推薦一個(gè) VCF 文件格式轉(zhuǎn)換的腳本叨吮。 https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip 常見用法：將 VCF 文件轉(zhuǎn)換為 PHYLIP...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：寧夏
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VCF 文件格式轉(zhuǎn)換
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LDBlockSho 計(jì)算連鎖不平衡（LD）熱圖
安裝： wget https://github.com/hewm2008/LDBlockShow/archive/v1.40.tar.gztar -zxvf LDBlock...
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基于兩個(gè) fasta 序列獲得 vcf 文件
1. 基于 BWA 進(jìn)行序列比對(duì) bwa index reference.fastabwa mem reference.fasta sample.fasta > alignm...
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學(xué)習(xí)筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學(xué)<br>
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BAYENV2 計(jì)算位點(diǎn)的 XTX 值
Bayenv 是一種基于環(huán)境相關(guān)性識(shí)別與局部適應(yīng)相關(guān)位點(diǎn)的軟件茶鉴，主要用于檢測(cè)那些在局部適應(yīng)過程中可能發(fā)揮重要作用的遺傳標(biāo)記（如 SNP）锋玲。 和環(huán)境相關(guān)性的分析這里暫不介紹，僅...
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PGDSpider 進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換下載安裝： wget https://software.bioinformatics.unibe.ch/pgdspider/PGDSpider_3.0.0.0.zipunzi...
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tar 打包和壓縮文件
tar是 Linux/Unix 中的一個(gè)常用工具涵叮，用于創(chuàng)建和提取歸檔文件惭蹂。tar的全稱是 “tape archive”，它原本設(shè)計(jì)用于將文件存儲(chǔ)到磁帶設(shè)備上割粮，現(xiàn)在廣泛用于文件...
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Sweepfinder2 檢測(cè)正選擇信號(hào)
SweepFinder2 使用一種基于Composite Likelihood Ratio (CLR)的方法來檢測(cè)正選擇盾碗。CLR 是一種統(tǒng)計(jì)量，通過比較基因組中特定區(qū)域的觀察...
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XP-CLR 檢測(cè)不同種群間選擇信號(hào)XP-CLR 的基本思想是利用不同種群的等位基因頻率差異和連鎖不平衡模式來識(shí)別選擇信號(hào)舀瓢。假設(shè)一個(gè)基因在種群 A 中經(jīng)歷了選擇廷雅，而種群 B 沒有，選擇位點(diǎn)周圍的 LD 模式和等...
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OmegaPlus 檢測(cè)正選擇信號(hào)OmegaPlus是一個(gè)用于檢測(cè)基因組數(shù)據(jù)中正選擇痕跡的生物信息學(xué)工具京髓『阶海基于單倍型頻率分布和重組事件檢測(cè)選擇信號(hào)，通過計(jì)算ω統(tǒng)計(jì)量（omega statistic）來識(shí)別選擇...
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跟 Susan R. McCouch 學(xué)習(xí)單基因的進(jìn)化分析基于 Susan R. McCouch 同期的兩篇文獻(xiàn)學(xué)習(xí)一下單基因的進(jìn)化分析朵锣，一篇是發(fā)表在 PNAS 上關(guān)于水稻香味基因 BADH2 的分析谬盐，另一篇是發(fā)表在 Genetic...
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基于 GetOrganelle 組裝葉綠體基因組
GetOrganelle是一款由中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所的金建軍和郁文彬兩位老師共同開發(fā)的質(zhì)體組裝軟件甸私，主要用于從基因組測(cè)序數(shù)據(jù)中組裝完整的細(xì)胞器基因組诚些，尤其擅長(zhǎng)組裝植物質(zhì)體...
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samtools 一些使用命令
對(duì) SAM 或 BAM 格式的文件進(jìn)行快速的統(tǒng)計(jì)分析： samtools flagstat xx.bam 示例： 415088184 + 0 in total (QC-pas...
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LTR finder 和 LTR_retriever 使用說明
LTRfinder是一個(gè)用于識(shí)別和分析基因組中長(zhǎng)末端重復(fù)序列（Long Terminal Repeat, LTR）的工具。LTR是一種在許多真核生物的基因組中普遍存在的轉(zhuǎn)座子...
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DFOIL 檢驗(yàn)
DFOIL 檢驗(yàn)是一種用于確定基因流方向的統(tǒng)計(jì)方法，它基于五群體系統(tǒng)發(fā)育樹的分析诬烹。DFOIL檢驗(yàn)是 ABBA-BABA 檢驗(yàn)的擴(kuò)展砸烦，它通過考慮更多的群體和額外的遺傳信息來提高...
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ABBA-BABA 檢驗(yàn)
ABBA-BABA檢驗(yàn)是一種用于識(shí)別基因流的方法，它基于四群體模型绞吁，其中包括兩個(gè)與第三個(gè)群體（P3）密切相關(guān)的群體（P1和P2）幢痘，以及一個(gè)外群（O）。 在ABBA-BABA檢...
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awk 從一串字符中提取特定部分
Parent=Os01t0115700-00 從這個(gè)字符中提取 Os01t0115700 echo "Parent=Os01t0115700-00" | awk...
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基于 RepeatModeler 預(yù)測(cè)基因組的重復(fù)序列重復(fù)序列在基因組中廣泛存在家破，包括轉(zhuǎn)座子颜说、簡(jiǎn)單重復(fù)序列和低復(fù)雜度區(qū)域等。這些重復(fù)序列對(duì)于基因組結(jié)構(gòu)汰聋、功能和進(jìn)化具有重要影響门粪。RepeatModeler 通過分析輸入的基因組序列...
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轉(zhuǎn)座子元件注釋 RepeatMasker 安裝
RepeatMasker是一個(gè)用于識(shí)別和屏蔽（mask）基因組中重復(fù)序列的軟件工具。重復(fù)序列在基因組中占據(jù)了很大的比例烹困，并且對(duì)基因組的結(jié)構(gòu)和功能具有重要的影響玄妈。RepeatM...
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結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)軟件 SYRI 的使用目前檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異的方法眾多，長(zhǎng) reads 序列的比對(duì)有 NGMLR髓梅、Minimap2拟蜻、Nucmer 等；基于序列比對(duì)結(jié)構(gòu)檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異的軟件有 SVIM枯饿、Sniffles酝锅、S...
