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用Seurat做RNA Velocity -
基于Seurat UAMP和celltype的RNA Velocity速率分析的全套流程參考資料：參考生物技能樹[https://mp.weixin.qq.com/s/TJsdj7qesZGlvmEkNLAy0A]Velocyto官網(wǎng)Tutorial[https...
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Seurat-單細(xì)胞差異表達(dá)分析
加載數(shù)據(jù) 此插圖強(qiáng)調(diào)了一些在Seurat中執(zhí)行差異表達(dá)的示例工作流程德崭。出于演示目的缘厢，我們將使用在第一個(gè)指導(dǎo)教程中創(chuàng)建的2700 PBMC對(duì)象台谍。您可以在此處[https://w...
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析匹涮，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程天试，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(15): 基于monocle2的擬時(shí)序分析關(guān)于什么是“擬時(shí)序分析”灼卢，可以參考本期推送的另一篇推文。這一篇直接演示代碼 monocle2這個(gè)軟件用得太多了来农，很多文章都是monocle2的圖鞋真。因?yàn)橹皇褂帽磉_(dá)矩陣作為輸入，...
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Seurat基因集打分函數(shù)AddModuleScore與之前學(xué)過的AUCell一樣沃于，Seurat里面自帶的函數(shù)AddModuleScore也可以給細(xì)胞打分涩咖，我用之前拿的數(shù)據(jù)，把AUCell換成AddModuleScore玩一下繁莹。...
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單細(xì)胞基因集打分實(shí)操之irGSEA
Immugent在推文一文帶你了解單細(xì)胞數(shù)據(jù)基因集打分的所有算法[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1Nw==&mid=...
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這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長告別
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
hello薄风，大家好饵较，今天周一，做一個(gè)簡單的匯總遭赂，主要針對(duì)基因集打分循诉，無論是單細(xì)胞還是空間，基因集打分都很普遍撇他，方法也很多茄猫，我們來總結(jié)一下狈蚤。 研究背景 在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序中，整...
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劉小澤學(xué)習(xí)組合多個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)劉小澤寫于19.10.8前幾天單細(xì)胞天地推送了一篇整合scRNA數(shù)據(jù)的文章：使用seurat3的merge功能整合8個(gè)10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組樣本這次根據(jù)推送募疮，再結(jié)合自己的理解寫一...
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【ChIP-seq 實(shí)戰(zhàn)】七炫惩、可視化（IGV部分）這里是佳奧！ 獲得了peaks之后我們導(dǎo)入IGV檢查阿浓。 1 deeptools初探 bamCoverage的基本用法 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse進(jìn)行可視化...
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bioinfo100-第6題-讀懂FastQC報(bào)告 Part Izhn-blogmhw-zh 讀懂FastQC報(bào)告 Part I 通過前面的5個(gè)問題，我相信大家對(duì)Illumina測序蹋绽，測序的儲(chǔ)存文件格式芭毙，一些簡單的建庫原理已經(jīng)有了一個(gè)初步...
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既編過學(xué)術(shù)大作蚣抗，也做過暢銷小說侈百。策劃過最暢銷的王陽明傳記和最暢銷的絲綢之路讀物。<br>王陽明信徒翰铡，不能裝作聽不見自己內(nèi)心的聲音钝域。自大學(xué)至今，不知為何锭魔，癡迷于邊疆史地與游牧民族史例证，遍翻館藏北方各族中外史料，讀其源流事跡迷捧、常于草原帳落织咧、大漠佛窟間流連忘返，又在人神交錯(cuò)的魔幻史詩中恍惚若失漠秋，不知今夕何夕笙蒙。<br>身在魔都，心系天山庆锦。<br><br>版權(quán)合作事宜請(qǐng)聯(lián)系行距文化：pub@hangju-pub.com
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碼代碼肥荔，碼文字绿渣，從不偷工減料。<br>他有著一副人畜無害的皮囊燕耿，還有著一顆沁人心脾的有趣靈魂中符。<br>--------------------------------------<br>長篇小說：《青春在硬盤里灼燒》<a href="http://www.reibang.com/nb/18333720" target="_blank">http://www.reibang.com/nb/18333720</a><br>已完結(jié).<br>第二部職場小說《程序猿生存指南》連載中，歡迎關(guān)注誉帅。<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fjuejin.cn%2Fpost%2F6844903705351815176" target="_blank">https://juejin.cn/post/6844903705351815176</a><br>--------------------------------------<br>公眾號(hào)ID：huqitongzi<br>歡迎找我聊天淀散，微信也在下方右莱。
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2016年徒步太平洋山脊小徑<br>2018年騎行318川藏線<br>2019年徒步阿帕拉契亞山徑<br>2021年徒步大陸分水嶺小徑
