前言 ??HiC數(shù)據(jù)的另外一個用途就是可以推斷染色體的3D結構隘膘。小編也是第一次做染色體三維推斷的分析荸型，而網(wǎng)絡上也很少能找到關于此分析的帖子，所以在這過程中也是踩了不少的坑敢会，所...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
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PASTIS：從HiC矩陣推斷染色體3D結構
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Hyphy蝙叛，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件撮弧，使用指北
近幾年來饲做，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多，雖然不及paml狼电，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關注蜒灰。首先相比paml，hyphy有以下幾大優(yōu)點： 操作使用簡單肩碟。 運...
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在腳本里面調用conda創(chuàng)建的環(huán)境
事情源于强窖，我在寫腳本的時候，在腳本里面插入了一句 conda activate 環(huán)境名, 然后出現(xiàn)如下的報錯提示 conda認為我沒有初始化環(huán)境削祈，我腳本是在bash環(huán)境下運行...
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服務器de novo部署shiny app到網(wǎng)頁上為了方便別人快速使用我們文章的數(shù)據(jù)翅溺，先前給自己的project開發(fā)了一個shiny app，現(xiàn)在需要把這個APP部署到網(wǎng)頁上髓抑，因此記錄下整個部署過程咙崎。使用的是個空白的服務器，...
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基于VCF文件做基因滲入分析(Dsuite)Dsuite軟件文章：Malinsky, M., Matschiner, M. and Svardal, H. (2021) Dsuite ‐ fast D‐statisti...
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群體進化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個物種的一個種群向另一個種群引入新的遺傳物質吨拍，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成褪猛。通過基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個非常重要的來源羹饰，...
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kraken2 微生物物種分類kraken 是微生物組分析進行物種分類的工具伊滋，目前已經(jīng)是第二代 kraken2 了。kraken2 對比 kraken 重點優(yōu)化了數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建速度和數(shù)據(jù)庫大小队秩，以及分類速度笑旺。...
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codeml的理論和實踐最近被數(shù)據(jù)分析虐的死去活來，好難刹碾。 參考文獻： Likelihood ratio tests for detecting positiveselection and appl...
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連雨不知春去冠胯，一晴方覺夏深
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更新go和kegg注釋
非模式物種 step1:注釋把本物種的蛋白序列用diamond到eggnog數(shù)據(jù)庫比對 拿到eggnog的注釋結果記得吧以#開頭的行全部刪掉step2:構建自己的物種數(shù)據(jù)庫 ...
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群體遺傳變異——拷貝數(shù)變異分析基因組發(fā)生重排而導致的,一般指長度1 kb 以上的基因組片段的拷貝數(shù)增加或者減少, 主要表現(xiàn)為亞顯微水平的重復或者缺失。因此稱為“微”缺失/重復變異锦针。在基因組水平上荠察，CNV ...
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生信步驟|kmc+genomescope進行基因組調查在組裝未知基因組時，往往需要利用重測序數(shù)據(jù)提前進行基因組調查奈搜，以獲取其基因組規(guī)模悉盆，雜合率，重復序列比例馋吗，GC含量等信息焕盟。從而更好地擬定后繼測序策略『暝粒基因組調查可以采用kmer...
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Win/Linux平臺批量處理FASTA文件的工具基因組測序技術的發(fā)展使得生物序列日益增多脚翘，從大量序列數(shù)據(jù)中挖掘有用的信息成為許多研究領域的重要手段，這就使得我們必須掌握一些序列處理的方法绍哎。其中来农，F(xiàn)ASTA文件是基因組最為常...
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非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉錄組AnnotationHub中沒有本生煙草數(shù)據(jù)庫海诲，只好自己構建繁莹，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先參考非模式生物富集分析[https://mp.we...
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2022-08-03【自用】【lncRNA流程】記錄植物lncRNA分析流程文章
自用。內(nèi)容都未在此詳細記錄敬辣，感興趣的可以去看看文章雪标。 桃Prunus persica 文章：Genome-wide identification and characteri...
