請問有小鼠的腫瘤免疫浸潤基因集嗎糊识？
干貨分享|使用ssGSEA分析腫瘤浸潤免疫細胞上次的干貨分享我們給大家介紹的是如何利用TIDE預測腫瘤免疫逃逸（推文鏈接）澎灸，本期推文更加重磅坎藐，我們將給大家詳細講解生信文章免疫分析必做的——腫瘤浸潤免疫細胞。 在學習腫瘤浸...
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獨立開發(fā)者，終身學習者谈撒，喜歡交朋友，歡迎討論匾南，共同成長啃匿，一起進步。
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單細胞HLA分型工具 scHLAcountscHLAcount允許我們使用個性化的參考基因組計算HLA I類基因HLA-A、B和C的單細胞轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)中的分子數(shù)溯乒；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA1...
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請問這款軟件可以做BD Rhapsody單細胞轉(zhuǎn)錄組的HLA分型分析嗎
scHLAcount || 單細胞轉(zhuǎn)錄組HLA等位基因分析
scHLAcount允許我們使用個性化的參考基因組計算HLA I類基因HLA-A夹厌、B和C的單細胞轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)中的分子數(shù)；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA...
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請問這個工具可以做BD Rhasody的HLA分型分析嗎
單細胞HLA分型工具 scHLAcount
scHLAcount允許我們使用個性化的參考基因組計算HLA I類基因HLA-A裆悄、B和C的單細胞轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)中的分子數(shù)矛纹；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA1...
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想請問一下，兩個測序細胞量光稼，測序深度有很大差異的單細胞數(shù)據(jù)想要合并在一起或南，這個推薦用什么整合方法呢？如果我先分別各自標準化艾君，再進行直接merge采够，可以嘛？
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@5dfe154afb28 請問你解決了嗎冰垄？我現(xiàn)在也是有兩套數(shù)據(jù)集吁恍，其中一套只提供了標準化之后的矩陣，另一套數(shù)據(jù)是原始counts播演，但我想比較兩套數(shù)據(jù)集中某些基因的表達水平高低，請問可以比較嗎伴奥？
單細胞測序-scRNA-seq數(shù)據(jù)的標準化處理
我們都知道写烤，從數(shù)據(jù)質(zhì)控開始已經(jīng)進入了scRNA分析階段，在這個階段開始測試代碼拾徙，進行實操是很重要的洲炊。測試過程中出現(xiàn)的各種問題可能成為你學習路上的攔路虎。作圖丫為大家總結(jié)單細胞...
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@Chen_7867 您好尼啡，我遇到了同樣的問題暂衡，請問您解決這個問題了嗎？
（二）單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之數(shù)據(jù)質(zhì)控與歸一化
如果大家沒有自己的數(shù)據(jù)或者沒有選到合適的數(shù)據(jù)集的話崖瞭，可以直接拿示例數(shù)據(jù)（10X官網(wǎng)演示數(shù)據(jù)）就行了狂巢。10X官網(wǎng)里多個演示數(shù)據(jù)：https://support.10xgenom...
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您好，我在啟用交互式的SpatialDimPlot圈定特定區(qū)域的細胞時书聚，右上角并沒有顯示縮放裁剪等工具唧领，所以沒辦法選中特定區(qū)域只能看單獨的spot，請問這是什么原因呢雌续？是shiny或者rstudio的問題嗎斩个？我使用了Seurat v5和shiny v1.8.0
Seurat 新版教程：分析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
隨著轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的發(fā)展，空間轉(zhuǎn)錄組已經(jīng)正式走向商業(yè)化時代驯杜，作為單細胞數(shù)據(jù)分析的工具箱的Seurat與時俱進受啥，也相應地開發(fā)了空間轉(zhuǎn)錄組分析的一套函數(shù)，讓我們跟隨卑微小王看看Seu...
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您好，我在啟用交互式的SpatialDimPlot圈定特定區(qū)域的細胞時滚局，右上角并沒有顯示縮放裁剪等工具居暖，所以沒辦法選中特定區(qū)域只能看單獨的spot，請問這是什么原因呢核畴？是shiny的問題嗎
【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（六）新版Seurat v3.2分析Visium空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的代碼實操
舊號無故被封膝但，小號再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
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下載GEO數(shù)據(jù)，R語言-做個基因的差異分析并且畫個熱圖展示1谤草、下載GSE115850數(shù)據(jù) 2跟束、讀取數(shù)據(jù)且處理數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)格式是這樣的： 接下來是要把行名改成基因名丑孩，又因為行名只能是唯一的不能有重復冀宴，所以要把多個Ensembl對應的同一...
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R語言分析1：RNA-seq的批次效應校正批次效應（batch effect），表示樣品在不同批次中處理和測量產(chǎn)生的與試驗期間記錄的任何生物變異無關(guān)的技術(shù)差異温学。其既可能來自實驗略贮，也可能是來自分析流程。實驗中樣品收集仗岖、...
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君子之心事，天青日白檩电；不可使人不知拄丰；君子之才華，玉韞珠藏俐末，不可使人易知料按。
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sva ComBat去除GEO數(shù)據(jù)批次效應批次效應 批次效應是測量結(jié)果中的一部分，它們因為實驗條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式卓箫，并且與我們研究的變量沒有關(guān)系载矿。不同平臺的數(shù)據(jù)，同一平臺的不同時期的數(shù)據(jù)丽柿，同一個樣品不同試劑...
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請問可以用log2（TPM+1）進行批次矯正分析嗎
sva ComBat去除GEO數(shù)據(jù)批次效應
批次效應 批次效應是測量結(jié)果中的一部分恢准，它們因為實驗條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式，并且與我們研究的變量沒有關(guān)系甫题。不同平臺的數(shù)據(jù)馁筐，同一平臺的不同時期的數(shù)據(jù)，同一個樣品不同試劑...
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從per base sequence content的結(jié)果來看是5‘端有接頭坠非，請問為什么沒有進行切除接頭的分析呢敏沉？這樣對后續(xù)分析會有影響嗎？
測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)控 2023-03-16
原先就想仔細研究一下fastqc和fastp的質(zhì)控報告，對比一下到底有多大區(qū)別盟迟。正好現(xiàn)在對一個公開數(shù)據(jù)進行質(zhì)控秋泳，還正好發(fā)現(xiàn)質(zhì)控前后有明顯的指標變化。（SRR5809347）首...
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你好攒菠，我的reads在質(zhì)控之前都是150bp迫皱，遇到了和您一樣的質(zhì)控不過關(guān)的情況，于是我也去除了3’端12個bp的序列以及去除重復序列辖众，之后reads的長度不做要求的話卓起，長度變成在1-135bp之間了，請問這種情況是為什么呀凹炸，過短的序列對后續(xù)分析有影響嗎戏阅？
轉(zhuǎn)錄組質(zhì)控
質(zhì)控過濾軟件有cutadapte trimmomatic trim_galore fastp 等，在選擇對數(shù)據(jù)處理的軟件時啤它，要根據(jù)質(zhì)控結(jié)果選擇最優(yōu)的奕筐。 剛開始對轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)...
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使用Palantir進行單細胞發(fā)育軌跡推斷分析
Palantir是一種對單細胞測序數(shù)據(jù)進行分化發(fā)育軌跡推斷的算法，于2019年發(fā)表在Nature Biotechnology上变骡。Palantir將細胞分化模擬為一個隨機的過程...
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擬時分析軟件Palantir今天給大家分享一個用于擬時分析的軟件Palantir离赫，當然，目前擬時分析的軟件已經(jīng)有很多了塌碌，至于哪個適合于你笆怠，就要看你的目的和結(jié)果是否符合你的預期了。Palantir是202...
