DNA甲基化是一種基本的表觀遺傳標記，可以調(diào)控基因表達和染色質(zhì)組裝，從而為研究細胞身份和發(fā)育過程提供了重要視角眯娱。當前已有的數(shù)據(jù)集通常只包括部分甲基化位點，并且常撑种颍基于在培養(yǎng)過...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
-
Nature：WGBS揭示最全正常人類細胞類型的綜合DNA甲基化圖譜 -
TO-GCN#軟件下載 GitHub - petitmingchang/TO-GCN: Pipeline of time-ordered gene coexpression networ...
-
生信分析：兩條件時間序列轉(zhuǎn)錄組的基因共表達網(wǎng)絡(luò)前一篇推送為大家解讀了2019年發(fā)表的PNAS文章临扮，介紹了如何利用兩組時間序列轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)構(gòu)建特定的基因共表達網(wǎng)絡(luò)以及利用這個網(wǎng)絡(luò)可以得到哪些信息毡咏。 這一期推送聚焦于具體的分析...
-
可變剪切——可變剪接及其表觀遺傳調(diào)控
Original 表觀遺傳學(xué)習(xí)小組 Epigenetics表觀遺傳學(xué) 本文根據(jù) 2016 年 8 月復(fù)旦大學(xué)倪挺教授在「表觀基因組學(xué)暑期國際講習(xí)班」中的報告整理而成，本文采用...
-
RNAseq轉(zhuǎn)錄組分析流程：fastp+hisat2+samtools+featureCounts+DESeq2
使用工具 fastp(質(zhì)控), hisat2(比對), samtools(sam文件轉(zhuǎn)bam文件), featureCounts(count計數(shù)), DESeq2(差異分析)...
-
基因表達趨勢分析-2：Mfuzz基因表達趨勢分析-1：TCseq[http://www.reibang.com/p/b808085c7351] Mfuzz能夠識別表達譜的潛在時間序列模式球化，并將相似模式的基...
-
1.CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)（1）跟著官網(wǎng)[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]學(xué)習(xí)CUT&Tag數(shù)據(jù)分析秽晚，參考：protocol[https://w...
-
GO-plot:超好看的GO富集可視化以下代碼均來自GO-plot的manual（GOplot (wencke.github.io)[https://wencke.github.io/]）。GO-plot用條形圖...
-
DNA甲基化測序之TAPS日常掰蝦 ??前面分別學(xué)習(xí)了DNA甲基化的基礎(chǔ)知識和甲基化BS-seq的分析方法赊窥，不知道的同學(xué)可以戳這里爆惧，DNA甲基化知識概述[https://mp.weixin.qq.co...
-
【生信實戰(zhàn)】只會GO/KEGG狸页，何不試試Reactome數(shù)據(jù)庫進行富集分析REACTOME 是一個開源锨能、放開、人工整理并經(jīng)過同行評審的通路數(shù)據(jù)庫芍耘。目標是為各個通路提供可視化址遇、可解釋的分析，以支持基礎(chǔ)研究斋竞、臨床研究倔约、基因組分析、建模坝初、系統(tǒng)生物學(xué)等浸剩。 ...
-
可變剪切分析及可視化可變剪切的可視化 ggsashimi.py 從github https://github.com/guigolab/ggsashimi[https://github.com/...
-
SRA Toolkit - prefetch 快速下載NCBI SRA數(shù)據(jù)sratoolkit 是NCBI提供的用于處理來自SRA 數(shù)據(jù)庫測序數(shù)據(jù)的一個工具包。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 sratoolkit 下載 首先鳄袍，下載最...
-
@愚人自愈_f911 我是這么理解的
2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個人分析記錄貼）
0_1 前言 有時間再詳細寫introduction绢要。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來，后續(xù)持續(xù)更新拗小。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
-
@許東 過濾的時候一般都是成對保留重罪，不應(yīng)該出現(xiàn)個數(shù)不匹配的情況，看一下fastp參數(shù)
2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個人分析記錄貼）
0_1 前言 有時間再詳細寫introduction哀九。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來剿配，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
-
【單細胞】軌跡分析-slingshot軌跡推斷/分析是研究細胞動力學(xué)的重要方法阅束，它是單細胞研究應(yīng)用中一種常見的手段呼胚。目前已經(jīng)開發(fā)出了大量的軌跡分析算法，最常用是monocle系列（前面我們介紹的也有）息裸，這些算法都...
-
Metilene：尋找差異甲基化區(qū)域（DMR）Manual解讀+實操是我自己的理解+操作筆記 1 Introduction 二進制分割算法與二維統(tǒng)計測試相結(jié)合蝇更，允許在幾分鐘內(nèi)檢測多組樣本的大型甲基化實驗中的 DMR，而不是使用現(xiàn)成的硬件幾天界牡。...
-
簡書筆記匯總
以下是我簡書里所有的文章鏈接簿寂，按不同的專題分類，方便大家根據(jù)不同專題以及文章題目快速的查看所需內(nèi)容宿亡。 持續(xù)更新中~ Linux學(xué)習(xí)筆記 《Linux命令行與shell腳本編程...
-
CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（2）在開始筆記之前我只想吐槽一下常遂，官網(wǎng)里這一部分的代碼錯的離譜！Ｍ燔克胳！各種報錯報的我懷疑人生平绩。。漠另。 第四節(jié) 比對結(jié)果過濾和文件格式轉(zhuǎn)換 （一）利用比對質(zhì)量過濾比對上的【可選步驟】 ...
-
CUT&Tag的分析——demo重復(fù)其他拓展閱讀 http://www.reibang.com/p/27e91c8dac2f[http://www.reibang.com/p/27e91c8dac2f] #...
-
CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析（1）官網(wǎng)給的參數(shù)其實大多也是默認參數(shù)捏雌，建議使用管道符或者for循環(huán)，事半功倍笆搓，不然運行時間太長了性湿。 1.檢測數(shù)據(jù)完整性 公司拿到的數(shù)據(jù)無論是cleandata還是rawdata，...