IGV軟件有自帶的基因組文件和注釋文件，使用自帶的還是方便一些酵颁。但是兴使，其使用的注釋文件和基因組文件可能與我們數(shù)據(jù)分析時的不一致立由，這時候我們可視化bigwig文件或者bam文件...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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IGV 導(dǎo)入本地基因組及注釋文件 -
綜述 | formative多能性:發(fā)育連續(xù)體中的關(guān)鍵階段 Formative pluripotency: the executive phase in a developmental cont...Formative pluripotency: the executive phase in a developmental continuum - PubMed (nih....
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— ggsci 配色前言 在繪圖時给赞，如何搭配顏色舀武，是一個很讓人頭疼的問題砾跃。今天要介紹的包 ggsci 能大大減輕我們的負擔(dān)骏啰。 ggsci 提供了很多高質(zhì)量的顏色搭配，其靈感來自于各種 SCI 雜...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析二：數(shù)據(jù)質(zhì)控與標準化
本文是參考學(xué)習(xí)單細胞轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析二：數(shù)據(jù)質(zhì)控與標準化[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyMzMwNDQ2MA==&mid=22474...
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從picard 談linux上軟件的安裝
一、進入https://anaconda.org/ 查看翘骂，如果有壁熄，那就太方便啦！picard 就是有的碳竟！害草丧，我白忙活了一下午 conda install -c biocond...
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homer安裝和使用
介紹 安裝 1.下載homer文件 網(wǎng)址：http://homer.ucsd.edu/homer/download.html 下載其中名為configureHomer.pl的...
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10X單細胞空間聯(lián)合分析之再次解讀cell2location到了年根了，其實想總結(jié)一些之前的東西莹桅，其中cell2location很想再次分享一下昌执，好好研讀一下。 Cell2location 是一種有principled Bayesia...
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軟件3 —— Trim Galore和Trimmomatic
一诈泼、 基本介紹 Trim Galore是對FastQC和Cutadapt的包裝懂拾。適用于所有高通量測序，包括RRBS (Reduced Representation Bisu...
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玩轉(zhuǎn)單細胞(7)：修改Seurat對象基因名稱玩轉(zhuǎn)單細胞(2):Seurat批量做圖修飾[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid=2247486164&i...
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Scanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnDataAnnData是python中存儲單細胞數(shù)據(jù)的一種格式 1. AnnData數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)： 主要包含四個slots：X contains the expression matri...
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snakemake學(xué)習(xí)筆記雜記：shell命令里有大括號铐达，制表符和單引號雙引號的寫法
直接上一個例子 如果有大括號岖赋，就用兩個， 制表符需要用兩個斜杠\\t換行符\n也是這樣 單引號和雙引號 正常寫就行
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2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個人分析記錄貼）0_1 前言 有時間再詳細寫introduction瓮孙。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來贾节，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：可視化套件單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預(yù)處理與聚類 單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：PAGA軌跡推斷 單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：使用ing...
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TT-seq文獻閱讀(TT-seq maps the human transient transcriptome)今天的筆記是關(guān)于另一種RNA測序的方法衷畦，稱為TT-seq栗涂。其實這些測序方法在幾年前被人們所使用了，但是因為自己并不了解這些知識祈争，所以要慢慢的補起來斤程。 文獻題目：TT-seq ...
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為什么CytoTRACE會失效？CytoTRACE是 2020 年發(fā)表在Science 上的一個trajectory 推斷工具，其原理是基于一個經(jīng)驗性的觀察忿墅，即基因表達數(shù)目和發(fā)育階段的相關(guān)性扁藕，differe...
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CytoTRACE——擬時軌跡分析
什么是CytoTRACE CytoTRACE（使用基因計數(shù)和表達的細胞（Cyto）軌跡重建分析）是一種計算方法，可根據(jù)單細胞 RNA 測序數(shù)據(jù)預(yù)測細胞的相對分化狀態(tài)疚脐。Cyto...
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CytoTRACE：推斷擬時細胞起點輔助在做monocle的時候亿柑，我們最糾結(jié)的地方莫過于確定細胞的起點了。如果是比較明確的分析知道起點棍弄，或者有參考文獻望薄，結(jié)合自己的生物學(xué)背景能夠推斷還好，可是如果自己一篇空白呼畸，該怎么...
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pyscenic | 單細胞轉(zhuǎn)錄因子分析痕支，原理圖文詳解pyscenic做為scenic的python版本，相比R版本實現(xiàn)了分析速度上的巨大提升蛮原，尤其是最耗時的共表達網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建步驟卧须。實測時間如下，數(shù)據(jù)集1 (4257 cell x ...
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單細胞：不同亞群的基因平均表達熱圖??單細胞分群后儒陨，想看某些基因在不同cluster中的平均表達值花嘶，以及表達這些基因的細胞在不同cluster的占比。接觸過Seurat的同學(xué)蹦漠，應(yīng)該都不會覺得難察绷，因為在Seur...