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用Seurat做RNA Velocity -
基于Seurat UAMP和celltype的RNA Velocity速率分析的全套流程參考資料：參考生物技能樹[https://mp.weixin.qq.com/s/TJsdj7qesZGlvmEkNLAy0A]Velocyto官網(wǎng)Tutorial[https...
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Seurat-單細胞差異表達分析
加載數(shù)據(jù) 此插圖強調(diào)了一些在Seurat中執(zhí)行差異表達的示例工作流程辞嗡。出于演示目的不狮，我們將使用在第一個指導教程中創(chuàng)建的2700 PBMC對象欣除。您可以在此處[https://w...
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scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析，又稱細胞軌跡（cell trajectory）分析潭袱，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程柱嫌，在發(fā)育相關研究中使用頻...
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單細胞分析實錄(15): 基于monocle2的擬時序分析關于什么是“擬時序分析”嘉抓，可以參考本期推送的另一篇推文。這一篇直接演示代碼 monocle2這個軟件用得太多了晕窑，很多文章都是monocle2的圖抑片。因為只使用表達矩陣作為輸入，...
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Seurat基因集打分函數(shù)AddModuleScore與之前學過的AUCell一樣杨赤，Seurat里面自帶的函數(shù)AddModuleScore也可以給細胞打分敞斋，我用之前拿的數(shù)據(jù)，把AUCell換成AddModuleScore玩一下疾牲。...
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單細胞基因集打分實操之irGSEA
Immugent在推文一文帶你了解單細胞數(shù)據(jù)基因集打分的所有算法[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1Nw==&mid=...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
hello盔沫，大家好医咨，今天周一，做一個簡單的匯總架诞，主要針對基因集打分拟淮，無論是單細胞還是空間，基因集打分都很普遍谴忧，方法也很多很泊，我們來總結一下。 研究背景 在單細胞轉(zhuǎn)錄組測序中沾谓，整...
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劉小澤學習組合多個單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)劉小澤寫于19.10.8前幾天單細胞天地推送了一篇整合scRNA數(shù)據(jù)的文章：使用seurat3的merge功能整合8個10X單細胞轉(zhuǎn)錄組樣本這次根據(jù)推送委造，再結合自己的理解寫一...
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【ChIP-seq 實戰(zhàn)】七、可視化（IGV部分）這里是佳奧均驶！ 獲得了peaks之后我們導入IGV檢查昏兆。 1 deeptools初探 bamCoverage的基本用法 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse進行可視化...
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bioinfo100-第6題-讀懂FastQC報告 Part Izhn-blogmhw-zh 讀懂FastQC報告 Part I 通過前面的5個問題，我相信大家對Illumina測序妇穴，測序的儲存文件格式爬虱，一些簡單的建庫原理已經(jīng)有了一個初步...
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碼代碼台诗，碼文字完箩，從不偷工減料。<br>他有著一副人畜無害的皮囊拉队，還有著一顆沁人心脾的有趣靈魂弊知。<br>--------------------------------------<br>長篇小說：《青春在硬盤里灼燒》<a href="http://www.reibang.com/nb/18333720" target="_blank">http://www.reibang.com/nb/18333720</a><br>已完結.<br>第二部職場小說《程序猿生存指南》連載中，歡迎關注粱快。<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fjuejin.cn%2Fpost%2F6844903705351815176" target="_blank">https://juejin.cn/post/6844903705351815176</a><br>--------------------------------------<br>公眾號ID：huqitongzi<br>歡迎找我聊天秩彤，微信也在下方。
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2016年徒步太平洋山脊小徑<br>2018年騎行318川藏線<br>2019年徒步阿帕拉契亞山徑<br>2021年徒步大陸分水嶺小徑
