相比于網(wǎng)頁工具螃宙，使用編程語言處理科研數(shù)據(jù)的一大優(yōu)勢计贰，在于高度的定制化，以及批量處理數(shù)據(jù)的快捷性和高效性 目錄批量處理——for循環(huán)批量計算組間差異[https://www.j...
IP屬地：北京
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批量處理——基因與免疫細胞的相關性 -
【數(shù)據(jù)庫】TISIDB→腫瘤免疫大合集在做腫瘤免疫相關性分析時颤绕，發(fā)現(xiàn)一個神奇的網(wǎng)站：TISIDB(an integrated repository portal for tumor-immune system i...
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Seurat包其中的FindIntegrationAnchors函數(shù)解析
在用Seurat包做多樣本整合的時候熬甚，我們通常采用兩種方式：（1）merge的方式（2）FindIntegrationAnchors的方式整合這里我們來解析一下FindInt...
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scRNA基礎分析-2：降維與聚類scRNA基礎分析-1:安裝包喉酌、導入數(shù)據(jù)完箩、過濾質(zhì)控 - 簡書 [http://www.reibang.com/p/4b751d379e71]scRNA基礎分析-2：降維與...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組測序---多樣本整合分析完整代碼
最近做了天然胸腺單細胞測序結果的分析，我在GEO數(shù)據(jù)庫中下載了10個樣本（GSE182135）宽闲，完整的的代碼如下众眨，做一個記錄，還在摸索階段容诬，如果有不對的地方也請大佬們指正娩梨。后...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組分析之DoubletFinder去除雙細胞單細胞轉(zhuǎn)錄組，因為其技術原因览徒，在很多時候姚建，會造成雙細胞的情況，一般我們進行基礎的質(zhì)控之后吱殉，好點的數(shù)據(jù)是沒有問題的。目前也有很多算法進行雙細胞的預測厘托，但是一定要注意友雳，無論是哪種...
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scRNAseq雙細胞去除-1: DoubletFinder10x平臺的雙細胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布，單個液滴包含超過一個細胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機細胞的濃度而改變铅匹。通常如果上...
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TISCH || 腫瘤免疫單細胞中心腫瘤免疫單細胞中心(TISCH)是一個專注于腫瘤微環(huán)境(TME)的scRNA-seq數(shù)據(jù)庫押赊。TISCH在單細胞水平提供了詳細的細胞類型注釋，使不同癌癥類型的TME得以探索。 ...
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數(shù)據(jù)質(zhì)控-單細胞轉(zhuǎn)錄組分析的數(shù)據(jù)質(zhì)控scRNA-seq03背景：單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制流礁，質(zhì)量控制去除（1）低質(zhì)量的細胞（2）雙胞（3）RNA污染的細胞 1.去除低質(zhì)量的細胞什么樣的細胞是低質(zhì)量的細胞呢涕俗？通常是檢測到的基因數(shù)目少、...
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結合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我們一般拿到單細胞矩陣需要做的一個預處理步驟是去雙胞神帅，而常用的一個R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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scRNA基礎分析-1:安裝包再姑、導入數(shù)據(jù)、過濾質(zhì)控已經(jīng)學習了轉(zhuǎn)錄組基本入門知識找御，現(xiàn)在了解元镀、學習下單細胞轉(zhuǎn)錄組(scRNA)相關知識。依舊是站在巨人的肩膀上看世界霎桅，入門學習目前主要參考 微信公眾號--生信會客廳的單細胞轉(zhuǎn)錄組分...
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R表格導出的笨辦法今天本打算寫ggplot學習的心得栖疑，可本周的學習小組回答問題花費了一些時間，學完已經(jīng)將近11點了滔驶。無奈只好今天準備一下數(shù)據(jù)遇革，下回繼續(xù)吧。 關于入門學習小組的報名揭糕，下一次開課是...
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簡書答疑公告
其實我轉(zhuǎn)移到了別的平臺萝快，簡書很久才看一次，評論看到的時候基本已經(jīng)過去很多天插佛，另外平時工作繁忙杠巡，很少有功夫回復。如果是跟我的教程學習雇寇，有卡住的情況氢拥，迫切需要我?guī)椭膯栴}，請參考...
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WGCNA（三）代碼實現(xiàn)0.數(shù)據(jù)預整理 這是從GEO數(shù)據(jù)庫下載的數(shù)據(jù)锨侯，GSE199335嫩海。 整理數(shù)據(jù)的代碼，尤其是分組信息和探針注釋囚痴，因數(shù)據(jù)而異叁怪。 下面的代碼主要自WGCNA的官方文檔，本強迫癥進行...
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RSEM的TPM,FPKM,COUNT數(shù)據(jù)整合
RSEM的數(shù)據(jù)整合只能整合count內(nèi)容所以簡單寫了個函數(shù)整合RSEM的TPM,FPKM,COUNT
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（十一）：WGCNA加權基因共表達網(wǎng)絡分析——關聯(lián)基因模塊與表型本節(jié)概覽1. WGCNA基本概念：定義深滚、關鍵術語奕谭、基本流程、一些注意事項2. WGCNA運行：?輸入數(shù)據(jù)準備①判斷數(shù)據(jù)質(zhì)量痴荐，繪制樣品的系統(tǒng)聚類樹②挑選最佳閾值power③ 構...
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