非常實(shí)用
探針注釋之其他基因id轉(zhuǎn)換0.介紹一下find_anno 我搞了一個(gè)函數(shù)衔峰，名叫find_anno，可以根據(jù)GPL平臺編號給出探針注釋的代碼 第一種情況是有兩個(gè)代碼可以用 例如 給出的紅色字里面就有代碼...
IP屬地：北京
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探針注釋之其他基因id轉(zhuǎn)換0.介紹一下find_anno 我搞了一個(gè)函數(shù)穴肘，名叫find_anno，可以根據(jù)GPL平臺編號給出探針注釋的代碼 第一種情況是有兩個(gè)代碼可以用 例如 給出的紅色字里面就有代碼...
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通過GSVA與相關(guān)性分析尋找目的基因的相關(guān)通路
最近幫師弟做一個(gè)GSVA分析丈积，發(fā)現(xiàn)已經(jīng)忘的差不多了，順便整理一下吧铛纬。 基因集變異分析（Gene Set Variation Analysis, GSVA）可以將一個(gè)基因表達(dá)矩...
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WGCNA（3）：基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識別重要基因前面的文章中完成了數(shù)據(jù)導(dǎo)入和網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，下面是將基因模塊與性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)擒悬，從而識別與表型相關(guān)的重要基因稻艰。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡書 (jianshu.co...
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單細(xì)胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞過濾那些事hello躯保，大家好，今天已經(jīng)是五一假期的第二天途事，本人呢，哪也去不了义图，只好在家歇著歌溉，所以呢骑晶，給自己找點(diǎn)事做，本人93年匙头，單身，現(xiàn)居天津武清蹂析，女孩子有沒有想談戀愛了，可以聯(lián)系我碟婆，...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)中到底應(yīng)該如何處理線粒體基因
什么是線粒體基因 線粒體是參與細(xì)胞凋亡啟動(dòng)和執(zhí)行的主要細(xì)胞器之一电抚。線粒體基因在大多數(shù)細(xì)胞中表達(dá)，其表達(dá)水平是細(xì)胞類型特異性的竖共。也就是說這個(gè)也是和細(xì)胞類型及其狀態(tài)有關(guān)系的蝙叛。 為...
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非生信人員做單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的入門秘籍寫在前面 自2009年第一篇單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文章發(fā)表以來，經(jīng)過十多年的發(fā)展公给，各研究機(jī)構(gòu)和生物公司相繼推出單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)服務(wù)借帘，這使得單細(xì)胞測序已經(jīng)從“王謝堂...
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學(xué)到很多，后面是不是還有一個(gè)單細(xì)胞WGCNA（2）淌铐，很期待
單細(xì)胞WGCNA分析(1)
我在前面也分享過幾篇關(guān)于WGCNA的帖子肺然，其實(shí)WGCNA本身就是對基因進(jìn)行了加權(quán)共表達(dá)间景，合理分組的結(jié)果存璃。 如果對于一個(gè)表達(dá)量矩陣壮虫，本身就至于2個(gè)分組缔逛，WT和處理曹铃，那么簡單的差...
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單細(xì)胞WGCNA分析(1)我在前面也分享過幾篇關(guān)于WGCNA的帖子蔗怠，其實(shí)WGCNA本身就是對基因進(jìn)行了加權(quán)共表達(dá)唇撬，合理分組的結(jié)果它匕。 如果對于一個(gè)表達(dá)量矩陣，本身就至于2個(gè)分組窖认，WT和處理豫柬，那么簡單的差...
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單細(xì)胞測序——髓系細(xì)胞注釋marker主要根據(jù)文獻(xiàn)中的描述與方法 髓系細(xì)胞分類 巨噬細(xì)胞烧给，單核細(xì)胞，DC細(xì)胞 文獻(xiàn)一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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10+SCI喝噪，生信分析篩選基因+實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證础嫡，可以作為模板文章學(xué)習(xí)！生信小課堂 大家好酝惧！今天給大家介紹一篇2023年1月發(fā)表在International Journal of Biological Sciences（IF=10.75）雜志上榴鼎，...
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