一個不太年輕的新手瞒爬，歡迎交流學(xué)習(xí)。
發(fā)簡信
IP屬地：寧夏
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單細(xì)胞空間宏基因組揭秘微生物群對癌癥空間和細(xì)胞異質(zhì)性的作用作者，Evil Genius 新的一周遵馆，主要這周開始世界杯開賽了鲸郊，看比賽的時間多了一點，個人喜歡德國隊货邓，不知道大家對世界杯有沒有興趣秆撮。 今天的文章我們來分享一點新的內(nèi)容。文章...
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單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)分析人類胚胎肺細(xì)胞異質(zhì)性的發(fā)育起源作者换况，Evil Genius 好了职辨，開始這篇的內(nèi)容盗蟆。 文章信息A topographic atlas defines developmental origins of cel...
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單細(xì)胞空間宏基因組揭秘微生物群對癌癥空間和細(xì)胞異質(zhì)性的作用2作者，Evil Genius 陽了個陽舒裤，出門在外喳资，注意保護(hù)自己。 本篇參考文章Effect of the intratumoral microbiota on spatial...
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在原有的UMAP上標(biāo)注RNA velocity
1.讀入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 2.提取原有的用seurat做的UMAP的圖腾供。 3.將RNA velocit...
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復(fù)旦師兄伴鳖，wx公眾號【生信師兄】
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從0開始榜聂，包括軟件安裝搞疗，環(huán)境設(shè)置，原始數(shù)據(jù)下載峻汉，轉(zhuǎn)換贴汪，差異基因分析等整個流程
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大神，I1休吠，R1,R2的數(shù)據(jù)我看別的介紹可以直接跑cellranger count 扳埂，我自己試了也可以。所以為什么要再多一步cellranger mkfastq呢
CellRanger原理
0. 概述 Cell Ranger 是 10X genomics 官方提供的一套針對單細(xì)胞 RNA 測序輸出結(jié)果進(jìn)行比對瘤礁、定量阳懂、聚類及基因表達(dá)分析的分析流程，它包含有與單細(xì)胞...
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【單細(xì)胞高級繪圖】07.KEGG富集結(jié)果展示這一節(jié)畫的圖是比較新的柜思，圖中我用紅色箭頭標(biāo)出的是pathway 注釋信息(big annotation岩调，自己想的，非專有名詞)赡盘，縱軸花花綠綠的標(biāo)注是pathway的 注釋(s...
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利用 Dirichlet-multinomial regression 計算不同條件下亞群豐度變化方法來源于上面這篇文章号枕，不得不說，這篇文章運用了非常多復(fù)雜的方法去闡述關(guān)注的科學(xué)問題陨享，真不愧是出自Broad institute實驗室的葱淳。我這里暫時只講下文章中一種比較新穎的...
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蜂群圖赞厕，讓組間基因表達(dá)值的比較更優(yōu)雅（R教程）
在文獻(xiàn)中，我們經(jīng)常能夠看到這樣的散點圖定硝。例如皿桑，通過RNA-seq或qPCR比較特定基因在不同分組樣本中的整體表達(dá)水平。 與其稱它們?yōu)樯Ⅻc圖，其實它們是有獨自名字的—蜂群圖诲侮。當(dāng)...
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愿同你一起分享在生信分析和精品咖啡上的點滴浆西！
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之時間動力學(xué)（sctour）今天呢粉私，分享一個軟件，用來分析單細(xì)胞的時間動力學(xué)近零，也就是軌跡方面的內(nèi)容诺核，感覺是一個不錯的分析點，分享分享久信。 分享的文章在scTour: a deep learning arc...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組之繪圖小細(xì)節(jié)分享新的一周第一天窖杀，我們不整那些難的，來點小的繪圖細(xì)節(jié)分析裙士，如下圖 這個圖包括兩部分入客，左圖的畫法很簡單 這是只是需要設(shè)置一下alpha參數(shù)薪者，就可以把沒有該細(xì)胞類型的位置給暴露出來...
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大神北苟， 你知道IPA輸入文件基因名那列可以是小鼠的嗎捏题，還是必須要先轉(zhuǎn)化為人的基因名耻陕？
跟著Cell學(xué)作圖|11.Ingenuity Pathway Analysis(IPA)
跟著Cell學(xué)作圖|11.Ingenuity Pathway Analysis(IPA) “實踐是檢驗真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)√┏ィ”“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語言的最好辦法又沾〗腥罚” DOI: 10.10...
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