代謝組學(xué)是系統(tǒng)生物學(xué)的重要組成部分，它通過全面分析生物樣本中的小分子代謝物來研究生物系統(tǒng)的代謝狀態(tài)刁赖。在代謝組學(xué)研究中搁痛，從原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)到可解釋的生物學(xué)信息的轉(zhuǎn)化過程是至關(guān)重要的...
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代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析：從原始文件到代謝物表達(dá)矩陣
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單細(xì)胞擬時序分析1-基因及通路隨擬時表達(dá)變化趨勢單細(xì)胞擬時分析：基因及通路隨擬時表達(dá)變化趨勢 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/ff44b8df55ac] 文章鏈接早...
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單細(xì)胞擬時分析：基因及通路隨擬時表達(dá)變化趨勢
之前給小伙伴做分析復(fù)現(xiàn)的時候鸡典，接觸到一篇Cell文章的擬時分析，參考文獻(xiàn)：Single-cell landscape of the ecosystem in early re...
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聯(lián)合 RNA 和 ATAC 分析：SNARE-seq引言 本文[https://stuartlab.org/signac/articles/snareseq]將帶您分析一個單細(xì)胞聯(lián)合檢測數(shù)據(jù)集枪芒，該數(shù)據(jù)集能夠同時測量細(xì)胞內(nèi)的基因...
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Seurat v4 與 v5 數(shù)據(jù)整合工作流的技術(shù)差異說明批次效應(yīng) 是指在實(shí)驗(yàn)中由于不同的實(shí)驗(yàn)條件彻况、操作人員、試劑批次舅踪、設(shè)備差異等非生物學(xué)因素引起的系統(tǒng)性差異纽甘。具體來說，在單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）中抽碌，不同的實(shí)驗(yàn)批次可能...
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spike-in的那些事日常掰瞎 ??第一眼看到spike-in這個詞悍赢，首先想到了以下兩個問題：??spike-in是什么？??所謂spike-in就是適用于所有應(yīng)用的摻入質(zhì)控品，包含多個不同的 D...
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CibersortX的替代者BayesPrism用單細(xì)胞數(shù)據(jù)去卷積得到普通轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞類型比例CibersortX網(wǎng)站是常用的工具左权，但是是網(wǎng)頁上傳數(shù)據(jù)皮胡，現(xiàn)在網(wǎng)頁503打不開，而BayesPrism在PMID: 37717006[https://pubmed.ncbi....
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卑微的生信人，如果我的帖子對你有幫助锌杀，麻煩點(diǎn)點(diǎn)贊哦
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怎么去進(jìn)行基因組的組裝有很多伙伴烹笔，都在進(jìn)行基因組的組裝，但是具體需要干什么抛丽，從什么地方開始谤职，下一步又應(yīng)該做什么?并不是很了解。我用下面一份流程圖來簡單的說一下亿鲜，整個基因組組裝應(yīng)該做些什么允蜈。也是我組...
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秘籍 | 驚了，使用aspera下載SRA數(shù)據(jù)速度高達(dá) 291Mb/s
2024年5月20日更新：目前大家可以參考這篇??蒿柳，更加方便：生信 | 超便捷饶套！iSeq同時支持快速下載GSA/SRA/ENA的數(shù)據(jù)[https://www.jianshu.c...
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生信 | 三維基因組技術(shù)（五）：TAD 分析流程寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.TAD 2.TAD分析流程...
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生信 | 三維基因組技術(shù)（四）：Compartment 分析流程寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Compartment計算...
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生信 | 三維基因組技術(shù)（三）：Hi-C 數(shù)據(jù)比對及HiC-Pro的使用寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Hi-C原理簡介 1.1 ...
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生信 | 三維基因組技術(shù)（二）：Hi-C輔助組裝與Lachesis的使用寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Hi-C 輔助組裝（PGA...
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生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（五）：三代數(shù)據(jù)糾錯gcpp、racon寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.三代數(shù)據(jù)糾錯 ：gcpp[...
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生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（四）：組裝軟件mecat2圾叼、flye蛤克、wtdbg2、Canu夷蚊、Falcon寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.基因組概念 基因組應(yīng)該指單...