seurat涉及的數(shù)據(jù)分析包括很多步驟。之前只顧著干活兒，也沒有系統(tǒng)的整理過分析中的具體內(nèi)容疫铜。這里就參照網(wǎng)上大神們分享的帖子柱嫌，來梳理一下秘通。 1也物、讀入數(shù)據(jù)杯道。 這個函數(shù)就是根據(jù)輸...
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單細(xì)胞seurat包的原理解析 -
10X單細(xì)胞軌跡分析（擬時分析）之cytotracehello夹厌，大家好豹爹，這次我們來分享一下做軌跡分析的軟件----CytoTRACE,文章在Single-cell transcriptional diversity is a ...
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AUCell：計(jì)算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個細(xì)胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來計(jì)算輸入基因集的一個關(guān)鍵子集是...
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跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(十一):單細(xì)胞基因評分|AUCell評分
更多精彩請至我的公眾號《KS科研分享與服務(wù)》 第一次接觸基因評分是在一篇文章中矛纹，也不知道這樣的叫法對不對臂聋，作者選定了幾個炎癥基因，利用seurat包的一個打分函數(shù)AddMod...
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AUCell | 識別單細(xì)胞對“基因集”的響應(yīng)AUCell可以識別sc-RNA數(shù)據(jù)中具有活躍基因集或基因模塊的細(xì)胞,即可以將某個通路的富集情況展現(xiàn)在聚類的細(xì)胞上，從而可以鑒定具有特定基因特征的細(xì)胞群孩等。AUCell使用“A...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF艾君，motifs）-SCENIC相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過SCENIC的使用，這兒肄方，針對我自己對SCENIC的學(xué)習(xí)使用冰垄，遇到的問題做一個詳細(xì)的講解說明，希望能對大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助权她。 SC...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析流程回顧一下：什么是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)虹茶？ 細(xì)胞異質(zhì)性是生物組織的普遍特征。由于傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-Seq)技術(shù)的測序水平是在個體或群體水平上對數(shù)萬個細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序隅要，因...
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Nature Communications最新項(xiàng)目文章 ｜小膠質(zhì)細(xì)胞在小鼠脊髓修復(fù)過程中協(xié)調(diào)細(xì)胞相互作用2022年7月14日蝴罪，來自俄亥俄州立大學(xué)的 Phillip G Popovich 團(tuán)隊(duì)在《Nature Communications》上發(fā)表了題為“Microglia coo...
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IF 41！腫瘤單細(xì)胞研究新思路：乳腺癌中新巨噬細(xì)胞類群發(fā)現(xiàn)與研究在我國步清，乳腺癌發(fā)病率呈逐漸上升趨勢要门，是嚴(yán)重危害婦女健康的惡性腫瘤。巨噬細(xì)胞是乳腺癌微環(huán)境的主要細(xì)胞類型廓啊。腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞通常具有促癌和免疫抑制功能欢搜，與不良預(yù)后相關(guān)，但也有報道...
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8.4分，基于M2巨噬細(xì)胞相關(guān)基因的分型文章书聚，可結(jié)合單細(xì)胞對本文進(jìn)一步升級唧领！生信小課堂 本文的思路是通過WGCNA分析識別了某種免疫細(xì)胞相關(guān)的marker基因，然后利用這些基因進(jìn)行預(yù)后模型的構(gòu)建雌续。事實(shí)上斩个，預(yù)后模型的文章已經(jīng)不好發(fā)了，甚至有的審稿人看到...
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七福飲：（白叔）遠(yuǎn)歸驯杜，當(dāng)?shù)厝顺矗ㄋ釛棧?白術(shù)受啥、遠(yuǎn)志、當(dāng)歸鸽心，熟地黃滚局、人參、甘草顽频、酸棗仁 普濟(jì)消毒飲：陳勝巧攔截牛和馬藤肢，才將秦（國老）聯(lián)系 =陳皮、（勝=升=升麻）糯景、連翹嘁圈、板藍(lán)根...
