Cytoscape 具有非常活躍的app開發(fā)社區(qū)推汽，有很多可視化和分析策略被包裝成APP的形式發(fā)表在其官網(wǎng)中，在網(wǎng)絡(luò)圖繪制中占有比較重要的一席之地歹撒×椋可以用于展示W(wǎng)GCNA暖夭，基因...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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Cytoscape 常用參數(shù)
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Seurat 計(jì)算線粒體基因比例時(shí)旧烧，基因非MT-開頭Seurat可以利用PercentageFeatureSet計(jì)算線粒體基因比例并添加到meta.data影钉，但是我們?cè)谑褂?sce[["percent.mt"]] = Per...
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這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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10X單細(xì)胞基礎(chǔ)+個(gè)性化合集2作者昂勉，Evil Genius 這一篇分享以下后三個(gè)部分 單細(xì)胞個(gè)性化分析之細(xì)胞通訊篇 單細(xì)胞個(gè)性化分析之CNV篇 單細(xì)胞個(gè)性化分析之轉(zhuǎn)錄因子篇 單細(xì)胞個(gè)性化分析之細(xì)胞通訊篇 ...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析---Scanpy（1）我們前面也分享過很多篇關(guān)于Seurat的使用，尤其是在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析上扫腺，今天我們來分享和學(xué)習(xí)另外一個(gè)和它齊名的工具：scanpy村象。也許有人會(huì)說單細(xì)胞分析使用Seurat笆环，m...
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Seurat數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)（一）在做單細(xì)胞分析的過程中厚者，我們通常要基于Seurat數(shù)據(jù)之上做多樣化的分析：針對(duì)某一子集，重新畫圖等等库菲。所以账忘，我們首先需要對(duì)Seurat的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)有一個(gè)基本的了解。 下面這個(gè)圖...
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單細(xì)胞差異基因可視化|Seurat和scanpy提取細(xì)胞簇主要差異基因(DEG)并繪制氣泡圖1.背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析在進(jìn)行完細(xì)胞自聚類或者細(xì)胞類型注釋后鳖擒，一般需要對(duì)查到的差異基因可視化，用來顯示基因和細(xì)胞群的相關(guān)性烫止，進(jìn)行后續(xù)分析蒋荚。當(dāng)然Seurat和scanpy本身可...
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R語言用列數(shù)據(jù)畫PCA帶橢圓圖之前找了很多信息，見到的都是用行畫PCA馆蠕，用列的大多都是使用fviz_pca_var這個(gè)函數(shù)期升，但這個(gè)函數(shù)橢圓我又死活加不上，再加上畫橢圓時(shí)的分組信息又沒法加在原數(shù)據(jù)里播赁，糾結(jié)了...
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北京百奧益康醫(yī)藥科技有限公司是天津百奧醫(yī)藥科技有限公司的全資子公司祖秒，致力于提供前沿的單細(xì)胞組學(xué)全套解決方案，單細(xì)胞相關(guān)研發(fā)和服務(wù)團(tuán)隊(duì)位于北京亦莊舟奠。<br><br>百奧益康現(xiàn)有管理團(tuán)隊(duì)和技術(shù)團(tuán)隊(duì)具有豐富的單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)和研發(fā)經(jīng)驗(yàn)竭缝，在單細(xì)胞研究領(lǐng)域深耕7年，曾成功領(lǐng)導(dǎo)打造了國(guó)內(nèi)領(lǐng)先的單細(xì)胞科研服務(wù)團(tuán)隊(duì)沼瘫，現(xiàn)已累積150+種不同組織類型抬纸、 10,000+個(gè)樣品的10x Genomics單細(xì)胞測(cè)序經(jīng)驗(yàn),累積服務(wù)客戶發(fā)文超百篇耿戚，影響因子超千分（包括CNS頂級(jí)期刊） 湿故。
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Scissor:整合bulk+scRNA鑒定功能亞群前言 關(guān)注生信寶庫時(shí)間比較久的小伙伴會(huì)發(fā)現(xiàn)膜蛔，我們除了更新免疫相關(guān)的推文外坛猪，最多的就是單細(xì)胞研究相關(guān)的算法的文獻(xiàn)解讀了。最近有一位粉絲通過后臺(tái)和我們說能不能更新一些單細(xì)胞聯(lián)合b...
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Seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式寫在前面 最近做圖的時(shí)候不會(huì)把umap圖分成實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組兩個(gè)對(duì)比的圖洋魂。問了同學(xué)說是需要把分組信息加到@meta.data里面绷旗。順便系統(tǒng)學(xué)下Seurat對(duì)象數(shù)據(jù)格式。 參考：...
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【最新匯總】單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析與繪圖系列
分析 單細(xì)胞分析實(shí)錄(1): 認(rèn)識(shí)Cell Hashing[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkzMzE5NTM4NA==&mid=2247...
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兩次單細(xì)胞差異分析后的結(jié)果進(jìn)行相關(guān)性散點(diǎn)圖繪制參考https://mp.weixin.qq.com/s/76hSRtF7m3V9AXonrCNc8w[https://mp.weixin.qq.com/s/76hSRtF7...
