全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide association study，GWAS）是應(yīng)用基因組中數(shù)以百萬級別的單核苷酸多樣性（Single Nucleotide Plo...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)protocol -
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植物啟動子-順式作用元件-批量提取-預(yù)測-可視化分析寫在前面 以前總看到問題是获高，基因結(jié)構(gòu)可視化的問題；現(xiàn)在則變成了啟動子元件的預(yù)測或者說可視化吻育。這本身比較簡單念秧，也比較玄乎，所以我一直不是太樂意與別人討論布疼。但學(xué)院今天斷網(wǎng)摊趾，手上的...
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TBtools | 批量計算蛋白分子量、等電點(diǎn)缎除、不穩(wěn)定系數(shù)严就、脂溶指數(shù)和親水指數(shù)寫在前面 最近了解了一些與蛋白質(zhì)分析相關(guān)的文稿，有TBtools老鐵用戶提供了不少參考資料和分析建議器罐。早晨梢为，他突然提起了，一些蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析相關(guān)指標(biāo)的計算轰坊，鼓搗起來還是麻...
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TMHMM 2.0--蛋白質(zhì)的跨膜結(jié)構(gòu)域預(yù)測如何預(yù)測一個蛋白是否具有跨膜螺旋（TMH）铸董？ 蛋白結(jié)構(gòu)決定蛋白功能，利用生物學(xué)在線軟件工具TMHMM Server,v.2.0版本是蛋白質(zhì)跨膜螺旋的在線分析工具肴沫。TMHMM是...
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幾個預(yù)測蛋白結(jié)構(gòu)粟害、理化性質(zhì)的在線工具
1.預(yù)測理化性質(zhì)：分子量(Da)、等電點(diǎn)(PI)\不穩(wěn)定系數(shù)(Instability index)颤芬、親水指數(shù)(Grand average of hydropathicity-...
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你好悲幅，請問有SPDE安裝包嘛套鹅？在網(wǎng)上沒有搜到
如何使用SPDE進(jìn)行共線性分析（MCScanX）
在進(jìn)行共線性分析的時候需要準(zhǔn)備兩個文件：一個是blast文件，一個是gff文件汰具。這兩個文件都是需要經(jīng)過相應(yīng)處理的卓鹿。在這里還是稍微跟同學(xué)們說一下原理：共線性的本質(zhì)其實(shí)就是找序列...
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你好吟孙，安裝包怎么下載呀，我在公共號找了下載位置聚蝶，但是點(diǎn)download就進(jìn)不去
進(jìn)化樹構(gòu)建與節(jié)點(diǎn)名批量修改
今天介紹的小工具是Multi-omics Hammer的ptree_rename功能杰妓，主要用于批量修改進(jìn)化樹節(jié)點(diǎn)的名稱。 提到進(jìn)化樹碘勉，必然需要提到如何構(gòu)建進(jìn)化樹巷挥，因此本文將從...
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CFVisual繪制Motif+基因結(jié)構(gòu)+結(jié)構(gòu)域+進(jìn)化樹+啟動子圖的單獨(dú)或組合圖1. 軟件簡介 CFVisual_V2.1軟件是一款借助Python語言的matplotlib庫和PySide2庫進(jìn)行生物序列結(jié)構(gòu)繪圖的數(shù)據(jù)可視化軟件，主要用于生物信...
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農(nóng)桿菌侵染實(shí)現(xiàn)遺傳轉(zhuǎn)化的原理
農(nóng)桿菌侵染實(shí)現(xiàn)遺傳轉(zhuǎn)化的原理 原理和過程： 農(nóng)桿菌是一種革蘭氏陰性菌验靡，其上含有一個被稱為腫瘤誘導(dǎo)質(zhì)辆涓鳎或Ti質(zhì)粒的DNA環(huán)，含有遺傳轉(zhuǎn)化所需要的T-DNA和Vir區(qū)晴叨，能夠?qū)h(huán)上...
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你好凿宾，請問你設(shè)計sgRNA的時候，張峰老師實(shí)驗(yàn)室的那個網(wǎng)站進(jìn)去之后兼蕊，是怎么進(jìn)到輸入序列的頁面的呀初厚？我找不到那個頁面嗚嗚嗚
CRISPR-Cas9基因敲除sgRNA設(shè)計
大佬說，我只說一次孙技，你自己要記住以最火熱的p53為例 Step 1 先找p53基因序列 1. NCBI--輸入p53并選擇物種human：tumor protein p53 ...
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如果不知道基因在ncbi的編號怎么獲取它不同的轉(zhuǎn)錄本呀产禾？
CRISPR-sgRNA設(shè)計
NCBI網(wǎng)站找到target gene 的CDS區(qū)域 第一步：打開菜單欄，下拉到Gene牵啦，在搜索框輸入目標(biāo)基因GSTP1亚情，然后進(jìn)行Search1.png 第二步：在Searc...
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你好，請問獲取基因不同轉(zhuǎn)錄本的外顯子內(nèi)含子表達(dá)情況還有別的方法嗎哈雏？我的基因在ncbi上似乎找不到
CRISPR-Cas9基因編輯1--背景介紹及gRNA設(shè)計（上）
簡介和前期文章 我對之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié) 前言： 每當(dāng)我們接觸新事物時楞件，都忍不住問如下圖所示之哲學(xué)三問（當(dāng)然有時候問的是，這是什么裳瘪？可以吃嗎土浸？怎么做？）： 由于...
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@凍春卷 喔哦我看懂了彭羹，剪切的位置一個是3‘下游兩個堿基處黄伊，一個是互補(bǔ)鏈5’端下游6個堿基處。
CRISPR-Cas9基因編輯2--gRNA設(shè)計（下）
簡介和前期文章 我對之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié)CRISPR-Cas9基因編輯之背景介紹及gRNA設(shè)計（上） 前言： 在上一次文章中派殷，我們已經(jīng)得到了在線工具設(shè)計的sgR...
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您好还最，可以請教一下嗎墓阀？本文第一步完善oligo序列，為什么要在兩端加幾個堿基呀拓轻？這對序列互補(bǔ)配對后形成黏性末端岂津，但是Bbs I的酶切位點(diǎn)不是平末端嗎？這是怎么連上去的呢悦即，我一直沒搞懂這里。
CRISPR-Cas9基因編輯2--gRNA設(shè)計（下）
簡介和前期文章 我對之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié)CRISPR-Cas9基因編輯之背景介紹及gRNA設(shè)計（上） 前言： 在上一次文章中橱乱，我們已經(jīng)得到了在線工具設(shè)計的sgR...
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老師您好泳叠，請問這個bootstrap太低的話作瞄，有什么辦法可以提高嗎？
進(jìn)化樹構(gòu)建背景資料
一危纫、背景資料 進(jìn)化樹（evolutionary tree）又名系統(tǒng)樹（phylogenetie tree）進(jìn)化樹宗挥，用來表示物種間親緣關(guān)系遠(yuǎn)近的樹狀結(jié)構(gòu)圖。在進(jìn)化樹中种蝶，各個分類...
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進(jìn)化樹構(gòu)建背景資料一螃征、背景資料 進(jìn)化樹（evolutionary tree）又名系統(tǒng)樹（phylogenetie tree）進(jìn)化樹搪桂，用來表示物種間親緣關(guān)系遠(yuǎn)近的樹狀結(jié)構(gòu)圖。在進(jìn)化樹中盯滚，各個分類...
