生信修煉手冊

對于通路分析結(jié)果的可視化而言，最常用的展現(xiàn)方式就是在通路中高亮顯示富集到的基因。kegg 提供了在Color Pathway 在線服務(wù)煌茬，可以方便的完成這一任務(wù)。 網(wǎng)址如下： ...

生信修煉手冊

pathway 建立在ko 數(shù)據(jù)庫的基礎(chǔ)上，基于我們對生命活動中的分子相互作用和化學物質(zhì)的反應的認識臀突，構(gòu)建了復雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)星瘾，采用通路圖的形式，進行展示惧辈。 通路圖中融合了ko,...

生信修煉手冊

復合糖作為糖類與蛋白質(zhì)或者脂質(zhì)結(jié)合的產(chǎn)物 琳状，在生物中分布廣泛，具有重要的功能盒齿。GLYCAN 數(shù)據(jù)庫收錄了實驗驗證過的復合糖的信息念逞，主要是結(jié)構(gòu)信息。每條記錄用G number ...

生信修煉手冊

kegg Genome 由organisms，selected viruses 和 Metagenomes 3個數(shù)據(jù)庫構(gòu)成啊胶。 kegg Organisms 數(shù)據(jù)庫收錄了有完整...

生信修煉手冊

kegg drug 數(shù)據(jù)庫是一個藥物相關(guān)信息的綜合數(shù)據(jù)庫甸各，包括了在日本，美國焰坪，歐洲上市的的藥物趣倾。所有在日本上市的藥物，不論處方藥還是非處方藥某饰，包括天然藥物和中藥儒恋，都會在Dru...

生信修煉手冊

kegg orthology 數(shù)據(jù)庫是 kegg 的核心，利用基因在不同物種之間的保守性黔漂，使得我們可以在更高層次上解讀基因功能诫尽。 pathway, brite, module...

生信修煉手冊

kegg disease 數(shù)據(jù)庫收錄了已經(jīng)報告的各種疾病的信息，每個記錄用H Number 唯一標識炬守， 比如H00004牧嫉。 在kegg 中，將疾病視作分子網(wǎng)絡(luò)的一個不正常的狀...

生信修煉手冊

KEGG Reaction 是收錄酶促反應相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫劳较，包含了所有代謝通路中的酶促反應和一些只在enzyme 數(shù)據(jù)庫中有記錄的酶促反應驹止，每條記錄用R Number 唯一標...

生信修煉手冊

生物體內(nèi)的大多數(shù)反應都需要酶的參與浩聋，酶在生命活動中發(fā)揮了重要作用。IUBMB/UPAC 國際標準化命名委員會對已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的酶都提供了標準化的的命名方式臊恋，叫做EC number衣洁。...

生信修煉手冊

kegg compound 數(shù)據(jù)庫存儲了在生命活動中發(fā)揮作用的各種小分子，生物大分子和其他類型的化學物質(zhì)抖仅，采用C number 進行標識坊夫，比如C00047, 代表L-賴氨酸...

生信修煉手冊

我們經(jīng)常會使用KEGG數(shù)據(jù)庫來研究基因的功能，而在KEGG 數(shù)據(jù)庫中撤卢，直接存儲分子功能的就是KEGG Orthology 數(shù)據(jù)庫环凿。 KEGG Orthology 簡稱KO,該...

生信修煉手冊

KEGG被稱為京都基因組百科全書，是一個綜合性的數(shù)據(jù)庫放吩。對于如此龐大的數(shù)據(jù)庫智听，肯定需要對數(shù)據(jù)進行分門別類的整理。除了將各種數(shù)據(jù)拆分到不同的子數(shù)據(jù)庫中之外渡紫，KEGG還對所有的數(shù)...

生信修煉手冊

具有相同功能的基因被歸類到kegg orthology 中到推，每個KO 代表具體的一個功能。在生命活動中惕澎，往往需要多個功能單位共同發(fā)揮作用莉测，比如多個蛋白質(zhì)構(gòu)成復合體來發(fā)揮調(diào)控作...

生信修煉手冊

這是我在V峰會的演講內(nèi)容 分享給大家八孝，恩董朝，沒什么好保留的，好的模式唆阿，不怕公開 以下是演講全文： 大家好益涧，我要開始裝逼了！ 在座的各位應該都不認識我驯鳖，就算認識的出了這個門估計也...