森言森語(yǔ) 眼看著十一月又到中旬,時(shí)間是過得真快。一個(gè)多月沒怎么寫東西了挨决,實(shí)際上是有些懶。 這不馬上就要開題論證了订歪,聽說定量是最受學(xué)生喜愛的實(shí)驗(yàn)了脖祈。 于是我也準(zhǔn)備趕在開題之前在...
森言森語(yǔ) 眼看著十一月又到中旬,時(shí)間是過得真快。一個(gè)多月沒怎么寫東西了挨决,實(shí)際上是有些懶。 這不馬上就要開題論證了订歪,聽說定量是最受學(xué)生喜愛的實(shí)驗(yàn)了脖祈。 于是我也準(zhǔn)備趕在開題之前在...
引物設(shè)計(jì)是 qPCR[https://www.biomart.cn/supply/10010115.htm] 非常重要的環(huán)節(jié)。今天小編給大家推薦 2 款簡(jiǎn)單實(shí)用的在線 qPC...
基因功能注釋需要蛋白文件陌粹,有時(shí)候注釋或下載的基因組沒有蛋白文件撒犀,需提取并轉(zhuǎn)換,據(jù)師兄師弟說gffread提取結(jié)果有問題掏秩,可能造成移碼等或舞,因此使用TBtools進(jìn)行提取并轉(zhuǎn)...
由于沒有服務(wù)器,只能自己搗鼓著用windows的cmd命令行來批量下載一些數(shù)據(jù)蒙幻,但是windows下高通量測(cè)序數(shù)據(jù)(如sra)下載體驗(yàn)真的很差映凳,沒辦法,只能硬著頭皮去搞 一邮破、...
前言 本文分享如何從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)下載我們需要的數(shù)據(jù),進(jìn)行我們自己的數(shù)據(jù)分析抒和。該過程的思路相對(duì)清晰矫渔,主要需要完成以下三個(gè)步驟。 1. SRA ID 號(hào)查詢 1.1. 我們需要...
簡(jiǎn)寫 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千個(gè)堿基的轉(zhuǎn)錄每百萬映射讀取的rea...
寫在前面:參考-# 給學(xué)徒ChIP-seq數(shù)據(jù)處理流程[http://www.reibang.com/p/1384173c353b] 目錄軟件安裝[https://www....
寫在前面 目前,有大量物種的基因組序列和注釋信息公布油够。幾乎所有科研人員都可以下載并使用這些數(shù)據(jù)蚁袭,分析和驗(yàn)證自己的科研假設(shè)。常常石咬,我們會(huì)遇到一些小問題揩悄,比如基因組序列文件中包含...
早先寫過,但是有不少朋友還是在后臺(tái)留言鬼悠,無法完全重復(fù)删性。我仔細(xì)看了之后發(fā)現(xiàn),的確是我在有些細(xì)節(jié)上寫的不夠詳細(xì)厦章。但是不想去完善了镇匀。畢竟tbtools的實(shí)現(xiàn)邏輯已經(jīng)很簡(jiǎn)單了。 那就...
寫在前面 做生信數(shù)據(jù)分析時(shí),最常遇到的問題群发,仍然是文本處理晰韵。主要原因簡(jiǎn)單,我們永遠(yuǎn)不知道上一個(gè)人會(huì)給我們什么樣的東西熟妓,而我們要的又常常不是他們給的雪猪。基于 GFF 提取 CDS...
多組學(xué)研究思路以及寫作 非生物脅迫 類型干旱脅迫、鹽脅迫阐污、低溫脅迫休涤、高光/UV-B脅迫、高溫笛辟、重金屬功氨、機(jī)械損傷、營(yíng)養(yǎng)缺乏等 影響地理分布手幢、產(chǎn)量捷凄、糧食安全 大牛朱健康、鞏志忠围来、...
蛋白質(zhì)都是由相似的小型結(jié)構(gòu)域組成的。如果我們有若干個(gè)已知的蛋白序列醇滥,那我們就可以根據(jù)這些蛋白序列比較其含有的保守域黎比,尋找在蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)中上是否也有一樣保守域的蛋白。而后根據(jù)統(tǒng)計(jì)...
最近有小伙伴問為怎么多快好省的發(fā)個(gè)論文順利畢業(yè)鸳玩,作為生物圈里的當(dāng)事人當(dāng)然推薦基因家族分析了阅虫,于是乎準(zhǔn)備整理這一系列文檔。在本文檔中我主要側(cè)重于后續(xù)的數(shù)據(jù)可視化不跟,因?yàn)槲锓N不同數(shù)...
https://ngs-data-for-pathogen-analysis.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html
1漆诽、樣品RNA的抽提 ①取凍存已裂解的細(xì)胞侮攀,室溫放置5分鐘使其完全溶解。 ②兩相分離 每1ml的TRIZOL試劑裂解的樣品中加入0.2ml的氯仿厢拭,蓋緊管蓋兰英。手動(dòng)劇烈振蕩管體1...
操作步驟 (請(qǐng)自行準(zhǔn)備無水乙醇、異丙醇蚪腐、滅菌 1.5mL 離心管) : 1. 取出洗滌液箭昵,按以下操作: a) 洗滌液 A:按終濃度 30%比例加入無水乙醇,如 7mL 加入 ...