達配體洽议，配體作用于受體和受體細胞，從而引起受體細...
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單細胞測序揭示巨噬細胞和小膠質(zhì)細胞動態(tài)競爭關系今天介紹一篇有關于單細胞揭示在膠質(zhì)母細胞瘤中漫拭，大腦原位的髓系細胞（小膠質(zhì)細胞）和血液來源的單核-巨噬細胞的動態(tài)競爭關系亚兄。 背景 免疫檢查點抑制劑是目前備受關注的藥物，其在腦腫...
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非小細胞肺癌微環(huán)境免疫模式用以腫瘤分型和病人分層2021年匈勋，Leader等人通過目前最大的非小細胞肺癌的單細胞測序和CITE-seq，對非小細胞肺癌的微環(huán)境進行了多組學的分析膳叨，最終構建了一個包括驅(qū)動突變洽洁、新生抗原、免疫狀態(tài)...
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乳腺癌骨轉(zhuǎn)移微環(huán)境輔助精準治療最近看到一篇單細胞與臨床相結(jié)合的文章菲嘴，通過乳腺癌骨轉(zhuǎn)移的腫瘤微環(huán)境饿自，提示腫瘤的精準治療。發(fā)表在Ann Oncol. 作為一個臨床醫(yī)生龄坪，本文的實驗設計和立意非常值得探討昭雌。 本文...
