一铛纬、背景簡述 腫瘤微環(huán)境（Tumor micro-environment, TME）是指腫瘤細胞周圍異于正常內環(huán)境的微環(huán)境，具有缺氧唬滑、慢性炎癥及免疫抑制的三個特征告唆。TME 包...
IP屬地：上海
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單細胞軟件學習--泛癌的TME細胞類型分類工具scATOMIC（single cell annotation of tumour microenvironments in pan-cancer ... -
KEGG pathway 注釋整理
KEGG pathway 注釋整理 獲得KEGG注釋 通過eggnog-mapper和interproscan兩個軟件(或數(shù)據(jù)庫)，可以獲得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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單細胞數(shù)據(jù)庫
signatureDB - B cell數(shù)據(jù)庫CancerSEA - 癌癥單細胞KIT（腎臟單細胞數(shù)據(jù)庫）：http://humphreyslab.com/SingleCel...
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第九章 通過Snakemake實現(xiàn)流程自動化 Pipeline Automation via Snakemake
介紹 憑借經濟高效的全基因組測序和廣泛公開的數(shù)據(jù)晶密，新一代生物信息學方法進入了超高通量領域擒悬。例如，最近發(fā)表的覆蓋度超過30x的 10 多個小麥基因組的組裝或用泛基因組取代單一參...
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如何給Seurat對象的基因重命名稻艰？【基因名轉換】2022-07-27
適用背景 在單細胞分析中懂牧，必要的一步是對每個細胞進行注釋，這相當于給每個細胞打個標簽尊勿，或者說起個別名僧凤，這些信息都存在@meta.data信息里畜侦，所以不用特意去更改細胞名字，S...
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可以再win10 的Linux 子系統(tǒng)上裝上述軟件躯保，也可以在win10 安裝Anaconda3 后在cmd 中運行旋膳。不過建議還是在集群或者超算上運行，比對分析挺費資源且需要大量的時間途事。
MISO 可視化學習
miso是一個可變剪接可視化軟件溺忧，對mRNA水平或者外顯子水平的可變進行可視化； 官網 https://miso.readthedocs.io/en/fastmiso/#vi...
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單細胞類型鑒定--- cell marker gene
cell maker cancer cells:EPCAM, CD24, SOX4, KRT18 T cells: CD2, CD3D, TRAC, TRBC2 Treg...
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玩轉單細胞(3)：堆疊柱狀圖添加比例
每次解決一個小問題，久而久之振惰，你就解決了一個大麻煩： 單細胞比例的展示歌溉，常見的是堆疊柱狀圖，但是有一個小問題骑晶，比較上不明顯痛垛，那么如果將文字比例添加到圖上，那么就一目了然了桶蛔。使...
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單細胞軌跡分析之應用篇作者匙头，Evil Genius 最近見到了很多研究者，真的是不把單細胞軌跡分析當回事仔雷，拿到樣本不定義直接跑monocle蹂析，這能對么？我看了都著急碟婆，基本理論要多多學習啊~~~电抚，網...
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@李丹揚 感謝蝙叛，我也在github上找到了一些早期的函數(shù)具體信息。其他網友也反饋了這個情況公给，作者正在重構R包借帘。
基于單細胞測序的蛋白活性推斷（PISCES）分析流程筆記，凎淌铐！
寫在前面 感謝califano-lab[https://github.com/califano-lab]團隊將代碼無私的分享出來=肺然。=！ 本流程需要一點點R語言與linux基...
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我也在測試中遇到了這個問題匣沼，請問您是如何解決的狰挡？我想是不是軟件包迭代后這個函數(shù)變了，或者其他原因？
基于單細胞測序的蛋白活性推斷（PISCES）分析流程筆記加叁，凎倦沧！
寫在前面 感謝califano-lab[https://github.com/califano-lab]團隊將代碼無私的分享出來=。=它匕！ 本流程需要一點點R語言與linux基...
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conda 環(huán)境中默認加載libPath情況一般在conda創(chuàng)建的環(huán)境中豫柬，安裝R軟件是安裝在 miniconda3/env/your_env/lib/R/library 目錄告希，但是后期在安裝其他軟件時，會在 家目錄下創(chuàng)...
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小鵬_噠噠噠 ·
你這是誤人子弟啊烧给，真正的原因親測是沒有安裝BiocParallel包燕偶。最初的報錯是找不到register函數(shù)，而不是無法多核運行础嫡，之前手擼RcisTarget的時候測試過win10上用R是可以多核運行的指么，另外源碼里調用register函數(shù)前一行就是library(BiocParallel)...
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個人電腦上SRR數(shù)據(jù)下載第一種榴鼎，在EBI 查找伯诬，https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home[https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/ho...
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RcisTarget || 從基因列表到調控網絡單細胞技術正在加強我們對細胞本身的理解。什么是細胞類型巫财，不就是基因選擇性表達的結果嗎盗似？而基因的選擇表達受到一系列的轉錄調控，在這個意義上平项，細胞命運背后的驅動力在于各自轉錄因子...
