一個(gè)不太年輕的新手，歡迎交流學(xué)習(xí)手负。
發(fā)簡(jiǎn)信
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單細(xì)胞空間宏基因組揭秘微生物群對(duì)癌癥空間和細(xì)胞異質(zhì)性的作用作者统捶，Evil Genius 新的一周，主要這周開(kāi)始世界杯開(kāi)賽了柄粹，看比賽的時(shí)間多了一點(diǎn)喘鸟，個(gè)人喜歡德國(guó)隊(duì)，不知道大家對(duì)世界杯有沒(méi)有興趣驻右。 今天的文章我們來(lái)分享一點(diǎn)新的內(nèi)容什黑。文章...
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單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)分析人類(lèi)胚胎肺細(xì)胞異質(zhì)性的發(fā)育起源作者，Evil Genius 好了堪夭，開(kāi)始這篇的內(nèi)容愕把。 文章信息A topographic atlas defines developmental origins of cel...
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單細(xì)胞空間宏基因組揭秘微生物群對(duì)癌癥空間和細(xì)胞異質(zhì)性的作用2作者，Evil Genius 陽(yáng)了個(gè)陽(yáng)森爽，出門(mén)在外恨豁，注意保護(hù)自己。 本篇參考文章Effect of the intratumoral microbiota on spatial...
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在原有的UMAP上標(biāo)注RNA velocity
1.讀入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 2.提取原有的用seurat做的UMAP的圖爬迟。 3.將RNA velocit...
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復(fù)旦師兄付呕，wx公眾號(hào)【生信師兄】
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從0開(kāi)始，包括軟件安裝象颖，環(huán)境設(shè)置佩厚，原始數(shù)據(jù)下載，轉(zhuǎn)換力麸，差異基因分析等整個(gè)流程
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大神，I1育韩，R1,R2的數(shù)據(jù)我看別的介紹可以直接跑cellranger count 克蚂，我自己試了也可以。所以為什么要再多一步cellranger mkfastq呢
CellRanger原理
0. 概述 Cell Ranger 是 10X genomics 官方提供的一套針對(duì)單細(xì)胞 RNA 測(cè)序輸出結(jié)果進(jìn)行比對(duì)筋讨、定量埃叭、聚類(lèi)及基因表達(dá)分析的分析流程，它包含有與單細(xì)胞...
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【單細(xì)胞高級(jí)繪圖】07.KEGG富集結(jié)果展示這一節(jié)畫(huà)的圖是比較新的悉罕，圖中我用紅色箭頭標(biāo)出的是pathway 注釋信息(big annotation赤屋，自己想的，非專(zhuān)有名詞)壁袄，縱軸花花綠綠的標(biāo)注是pathway的 注釋(s...
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利用 Dirichlet-multinomial regression 計(jì)算不同條件下亞群豐度變化方法來(lái)源于上面這篇文章类早，不得不說(shuō)，這篇文章運(yùn)用了非常多復(fù)雜的方法去闡述關(guān)注的科學(xué)問(wèn)題嗜逻，真不愧是出自Broad institute實(shí)驗(yàn)室的涩僻。我這里暫時(shí)只講下文章中一種比較新穎的...
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蜂群圖逆日，讓組間基因表達(dá)值的比較更優(yōu)雅（R教程）
在文獻(xiàn)中，我們經(jīng)常能夠看到這樣的散點(diǎn)圖萄凤。例如室抽，通過(guò)RNA-seq或qPCR比較特定基因在不同分組樣本中的整體表達(dá)水平。 與其稱(chēng)它們?yōu)樯Ⅻc(diǎn)圖靡努，其實(shí)它們是有獨(dú)自名字的—蜂群圖坪圾。當(dāng)...
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愿同你一起分享在生信分析和精品咖啡上的點(diǎn)滴神年！
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之時(shí)間動(dòng)力學(xué)（sctour）今天呢，分享一個(gè)軟件行嗤，用來(lái)分析單細(xì)胞的時(shí)間動(dòng)力學(xué)已日，也就是軌跡方面的內(nèi)容，感覺(jué)是一個(gè)不錯(cuò)的分析點(diǎn)栅屏，分享分享飘千。 分享的文章在scTour: a deep learning arc...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組之繪圖小細(xì)節(jié)分享新的一周第一天堂鲜，我們不整那些難的，來(lái)點(diǎn)小的繪圖細(xì)節(jié)分析护奈，如下圖 這個(gè)圖包括兩部分缔莲，左圖的畫(huà)法很簡(jiǎn)單 這是只是需要設(shè)置一下alpha參數(shù)，就可以把沒(méi)有該細(xì)胞類(lèi)型的位置給暴露出來(lái)...
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大神霉旗， 你知道IPA輸入文件基因名那列可以是小鼠的嗎痴奏，還是必須要先轉(zhuǎn)化為人的基因名？
跟著Cell學(xué)作圖|11.Ingenuity Pathway Analysis(IPA)
跟著Cell學(xué)作圖|11.Ingenuity Pathway Analysis(IPA) “實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)厌秒《敛穑”“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語(yǔ)言的最好辦法⊥疑粒” DOI: 10.10...
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