由于基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制的復(fù)雜性秘血，多種組學(xué)數(shù)據(jù)的整合分析，從不同的層面探究生物問題越來越重要。從RNA-Seq層面，我們可以探究哪些基因具有顯著差異，上調(diào)或下調(diào)唯沮；從ChIP-Se...
發(fā)簡信
IP屬地：河南
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第10篇：ATAC-Seq戒幔、ChIP-Seq洽胶、RNA-Seq整合分析
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使用deeptools計(jì)算ChIP-seq樣本之間的相關(guān)性整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具。本文只對使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹堪遂。 當(dāng)我們需要評(píng)估ChIP-seq類測序數(shù)據(jù)的相關(guān)性時(shí)介蛉，deeptools[...
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ChIP-seq實(shí)踐（非轉(zhuǎn)錄因子，非組蛋白）在實(shí)戰(zhàn)之前溶褪，首先對CHIP-seq分析做一些了解币旧，以下是從各個(gè)地方copy過來綜合起來的，有些散亂猿妈，是我認(rèn)為重要以及應(yīng)該了解的知識(shí)點(diǎn)佳恬。chip-seq 實(shí)戰(zhàn)就跟在轉(zhuǎn)錄組和外顯...
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軟件9 —— MACS2
一、 基本介紹 ※ 峰識(shí)別（peak calling）工具包括：MACS2和HOMER（適用于ChIP-seq和ATAC-seq）于游、HMMRATAC（針對于ATAC-seq...
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macs2MACS的自述文件（2.1.2） 運(yùn)行 結(jié)果 介紹 隨著測序技術(shù)的改進(jìn)毁葱，染色質(zhì)免疫沉淀，然后進(jìn)行高通量測序（ChIP-Seq）越來越受歡迎研究全基因組蛋白質(zhì)-DNA相互作用贰剥。...
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【小工具】智能合并測序數(shù)據(jù)fastq的腳本
介紹： 這是一個(gè)可以自動(dòng)合并數(shù)據(jù)的簡易腳本 應(yīng)用場景： 有一批數(shù)據(jù)有三十幾個(gè)樣本,測序公司返回?cái)?shù)據(jù)時(shí)由于數(shù)據(jù)量不達(dá)標(biāo)倾剿，需要加測一次，部分樣本數(shù)據(jù)量還是不夠, 又加測一次才夠蚌成，...
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【PPT錦囊講解29】【折線圖】告訴你趨勢的折線圖的高階玩法今天為大家講解錦囊29前痘，用折線圖表示大趨勢！ Step 1：制作標(biāo)題 1??新建PPT担忧，版式空白 2??插入文本“業(yè)務(wù)部A員工2015年全年汽車銷售情況”芹缔，【字號(hào)】-【36】...
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<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fhmyh1202" target="_blank">https://github.com/hmyh1202</a>
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Intervene: BED文件的intersect和繪制韋恩圖一最欠、背景介紹 通常，BED文件的overlap/intersect的操作惩猫，可以BEDtools intersect功能完成overlap和統(tǒng)計(jì)：Bedtolols inter...
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表觀組學(xué)：call peak概念和MACS2算法原理芝硬，最簡明清晰的call peak一文通在諸如：ChIP-seq、ATAC-seq轧房、MeRIP-seq(m6A)拌阴、Cut&Tag中我們常常聽到一個(gè)詞Call Peak。Call Peak究竟是什么東西奶镶，得到的結(jié)果又...
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關(guān)于測序數(shù)據(jù)大小問題
基本概念 我們一般說的測序數(shù)據(jù)迟赃，比方說 6G 的測序數(shù)據(jù)陪拘，這個(gè)G代表的是 Gbase，而非文件大小 GB（gigabyte)Gbase 代表的是堿基數(shù)量纤壁，即測序文件（A,T,...
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個(gè)人記錄而已摄乒，不盈利，不保證對錯(cuò)残黑，不回簡信
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bedtools intersect用法 (intersectBed)bedtools intersect可以對兩個(gè)基因組特征 (genomic features) 進(jìn)行overlap馍佑，找到兩者重合的區(qū)域。比如求兩個(gè)peaks的交集梨水，或者看很多...
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bedtools intersect簡單介紹整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具拭荤。本文只對使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹。 一般而言疫诽，我們獲得了MACS的peak calling結(jié)果時(shí)舅世，我們會(huì)想探...
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去除空白行和na，duplicate 'row.names'的處理去除空白行 去除na行 同時(shí)去除兩者 想要給數(shù)據(jù)重新命名奇徒，但是有的行具有重復(fù)值即：多個(gè)探針I(yè)D對應(yīng)一個(gè)同一個(gè)基因雏亚。目的：為了去掉這些重復(fù)的基因，將數(shù)據(jù)處理成每一行為不重復(fù)的基...
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【避坑】R報(bào)錯(cuò) lazy-load database is corrupt文章很短，你掃一眼就看完了胖笛。 今天嘗試復(fù)現(xiàn)詞云圖的時(shí)候网持，需要用到R包tm（Text Mining），死活裝不上长踊，無奈打算使出殺手锏——安裝R包的二進(jìn)制版本功舀。 沒想到在我lib...
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我的ChIP-Seq(5): peaks注釋
注釋一般有以下幾種方法，但是一般經(jīng)驗(yàn)有： 1.比對時(shí)下載UCSC格式的參考基因組身弊，后續(xù)操作障礙少2.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備要嚴(yán)格按照軟件的說明辟汰，若遇到格式正確就是讀不進(jìn)的情況，試試dos2...
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跟著官方文檔來看看GRanges這個(gè)對象劉小澤寫于2020.8.5今天跟著官方文檔來看看GRanges這個(gè)對象 1 前言 內(nèi)容來自：https://bioconductor.org/packages/release...
