R語(yǔ)言傳參快速使用腳本 簡(jiǎn)便版 進(jìn)階版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包傳參 補(bǔ)充：系統(tǒng)自帶的傳參方法commandAr...
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R語(yǔ)言傳參2022-08-24
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基礎(chǔ)——illumina測(cè)序原理與細(xì)節(jié)（以RNA-seq為例）目前我們主要分析的數(shù)據(jù)還是二代測(cè)序的數(shù)據(jù)往枷，也就是大家經(jīng)常掛在嘴邊的 NGS，而這其中最大的贏家應(yīng)該算是 illumina 測(cè)序公司了凄杯，其經(jīng)典的邊合成邊測(cè)序（sequencin...
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R語(yǔ)言數(shù)據(jù)處理替換操作（含gsub函數(shù)常用示例）——實(shí)戰(zhàn)單細(xì)胞信息注釋函數(shù) 2022-07-01
適用背景 在R語(yǔ)言中错洁，我們需要對(duì)字符串、向量和數(shù)據(jù)框等數(shù)據(jù)類型進(jìn)行替換操作戒突，有時(shí)候是因?yàn)樾枰鼡Q別名屯碴，有時(shí)候是因?yàn)閿?shù)據(jù)存在錯(cuò)誤需要修正，有時(shí)候則是因?yàn)樾枰獎(jiǎng)h除某些信息膊存。本文將...
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跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進(jìn)行跨物種比較分析時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)基因名對(duì)不上导而，或者找不到基因，這時(shí)候就需要進(jìn)行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換隔崎。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt今艺，另外還查到NCB...
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用k-mer分析進(jìn)行基因組調(diào)查：（一）基本原理（全文5058字） 【推薦】用Smudgeplot評(píng)估物種倍性后，用組合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍體物種的基因組調(diào)查爵卒，用組合KMC+GenomeS...
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Seurat提速——并行化（future包）2022-06-07關(guān)鍵詞 Parallelization in Seurat Seurat 并行化 Seurat 加快運(yùn)行速度 Seurat 并行運(yùn)算 Seurat 提高效率 Seurat 加...
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空間組數(shù)據(jù)和單細(xì)胞數(shù)據(jù)的相關(guān)性分析（Seurat）2022-05-20相似關(guān)鍵詞 單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組與單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 適用背景 近年來钓株，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序異呈的担火爆，而與其類似的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序很有可能成為...
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HiC相關(guān)概念總結(jié)前言 ??現(xiàn)在想來接觸HiC的數(shù)據(jù)也有幾個(gè)月的時(shí)間了轴合，就想著總結(jié)一下關(guān)于HiC的一些特定名詞创坞，下面一張圖基本完美詮釋了基因組的3D結(jié)構(gòu)以及分析時(shí)經(jīng)常見到的名詞： 轉(zhuǎn)載內(nèi)容 ?...
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡(jiǎn)書推送，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯(cuò)誤地描述為“全基因組共線性”受葛。這是兩個(gè)完全不同的概念题涨，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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Hi-C | 基礎(chǔ)介紹一总滩、技術(shù)原理 基因組研究的維度可以分為很多種纲堵，例如下圖所示 其中Hi-C是研究三維結(jié)構(gòu)的一種方法。Hi-C技術(shù)源于染色體構(gòu)象捕獲（Chromosome Conformatio...
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Hi-C技術(shù)發(fā)展一咳秉、 Hi-C Hi-C(High-through chromosome conformation capture )技術(shù)源于染色體構(gòu)象捕獲（Chromosome confo...
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被子植物系統(tǒng)發(fā)育位置 雜記被子植物中婉支，無油樟目（Amborellales）鸯隅、睡蓮目（Nymphaeales）和木蘭藤目（Austrobaileyales）并稱基部被子植物類群澜建，取首字母組合成了ANA ...
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收錄比較基因組學(xué)炕舵，進(jìn)化基因組學(xué)何之，群體基因組學(xué)，分子進(jìn)化咽筋，及相關(guān)領(lǐng)域的各類文章溶推。特別地。由于是簡(jiǎn)書奸攻，建樹的內(nèi)容當(dāng)然是必不可少了蒜危。 歡迎大家投稿
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關(guān)心一下你的研究材料窖梁？農(nóng)林牧漁~寫在前面 很多時(shí)候赘风，我們會(huì)看到一些文稿，上來就是“我研究的物種如何如何重要”纵刘。其中邀窃，最有說服力的，或許就是假哎，基于“FAO STAT”蛔翅，品類產(chǎn)量幾何幾何。以前位谋，我也不多關(guān)注這個(gè)...
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chromosome---基因家族成員在染色體上的分布及共線性圖首先介紹如何在染色體上標(biāo)注基因家族成員位置山析。先上圖： 要實(shí)現(xiàn)這個(gè)圖需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件，一個(gè)基因組格式化的fai文件掏父，該文件的獲取在： 需要注意的一點(diǎn)是笋轨，有些同學(xué)可能動(dòng)過了自己的...
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全球首次！中國(guó)熱科院椰子所聯(lián)合華大基因公布海南檳榔全基因組
近日赊淑，中國(guó)熱科院椰子所聯(lián)合華大基因完成了檳榔（Areca catechuL.）基因組測(cè)序拼接及分析工作爵政，全球首次完成及公布海南檳榔全基因組測(cè)序。研究成果以“Chromosom...
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從fasta文件中批量提取特定序列
如題陶缺，目的是從fasta文件中批量提取特定的基因序列.實(shí)現(xiàn)辦法有幾種： perl腳本：CSDN博主「little^raccoon」的原創(chuàng)文章perl實(shí)現(xiàn)根據(jù)序列ID從提取fa...
