前言 ??HiC數(shù)據(jù)的另外一個(gè)用途就是可以推斷染色體的3D結(jié)構(gòu)峡扩。小編也是第一次做染色體三維推斷的分析曼尊，而網(wǎng)絡(luò)上也很少能找到關(guān)于此分析的帖子，所以在這過程中也是踩了不少的坑，所...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
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PASTIS：從HiC矩陣推斷染色體3D結(jié)構(gòu)
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Hyphy访递，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件瑞侮，使用指北
近幾年來，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多溪食，雖然不及paml囊卜，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注。首先相比paml错沃，hyphy有以下幾大優(yōu)點(diǎn)： 操作使用簡(jiǎn)單栅组。 運(yùn)...
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在腳本里面調(diào)用conda創(chuàng)建的環(huán)境
事情源于，我在寫腳本的時(shí)候枢析，在腳本里面插入了一句 conda activate 環(huán)境名, 然后出現(xiàn)如下的報(bào)錯(cuò)提示 conda認(rèn)為我沒有初始化環(huán)境玉掸，我腳本是在bash環(huán)境下運(yùn)行...
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服務(wù)器de novo部署shiny app到網(wǎng)頁上為了方便別人快速使用我們文章的數(shù)據(jù)，先前給自己的project開發(fā)了一個(gè)shiny app醒叁，現(xiàn)在需要把這個(gè)APP部署到網(wǎng)頁上司浪，因此記錄下整個(gè)部署過程。使用的是個(gè)空白的服務(wù)器把沼，...
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基于VCF文件做基因滲入分析(Dsuite)Dsuite軟件文章：Malinsky, M., Matschiner, M. and Svardal, H. (2021) Dsuite ‐ fast D‐statisti...
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)啊易，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因饮睬，是遺傳變異一個(gè)非常重要的來源租谈，...
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kraken2 微生物物種分類kraken 是微生物組分析進(jìn)行物種分類的工具，目前已經(jīng)是第二代 kraken2 了捆愁。kraken2 對(duì)比 kraken 重點(diǎn)優(yōu)化了數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建速度和數(shù)據(jù)庫大小割去，以及分類速度窟却。...
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codeml的理論和實(shí)踐最近被數(shù)據(jù)分析虐的死去活來，好難呻逆。 參考文獻(xiàn)： Likelihood ratio tests for detecting positiveselection and appl...
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連雨不知春去滓彰，一晴方覺夏深
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更新go和kegg注釋
非模式物種 step1:注釋把本物種的蛋白序列用diamond到eggnog數(shù)據(jù)庫比對(duì) 拿到eggnog的注釋結(jié)果記得吧以#開頭的行全部刪掉step2:構(gòu)建自己的物種數(shù)據(jù)庫 ...
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群體遺傳變異——拷貝數(shù)變異分析基因組發(fā)生重排而導(dǎo)致的,一般指長(zhǎng)度1 kb 以上的基因組片段的拷貝數(shù)增加或者減少, 主要表現(xiàn)為亞顯微水平的重復(fù)或者缺失。因此稱為“微”缺失/重復(fù)變異州袒。在基因組水平上揭绑，CNV ...
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生信步驟|kmc+genomescope進(jìn)行基因組調(diào)查在組裝未知基因組時(shí)，往往需要利用重測(cè)序數(shù)據(jù)提前進(jìn)行基因組調(diào)查郎哭，以獲取其基因組規(guī)模他匪，雜合率，重復(fù)序列比例夸研，GC含量等信息邦蜜。從而更好地?cái)M定后繼測(cè)序策略『ブ粒基因組調(diào)查可以采用kmer...
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Win/Linux平臺(tái)批量處理FASTA文件的工具基因組測(cè)序技術(shù)的發(fā)展使得生物序列日益增多悼沈，從大量序列數(shù)據(jù)中挖掘有用的信息成為許多研究領(lǐng)域的重要手段，這就使得我們必須掌握一些序列處理的方法姐扮。其中絮供，F(xiàn)ASTA文件是基因組最為常...
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非模式生物本生煙草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 轉(zhuǎn)錄組AnnotationHub中沒有本生煙草數(shù)據(jù)庫惊搏，只好自己構(gòu)建贮乳，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先參考非模式生物富集分析[https://mp.we...
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2022-08-03【自用】【lncRNA流程】記錄植物lncRNA分析流程文章
自用。內(nèi)容都未在此詳細(xì)記錄酪耳，感興趣的可以去看看文章亲铡。 桃Prunus persica 文章：Genome-wide identification and characteri...
