森言森語(yǔ) 眼看著十一月又到中旬，時(shí)間是過(guò)得真快第练。一個(gè)多月沒(méi)怎么寫(xiě)東西了篱昔，實(shí)際上是有些懶每强。 這不馬上就要開(kāi)題論證了，聽(tīng)說(shuō)定量是最受學(xué)生喜愛(ài)的實(shí)驗(yàn)了州刽。 于是我也準(zhǔn)備趕在開(kāi)題之前在...
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批量設(shè)計(jì)qPCR引物红伦，可最大限度滿(mǎn)足qPCR引物設(shè)計(jì)的黃金法則 -
qPCR引物設(shè)計(jì)與驗(yàn)證引物設(shè)計(jì)是 qPCR[https://www.biomart.cn/supply/10010115.htm] 非常重要的環(huán)節(jié)空执。今天小編給大家推薦 2 款簡(jiǎn)單實(shí)用的在線(xiàn) qPC...
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使用TBtools提取基因組CDS并轉(zhuǎn)換成蛋白文件基因功能注釋需要蛋白文件，有時(shí)候注釋或下載的基因組沒(méi)有蛋白文件穗椅，需提取并轉(zhuǎn)換脆烟，據(jù)師兄師弟說(shuō)gffread提取結(jié)果有問(wèn)題，可能造成移碼等房待，因此使用TBtools進(jìn)行提取并轉(zhuǎn)...
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Window下如何下載SRA數(shù)據(jù)跑DADA2流程由于沒(méi)有服務(wù)器，只能自己搗鼓著用windows的cmd命令行來(lái)批量下載一些數(shù)據(jù)驼抹，但是windows下高通量測(cè)序數(shù)據(jù)（如sra）下載體驗(yàn)真的很差桑孩，沒(méi)辦法，只能硬著頭皮去搞 一框冀、...
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如何下載sra數(shù)據(jù)流椒，轉(zhuǎn)化fastq進(jìn)行分析
前言 本文分享如何從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)下載我們需要的數(shù)據(jù)，進(jìn)行我們自己的數(shù)據(jù)分析明也。該過(guò)程的思路相對(duì)清晰宣虾，主要需要完成以下三個(gè)步驟惯裕。 1. SRA ID 號(hào)查詢(xún) 1.1. 我們需要...
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RPKM、FPKM绣硝、TPM詳解
簡(jiǎn)寫(xiě) RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千個(gè)堿基的轉(zhuǎn)錄每百萬(wàn)映射讀取的rea...
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[實(shí)戰(zhàn)1] Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II variant, and regulates me...寫(xiě)在前面：參考-# 給學(xué)徒ChIP-seq數(shù)據(jù)處理流程[http://www.reibang.com/p/1384173c353b] 目錄軟件安裝[https://www....
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實(shí)用蜻势！便攜且高效 去除 基因組序列和注釋 碎片寫(xiě)在前面 目前，有大量物種的基因組序列和注釋信息公布鹉胖。幾乎所有科研人員都可以下載并使用這些數(shù)據(jù)握玛，分析和驗(yàn)證自己的科研假設(shè)。常常甫菠，我們會(huì)遇到一些小問(wèn)題挠铲，比如基因組序列文件中包含...
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物種間共線(xiàn)性circos——作圖步驟早先寫(xiě)過(guò)，但是有不少朋友還是在后臺(tái)留言寂诱，無(wú)法完全重復(fù)拂苹。我仔細(xì)看了之后發(fā)現(xiàn)，的確是我在有些細(xì)節(jié)上寫(xiě)的不夠詳細(xì)痰洒。但是不想去完善了瓢棒。畢竟tbtools的實(shí)現(xiàn)邏輯已經(jīng)很簡(jiǎn)單了。 那就...
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「TBtools」提取的 CDS 序列 ID 很復(fù)雜带迟，怎么辦音羞？寫(xiě)在前面 做生信數(shù)據(jù)分析時(shí)，最常遇到的問(wèn)題仓犬，仍然是文本處理嗅绰。主要原因簡(jiǎn)單，我們永遠(yuǎn)不知道上一個(gè)人會(huì)給我們什么樣的東西搀继，而我們要的又常常不是他們給的窘面。基于 GFF 提取 CDS...
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非生物脅迫專(zhuān)題——從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)到文章寫(xiě)作多組學(xué)研究思路以及寫(xiě)作 非生物脅迫 類(lèi)型干旱脅迫、鹽脅迫黑滴、低溫脅迫憨募、高光/UV-B脅迫、高溫袁辈、重金屬菜谣、機(jī)械損傷、營(yíng)養(yǎng)缺乏等 影響地理分布、產(chǎn)量尾膊、糧食安全 大牛朱健康媳危、鞏志忠、...
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中科院遺傳發(fā)育所在讀博士，研究水稻莺债。關(guān)注植物免疫和群體遺傳進(jìn)化滋觉，經(jīng)常摸魚(yú)學(xué)生信。同名CSDN分享代碼齐邦，歡迎圍觀(guān)~
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生信步驟｜MAFFT結(jié)合HMMER進(jìn)行多序列比對(duì)和基于隱馬模型的基因搜索蛋白質(zhì)都是由相似的小型結(jié)構(gòu)域組成的椎侠。如果我們有若干個(gè)已知的蛋白序列，那我們就可以根據(jù)這些蛋白序列比較其含有的保守域措拇，尋找在蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)中上是否也有一樣保守域的蛋白我纪。而后根據(jù)統(tǒng)計(jì)...
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基因家族分析(1) 基因家族成員的鑒定
最近有小伙伴問(wèn)為怎么多快好省的發(fā)個(gè)論文順利畢業(yè)，作為生物圈里的當(dāng)事人當(dāng)然推薦基因家族分析了丐吓，于是乎準(zhǔn)備整理這一系列文檔浅悉。在本文檔中我主要側(cè)重于后續(xù)的數(shù)據(jù)可視化，因?yàn)槲锓N不同數(shù)...
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病原微生物高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析筆記
https://ngs-data-for-pathogen-analysis.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html
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專(zhuān)注分子生物學(xué)
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實(shí)時(shí)熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)步驟
1、樣品RNA的抽提 ①取凍存已裂解的細(xì)胞褂删，室溫放置5分鐘使其完全溶解飞醉。 ②兩相分離 每1ml的TRIZOL試劑裂解的樣品中加入0.2ml的氯仿，蓋緊管蓋屯阀。手動(dòng)劇烈振蕩管體1...
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細(xì)胞RNA提取的操作步驟
操作步驟 （請(qǐng)自行準(zhǔn)備無(wú)水乙醇缅帘、異丙醇、滅菌 1.5mL 離心管） ： 1. 取出洗滌液难衰，按以下操作： a) 洗滌液 A：按終濃度 30%比例加入無(wú)水乙醇股毫，如 7mL 加入 ...
