相比于網(wǎng)頁(yè)工具宣决，使用編程語(yǔ)言處理科研數(shù)據(jù)的一大優(yōu)勢(shì)记焊，在于高度的定制化豫领，以及批量處理數(shù)據(jù)的快捷性和高效性 目錄批量處理——for循環(huán)批量計(jì)算組間差異[https://www.j...
IP屬地：北京
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批量處理——基因與免疫細(xì)胞的相關(guān)性 -
【數(shù)據(jù)庫(kù)】TISIDB→腫瘤免疫大合集在做腫瘤免疫相關(guān)性分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)一個(gè)神奇的網(wǎng)站：TISIDB(an integrated repository portal for tumor-immune system i...
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Seurat包其中的FindIntegrationAnchors函數(shù)解析
在用Seurat包做多樣本整合的時(shí)候辟宗，我們通常采用兩種方式：（1）merge的方式（2）FindIntegrationAnchors的方式整合這里我們來(lái)解析一下FindInt...
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scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與聚類scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包爵赵、導(dǎo)入數(shù)據(jù)、過(guò)濾質(zhì)控 - 簡(jiǎn)書 [http://www.reibang.com/p/4b751d379e71]scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序---多樣本整合分析完整代碼
最近做了天然胸腺單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果的分析泊脐，我在GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中下載了10個(gè)樣本（GSE182135）空幻，完整的的代碼如下，做一個(gè)記錄容客，還在摸索階段秕铛，如果有不對(duì)的地方也請(qǐng)大佬們指正。后...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析之DoubletFinder去除雙細(xì)胞單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組缩挑，因?yàn)槠浼夹g(shù)原因但两，在很多時(shí)候，會(huì)造成雙細(xì)胞的情況供置，一般我們進(jìn)行基礎(chǔ)的質(zhì)控之后谨湘，好點(diǎn)的數(shù)據(jù)是沒有問題的。目前也有很多算法進(jìn)行雙細(xì)胞的預(yù)測(cè)，但是一定要注意紧阔，無(wú)論是哪種...
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scRNAseq雙細(xì)胞去除-1: DoubletFinder10x平臺(tái)的雙細(xì)胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布坊罢，單個(gè)液滴包含超過(guò)一個(gè)細(xì)胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機(jī)細(xì)胞的濃度而改變。通常如果上...
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TISCH || 腫瘤免疫單細(xì)胞中心腫瘤免疫單細(xì)胞中心(TISCH)是一個(gè)專注于腫瘤微環(huán)境(TME)的scRNA-seq數(shù)據(jù)庫(kù)擅耽。TISCH在單細(xì)胞水平提供了詳細(xì)的細(xì)胞類型注釋活孩，使不同癌癥類型的TME得以探索。 ...
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數(shù)據(jù)質(zhì)控-單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的數(shù)據(jù)質(zhì)控scRNA-seq03背景：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制乖仇，質(zhì)量控制去除（1）低質(zhì)量的細(xì)胞（2）雙胞（3）RNA污染的細(xì)胞 1.去除低質(zhì)量的細(xì)胞什么樣的細(xì)胞是低質(zhì)量的細(xì)胞呢憾儒？通常是檢測(cè)到的基因數(shù)目少、...
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結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞乃沙，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包航夺、導(dǎo)入數(shù)據(jù)、過(guò)濾質(zhì)控已經(jīng)學(xué)習(xí)了轉(zhuǎn)錄組基本入門知識(shí)崔涂，現(xiàn)在了解、學(xué)習(xí)下單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組(scRNA)相關(guān)知識(shí)始衅。依舊是站在巨人的肩膀上看世界冷蚂，入門學(xué)習(xí)目前主要參考 微信公眾號(hào)--生信會(huì)客廳的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分...
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R表格導(dǎo)出的笨辦法今天本打算寫ggplot學(xué)習(xí)的心得，可本周的學(xué)習(xí)小組回答問題花費(fèi)了一些時(shí)間汛闸，學(xué)完已經(jīng)將近11點(diǎn)了蝙茶。無(wú)奈只好今天準(zhǔn)備一下數(shù)據(jù)，下回繼續(xù)吧诸老。 關(guān)于入門學(xué)習(xí)小組的報(bào)名隆夯，下一次開課是...
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簡(jiǎn)書答疑公告
其實(shí)我轉(zhuǎn)移到了別的平臺(tái)，簡(jiǎn)書很久才看一次别伏，評(píng)論看到的時(shí)候基本已經(jīng)過(guò)去很多天蹄衷，另外平時(shí)工作繁忙，很少有功夫回復(fù)厘肮。如果是跟我的教程學(xué)習(xí)愧口，有卡住的情況，迫切需要我?guī)椭膯栴}类茂，請(qǐng)參考...
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WGCNA（三）代碼實(shí)現(xiàn)0.數(shù)據(jù)預(yù)整理 這是從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載的數(shù)據(jù)耍属，GSE199335。 整理數(shù)據(jù)的代碼巩检，尤其是分組信息和探針注釋厚骗，因數(shù)據(jù)而異。 下面的代碼主要自WGCNA的官方文檔兢哭，本強(qiáng)迫癥進(jìn)行...
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RSEM的TPM,FPKM,COUNT數(shù)據(jù)整合
RSEM的數(shù)據(jù)整合只能整合count內(nèi)容所以簡(jiǎn)單寫了個(gè)函數(shù)整合RSEM的TPM,FPKM,COUNT
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（十一）：WGCNA加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析——關(guān)聯(lián)基因模塊與表型本節(jié)概覽1. WGCNA基本概念：定義领舰、關(guān)鍵術(shù)語(yǔ)、基本流程、一些注意事項(xiàng)2. WGCNA運(yùn)行：?輸入數(shù)據(jù)準(zhǔn)備①判斷數(shù)據(jù)質(zhì)量提揍，繪制樣品的系統(tǒng)聚類樹②挑選最佳閾值power③ 構(gòu)...
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