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基因表達(dá)相關(guān)性也可以用弦圖可視化（R語言）表達(dá)譜分析中涌韩，經(jīng)常會(huì)使用到相關(guān)性分析哺窄，探索一組基因間的共表達(dá)特征暇检。例如吓蘑，這些基因間的表達(dá)是否存在較強(qiáng)的協(xié)同性悼潭，一個(gè)基因表達(dá)值的改變是否與另一個(gè)基因表達(dá)值改變顯著相關(guān)钥顽，它們之間...
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生物學(xué)數(shù)據(jù)分析
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香港某大學(xué)在讀phd，記錄一些學(xué)習(xí)生信過程中筆記
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相關(guān)性分析的圖形在R中繪制
相關(guān)性分析的圖形繪制 相關(guān)性分析在我們做生信過程中用到的頻率很高奶浦。往往在別人的文章里看到這樣的圖兄墅。在自己找到hub基因中，進(jìn)行相關(guān)性分析去看基因和基因的表達(dá)量之間是否有相關(guān)性...
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推薦一個(gè)畫連鎖不平衡圖（LD block）的軟件LDBlockShow，親測(cè)比haploview好用碌燕！
最近需要畫LD block,之前一直用haploview軟件畫误证，haploview軟件毛病比較多，比如不能有多態(tài)位點(diǎn)修壕，輸入的變異位點(diǎn)不能太多等愈捅。動(dòng)不動(dòng)就報(bào)錯(cuò)。 最近試了一下另...
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SNP x SNP 上位效應(yīng)（epistasis）分析
傳統(tǒng)的全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）計(jì)算的是單個(gè)SNP與表型的相關(guān)性，除此之外青团，我們還可以進(jìn)行SNP之間的互作效應(yīng)與表型的相關(guān)性分析譬巫。 本推文主要介紹的是SNP間的上位效應(yīng)與表...
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Logistic回歸分析之二元Logistic回歸在研究X對(duì)于Y的影響時(shí)咕缎，如果Y為定量數(shù)據(jù)珠十，那么使用多元線性回歸分析（SPSSAU通用方法里面的線性回歸）；如果Y為定類數(shù)據(jù)凭豪，那么使用Logistic回歸分析宵睦。 結(jié)合實(shí)際情況，...
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Primer Premier 5.0引物設(shè)計(jì)PCR引物設(shè)計(jì)⑴ 確定PCR產(chǎn)物片段大惺睢（product length）壳嚎；⑵ 確定引物所在區(qū)段；⑶ 確定引物序列的長(zhǎng)度范圍（primer length ）末早；⑷ 確定引物Tm值...
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用NCBI查找已公布的引物序列然磷，3秒鐘就能帶你完美找到~ZSCI 1.mRNA引物序列查找 2.lncRNA引物序列查找 注意：用此方法只建議進(jìn)行 mRNA和lncRNA的基因表達(dá)引物查找郑趁。 一、mRNA引物序列查找 步驟都在圖上...
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科研干貨丨手把手教你做PCR引物設(shè)計(jì)！在整個(gè)PCR體系中舅柜，引物占有十分重要的地位梭纹。PCR的特異性要求引物與靶DNA特異結(jié)合，不與其他非目的的DNA結(jié)合致份，PCR的靈敏性要求DNA聚合酶能與引物進(jìn)行有效的延伸变抽，可見引...
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引物設(shè)計(jì)引物設(shè)計(jì)——QPCR 一绍载、序列查找 參考漢恒生物技術(shù)文檔 常用數(shù)據(jù)庫 NCBI-GeneBank Nucleotide Gene NCBI不多做介紹。NC表示人類基因組DNA...
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2020-12-06 引物設(shè)計(jì)--小結(jié)
引物設(shè)計(jì)原則 一滔蝉、Tm值 sense primer和anti-senseprimerTm溫差最好不超過2度击儡。 二、GC% GC含量 對(duì)于PCR反應(yīng)來說GC含量在40%—60%...
