比對軟件很多抵皱，首先大家去收集一下乌妒，因為我們是帶大家入門锥忿，請統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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RNA-seq(5):序列比對：Hisat2 -
比對軟件（DNA or RNA序列）的區(qū)別
文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用匆瓜，有錯誤請指出，我立刻改正锻拘！ 更多說明：https://zhuanlan.zhihu.com/p/451939113[https://zhuanla...
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R繪圖：ggplot2繪制火山圖火山圖是測序分析報告中最為核心的圖片之一日月。繪制火山圖的方法有許多，Excel和第三方軟件等宛瞄，本文主要運用ggplot2和ggrepel兩個R包演示[1][2]浮禾。橫坐標(biāo)為Fol...
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bedtools intersect用法 (intersectBed)bedtools intersect可以對兩個基因組特征 (genomic features) 進行overlap，找到兩者重合的區(qū)域份汗。比如求兩個peaks的交集盈电，或者看很多...
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利用HOMER預(yù)測目標(biāo)序列的motif（從運行程序到結(jié)果解讀，以及注意事項）關(guān)于查找motif杯活，目前有很多種軟件可以進行預(yù)測匆帚。我所在的實驗室通常使用FIMO（MEME套件里的一個），但是有很多文獻里也提到了HOMER這個軟件旁钧，并且不乏一些影響因子很高...
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R語言基礎(chǔ)--包的操作與內(nèi)置數(shù)據(jù)集R語言包的安裝 參考文章 在R中大概有幾種包的安裝方式田篇。 install.packages()常規(guī)包的安裝 括號里面包的名稱要加英文引號替废，在列出的CRAN鏡像站點列表中選擇一...
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ggplot2的x軸坐標(biāo)順序不對腫么辦起因 這是一個天朗氣清的日子。我正無聊的翻看著聊天記錄兽赁，突然一道題出現(xiàn)在我的視野里： 圖是這樣的： 思路 1.這圖應(yīng)該是ggplot2状答，theme_bw主題的箱線圖（geom...
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conda 安裝R語言及其R包
00 緣起 最新的R 3.5 版本特別難安裝冷守，而且很多新的包只能在R3.5版本上工作。之前用 make source 的方式總是出錯剪况，R3.5的更新依賴太多教沾，需要安裝很多依賴...
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RunPCA時遇到error in irlba(A = t(x = object), nv = npcs, ...) : max(nu, nv) must be strictly les...
> pbmc <- RunPCA(pbmc, features = VariableFeatures(object = pbmc))Error in irlba(A = t(...
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生信格式中的0-base與1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables（USC...
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DESeq2差異分析十全大補使用筆記寫在前面：新手老菜鳥，個人心得译断，不足之處歡迎交流指正授翻；寫作不易，轉(zhuǎn)載前請聯(lián)系我征得同意孙咪，謝謝堪唐。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 package for dif...
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R語言可視化（二十九）：聚類樹圖繪制29. 聚類樹圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用dendrogram函數(shù)繪制聚類樹圖 使用ggdendro包繪制聚類樹圖 使用ggraph包繪制聚類樹圖
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomics/harmony[https://github.com/immunogenomics/...
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這個世界流行離開拥知，但我們卻不擅長告別
