作者绝骚，Evil Genius 希望我也無奈去搞盜版的時候，大家能理解~~~扁凛，辛苦創(chuàng)作是真的不如搞盜版，而且搞盜版的我發(fā)現在碩士博士舅踪，醫(yī)學生群體口碑還挺好的茧痒。 在空間轉錄組學中...
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腳本更新----細胞的空間臨近性分析
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流程更新----空間細胞聚類及配受體共現分析（針對visium、bin模式的Stereo-seq锐想、以及HD）
作者帮寻，Evil Genius 今天我們分享一個簡答的內容，空間細胞聚類與配受體共現赠摇。 今年的空間課程給了大家一個方法固逗，當然了浅蚪，都可以用，也都有高分文章引用烫罩，我們今天更新一個...
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腳本更新----空間鄰域差異分析（高精度平臺惜傲，Xenium、CosMx贝攒、CODEX盗誊、圖像分割Stereo-seq、HD）作者饿这，Evil Genius 今天的目標浊伙，實現如下的分析 對于空間轉錄組而言，高精度平臺圖像分割獲取單細胞精度的矩陣絕對是必做的长捧。大家如果選擇做高精度空轉嚣鄙，尤其Stereo-...
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腳本更新----空間轉錄組信號流COMMOT與空間inferCNV（封裝版）作者，Evil Genius 針對visium串结、bin模式的Stereo-seq哑子、HD等的腳本更新。 對于單細胞而言肌割，大家網上找點代碼分析出個結果卧蜓，已經很容易了，但是想分析的...
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課程補充----單細胞空間聯合分析之RCTD封裝版（針對visium把敞、bin模式的Stereo-seq弥奸、HD）作者，Evil Genius 關于RCTD奋早，本來都不打算更新了盛霎，R版本的聯合分析我覺得大家自己寫寫就完了，現在看來耽装，還是需要整理一下愤炸。 文章在Robust decomposi...
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流程更新----空間細胞聚類及配受體共現分析（針對visium、bin模式的Stereo-seq掉奄、以及HD）作者规个，Evil Genius 今天我們分享一個簡答的內容，空間細胞聚類與配受體共現姓建。 今年的空間課程給了大家一個方法诞仓，當然了，都可以用速兔，也都有高分文章引用狂芋，我們今天更新一個...
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頂刊方法補充---腫瘤演化與微環(huán)境相互作用作者，Evil Genius 周末了憨栽，我們復習一下帜矾，高分文章的方法補充翼虫，文章在 (1)WES數據分析,如下 1、BWA-mem比對（GRCh38）2屡萤、使用samtools將輸...
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流程升級---通過生態(tài)位差異分析確定細胞狀態(tài)轉變的外在驅動因素作者珍剑，Evil Genius 今年不知道大家過的怎么樣？掙到錢了么死陆？文章發(fā)表了沒招拙？光陰似箭，大家珍惜讀書的大好時光措译。 我們今天的分析從空間轉錄組生態(tài)位的轉變影響細胞狀態(tài)開始别凤，...
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流程更新----10XHD的tiff圖片結合cellpose進行細胞分割分析獲取單細胞級別的空間表達矩陣作者，Evil Genius 不止一次的說過领虹，做HD规哪、Stereo-seq，盡量不要再用bin分割模式塌衰，采用圖像識別的圖像分割模式诉稍，獲取單細胞級別的空間矩陣。 Stereo-...
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流程升級---空間鄰域聚類分析與分層分析（高精度平臺最疆，Stereo-seq杯巨、HD、Xenium努酸、CosMx）作者服爷，Evil Genius 我們今天要實現的目標是，依據細胞鄰域的不同進行細胞類型的分層聚類获诈。 我們在分析高精度平臺的時候仍源，通過基礎分析，會拿到聚類結果烙荷，經過注釋之后镜会，會獲...
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流程升級---解剖細胞鄰域（CN）組織的iTME（高精度空間平臺檬寂、Stereo-seq终抽、HD）作者，Evil Genius 最近有一位學員問桶至，為什么公司更新升級流程需要這么多的內容昼伴？ 原因很簡單，所謂流程升級镣屹，需要調研圃郊，把所有的分析方法、算法女蜈、使用場景持舆、優(yōu)劣勢全部總結...
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頂刊分享---空間轉錄組三維重建色瘩、表征空間梯度和細胞相互作用（Stereo-seq）作者，Evil Genius 我的媽呀逸寓，上班剛坐下居兆，先看舉報信~~~ 捅了猴子窩了，去了者行孫竹伸，又來行者孫~~~~ 咱舉報寫點正常的理由行不泥栖？侵權舉報是不是有點太扯了，想要資...
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流程升級---原位捕獲數據的無分割分析（Stereo-seq勋篓、HD）作者吧享，Evil Genius 高分辨率的空間轉錄組，最好做細胞分割譬嚣，一般不要用一刀切的bin劃分方法钢颂，但是我們如果沒有條件做細胞分割，就需要改進一下一刀切的bin分割方法孤荣。 ...
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流程升級----高精度空間平臺的細胞鄰域分析（固定范圍）
作者甸陌，Evil Genius 慢慢的也要把空間的分析升級到高精度平臺了。 群里有人分享自己發(fā)表的文章盐股，說實話钱豁，我真心的羨慕，做科研這條路疯汁，文章是硬通貨牲尺，把自己說的天花亂墜，什...
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突變位點遺傳有害性的軟件檢測匯總作者幌蚊，Evil Genius 禮拜天我們分享一個簡單的內容谤碳，突變的遺傳有害性檢測 首先第一個，InterVar InterVar是一種生物信息學軟件工具溢豆，用于通過ACMG /...
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知識擴展---遺傳病基因檢測與ACMG分級作者蜒简，Evil Genius 這一篇來點不一樣的。 ACMG漩仙，全稱為American College of Medical Genetics and Genomics美國醫(yī)學...
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流程升級---量化分析細胞類型的空間關系（高精度平臺）作者搓茬，Evil Genius 現在我們高精度平臺項目越來越多了（包括HD、Stereo-seq队他、Xenium卷仑、CoxMx等），針對Visium低精度的一些分析是無法滿足高精度...
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文獻分享---差異染色質可及性和轉錄動力學定義乳腺癌亞型及其譜系（突變 + scRNA + scATAC + 空間）作者麸折，Evil Genius 今日參考文獻 知識積累 乳腺癌（BC）由不同的分子亞型和不同的細胞起源來定義锡凝。 BC是女性中最常見的癌癥，2018年確診的新病例為210萬例垢啼。 ...
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流程升級---單細胞 + 空間數據推斷空間尺度的配(受體)靶基因活性作者窜锯，Evil Genius 關于通訊分析张肾，分享的是最多的，單細胞分享了不止幾十篇锚扎，空間的話捌浩，也分享了很對，列在下面工秩，供大家參考尸饺。 高精度空間平臺（Stereo-seq、Xe...
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從空間解析轉錄組學推斷等位基因特異性拷貝數畸變和腫瘤系統(tǒng)圖譜作者助币，Evil Genius 在分享文章Integrative spatial and genomic analysis of tumor heterogeneity wit...