請問有小鼠的腫瘤免疫浸潤基因集嗎币砂？
干貨分享|使用ssGSEA分析腫瘤浸潤免疫細胞上次的干貨分享我們給大家介紹的是如何利用TIDE預測腫瘤免疫逃逸（推文鏈接）恋谭，本期推文更加重磅谦疾，我們將給大家詳細講解生信文章免疫分析必做的——腫瘤浸潤免疫細胞。 在學習腫瘤浸...
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獨立開發(fā)者，終身學習者第练，喜歡交朋友，歡迎討論玛荞，共同成長，一起進步呕寝。
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單細胞HLA分型工具 scHLAcountscHLAcount允許我們使用個性化的參考基因組計算HLA I類基因HLA-A勋眯、B和C的單細胞轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)中的分子數(shù)；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA1...
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請問這款軟件可以做BD Rhapsody單細胞轉(zhuǎn)錄組的HLA分型分析嗎
scHLAcount || 單細胞轉(zhuǎn)錄組HLA等位基因分析
scHLAcount允許我們使用個性化的參考基因組計算HLA I類基因HLA-A下梢、B和C的單細胞轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)中的分子數(shù)客蹋；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA...
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請問這個工具可以做BD Rhasody的HLA分型分析嗎
單細胞HLA分型工具 scHLAcount
scHLAcount允許我們使用個性化的參考基因組計算HLA I類基因HLA-A、B和C的單細胞轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)中的分子數(shù)孽江；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA1...
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想請問一下讶坯，兩個測序細胞量，測序深度有很大差異的單細胞數(shù)據(jù)想要合并在一起岗屏，這個推薦用什么整合方法呢辆琅？如果我先分別各自標準化，再進行直接merge这刷，可以嘛婉烟？
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@5dfe154afb28 請問你解決了嗎？我現(xiàn)在也是有兩套數(shù)據(jù)集暇屋，其中一套只提供了標準化之后的矩陣似袁，另一套數(shù)據(jù)是原始counts，但我想比較兩套數(shù)據(jù)集中某些基因的表達水平高低咐刨，請問可以比較嗎昙衅？
單細胞測序-scRNA-seq數(shù)據(jù)的標準化處理
我們都知道，從數(shù)據(jù)質(zhì)控開始已經(jīng)進入了scRNA分析階段定鸟，在這個階段開始測試代碼而涉，進行實操是很重要的。測試過程中出現(xiàn)的各種問題可能成為你學習路上的攔路虎仔粥。作圖丫為大家總結(jié)單細胞...
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@Chen_7867 您好婴谱，我遇到了同樣的問題蟹但，請問您解決這個問題了嗎？
（二）單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之數(shù)據(jù)質(zhì)控與歸一化
如果大家沒有自己的數(shù)據(jù)或者沒有選到合適的數(shù)據(jù)集的話谭羔，可以直接拿示例數(shù)據(jù)（10X官網(wǎng)演示數(shù)據(jù)）就行了华糖。10X官網(wǎng)里多個演示數(shù)據(jù)：https://support.10xgenom...
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您好，我在啟用交互式的SpatialDimPlot圈定特定區(qū)域的細胞時瘟裸，右上角并沒有顯示縮放裁剪等工具客叉，所以沒辦法選中特定區(qū)域只能看單獨的spot，請問這是什么原因呢话告？是shiny或者rstudio的問題嗎兼搏？我使用了Seurat v5和shiny v1.8.0
Seurat 新版教程：分析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
隨著轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的發(fā)展，空間轉(zhuǎn)錄組已經(jīng)正式走向商業(yè)化時代沙郭，作為單細胞數(shù)據(jù)分析的工具箱的Seurat與時俱進佛呻，也相應地開發(fā)了空間轉(zhuǎn)錄組分析的一套函數(shù)，讓我們跟隨卑微小王看看Seu...
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您好病线，我在啟用交互式的SpatialDimPlot圈定特定區(qū)域的細胞時吓著，右上角并沒有顯示縮放裁剪等工具，所以沒辦法選中特定區(qū)域只能看單獨的spot送挑，請問這是什么原因呢绑莺？是shiny的問題嗎
【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（六）新版Seurat v3.2分析Visium空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的代碼實操
舊號無故被封，小號再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
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下載GEO數(shù)據(jù)惕耕，R語言-做個基因的差異分析并且畫個熱圖展示1纺裁、下載GSE115850數(shù)據(jù) 2、讀取數(shù)據(jù)且處理數(shù)據(jù)司澎，數(shù)據(jù)格式是這樣的： 接下來是要把行名改成基因名欺缘，又因為行名只能是唯一的不能有重復，所以要把多個Ensembl對應的同一...
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R語言分析1：RNA-seq的批次效應校正批次效應（batch effect）惭缰，表示樣品在不同批次中處理和測量產(chǎn)生的與試驗期間記錄的任何生物變異無關(guān)的技術(shù)差異浪南。其既可能來自實驗，也可能是來自分析流程漱受。實驗中樣品收集络凿、...
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君子之心事虐先，天青日白怨愤；不可使人不知；君子之才華蛹批，玉韞珠藏撰洗，不可使人易知篮愉。
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sva ComBat去除GEO數(shù)據(jù)批次效應批次效應 批次效應是測量結(jié)果中的一部分，它們因為實驗條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式差导，并且與我們研究的變量沒有關(guān)系试躏。不同平臺的數(shù)據(jù)，同一平臺的不同時期的數(shù)據(jù)设褐，同一個樣品不同試劑...
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請問可以用log2（TPM+1）進行批次矯正分析嗎
sva ComBat去除GEO數(shù)據(jù)批次效應
批次效應 批次效應是測量結(jié)果中的一部分颠蕴，它們因為實驗條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式，并且與我們研究的變量沒有關(guān)系助析。不同平臺的數(shù)據(jù)犀被，同一平臺的不同時期的數(shù)據(jù)，同一個樣品不同試劑...
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從per base sequence content的結(jié)果來看是5‘端有接頭外冀，請問為什么沒有進行切除接頭的分析呢寡键？這樣對后續(xù)分析會有影響嗎？
測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)控 2023-03-16
原先就想仔細研究一下fastqc和fastp的質(zhì)控報告锥惋，對比一下到底有多大區(qū)別昌腰。正好現(xiàn)在對一個公開數(shù)據(jù)進行質(zhì)控，還正好發(fā)現(xiàn)質(zhì)控前后有明顯的指標變化膀跌。（SRR5809347）首...
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你好，我的reads在質(zhì)控之前都是150bp固灵，遇到了和您一樣的質(zhì)控不過關(guān)的情況捅伤，于是我也去除了3’端12個bp的序列以及去除重復序列，之后reads的長度不做要求的話巫玻，長度變成在1-135bp之間了丛忆，請問這種情況是為什么呀，過短的序列對后續(xù)分析有影響嗎仍秤？
轉(zhuǎn)錄組質(zhì)控
質(zhì)控過濾軟件有cutadapte trimmomatic trim_galore fastp 等熄诡，在選擇對數(shù)據(jù)處理的軟件時，要根據(jù)質(zhì)控結(jié)果選擇最優(yōu)的诗力。 剛開始對轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)...
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使用Palantir進行單細胞發(fā)育軌跡推斷分析
Palantir是一種對單細胞測序數(shù)據(jù)進行分化發(fā)育軌跡推斷的算法凰浮，于2019年發(fā)表在Nature Biotechnology上。Palantir將細胞分化模擬為一個隨機的過程...
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擬時分析軟件Palantir今天給大家分享一個用于擬時分析的軟件Palantir苇本，當然袜茧，目前擬時分析的軟件已經(jīng)有很多了，至于哪個適合于你瓣窄，就要看你的目的和結(jié)果是否符合你的預期了笛厦。Palantir是202...
