非常實(shí)用
探針注釋之其他基因id轉(zhuǎn)換0.介紹一下find_anno 我搞了一個(gè)函數(shù)牵舵，名叫find_anno褥蚯，可以根據(jù)GPL平臺(tái)編號(hào)給出探針注釋的代碼 第一種情況是有兩個(gè)代碼可以用 例如 給出的紅色字里面就有代碼...
IP屬地：海南
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探針注釋之其他基因id轉(zhuǎn)換0.介紹一下find_anno 我搞了一個(gè)函數(shù)街图，名叫find_anno蒲跨，可以根據(jù)GPL平臺(tái)編號(hào)給出探針注釋的代碼 第一種情況是有兩個(gè)代碼可以用 例如 給出的紅色字里面就有代碼...
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通過(guò)GSVA與相關(guān)性分析尋找目的基因的相關(guān)通路
最近幫師弟做一個(gè)GSVA分析实愚，發(fā)現(xiàn)已經(jīng)忘的差不多了，順便整理一下吧畸写。 基因集變異分析（Gene Set Variation Analysis, GSVA）可以將一個(gè)基因表達(dá)矩...
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WGCNA（3）：基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識(shí)別重要基因前面的文章中完成了數(shù)據(jù)導(dǎo)入和網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建驮瞧，下面是將基因模塊與性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)，從而識(shí)別與表型相關(guān)的重要基因枯芬。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.co...
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單細(xì)胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞過(guò)濾那些事hello论笔，大家好，今天已經(jīng)是五一假期的第二天千所，本人呢狂魔，哪也去不了，只好在家歇著淫痰，所以呢最楷，給自己找點(diǎn)事做，本人93年待错，單身籽孙，現(xiàn)居天津武清，女孩子有沒(méi)有想談戀愛(ài)了朗鸠，可以聯(lián)系我蚯撩，...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)中到底應(yīng)該如何處理線(xiàn)粒體基因
什么是線(xiàn)粒體基因 線(xiàn)粒體是參與細(xì)胞凋亡啟動(dòng)和執(zhí)行的主要細(xì)胞器之一。線(xiàn)粒體基因在大多數(shù)細(xì)胞中表達(dá)烛占，其表達(dá)水平是細(xì)胞類(lèi)型特異性的。也就是說(shuō)這個(gè)也是和細(xì)胞類(lèi)型及其狀態(tài)有關(guān)系的。 為...
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非生信人員做單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的入門(mén)秘籍寫(xiě)在前面 自2009年第一篇單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文章發(fā)表以來(lái)忆家，經(jīng)過(guò)十多年的發(fā)展犹菇，各研究機(jī)構(gòu)和生物公司相繼推出單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)服務(wù)，這使得單細(xì)胞測(cè)序已經(jīng)從“王謝堂...
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學(xué)到很多芽卿，后面是不是還有一個(gè)單細(xì)胞WGCNA（2）揭芍，很期待
單細(xì)胞WGCNA分析(1)
我在前面也分享過(guò)幾篇關(guān)于WGCNA的帖子，其實(shí)WGCNA本身就是對(duì)基因進(jìn)行了加權(quán)共表達(dá)卸例，合理分組的結(jié)果称杨。 如果對(duì)于一個(gè)表達(dá)量矩陣，本身就至于2個(gè)分組筷转，WT和處理姑原，那么簡(jiǎn)單的差...
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單細(xì)胞WGCNA分析(1)我在前面也分享過(guò)幾篇關(guān)于WGCNA的帖子锭汛，其實(shí)WGCNA本身就是對(duì)基因進(jìn)行了加權(quán)共表達(dá)，合理分組的結(jié)果袭蝗。 如果對(duì)于一個(gè)表達(dá)量矩陣唤殴，本身就至于2個(gè)分組，WT和處理到腥，那么簡(jiǎn)單的差...
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單細(xì)胞測(cè)序——髓系細(xì)胞注釋marker主要根據(jù)文獻(xiàn)中的描述與方法 髓系細(xì)胞分類(lèi) 巨噬細(xì)胞乡范，單核細(xì)胞廉侧，DC細(xì)胞 文獻(xiàn)一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋?zhuān)?免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋?zhuān)?免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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10+SCI，生信分析篩選基因+實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證篓足，可以作為模板文章學(xué)習(xí)段誊！生信小課堂 大家好！今天給大家介紹一篇2023年1月發(fā)表在International Journal of Biological Sciences（IF=10.75）雜志上栈拖，...
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