seurat涉及的數(shù)據(jù)分析包括很多步驟概荷。之前只顧著干活兒示损，也沒有系統(tǒng)的整理過(guò)分析中的具體內(nèi)容。這里就參照網(wǎng)上大神們分享的帖子削葱，來(lái)梳理一下。 1、讀入數(shù)據(jù)杆兵。 這個(gè)函數(shù)就是根據(jù)輸...
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單細(xì)胞seurat包的原理解析 -
10X單細(xì)胞軌跡分析（擬時(shí)分析）之cytotracehello，大家好仔夺，這次我們來(lái)分享一下做軌跡分析的軟件----CytoTRACE,文章在Single-cell transcriptional diversity is a ...
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AUCell：計(jì)算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個(gè)細(xì)胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識(shí)別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞琐脏。AUCell使用曲線下面積來(lái)計(jì)算輸入基因集的一個(gè)關(guān)鍵子集是...
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跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(十一):單細(xì)胞基因評(píng)分|AUCell評(píng)分
更多精彩請(qǐng)至我的公眾號(hào)《KS科研分享與服務(wù)》 第一次接觸基因評(píng)分是在一篇文章中，也不知道這樣的叫法對(duì)不對(duì)缸兔，作者選定了幾個(gè)炎癥基因日裙，利用seurat包的一個(gè)打分函數(shù)AddMod...
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AUCell | 識(shí)別單細(xì)胞對(duì)“基因集”的響應(yīng)AUCell可以識(shí)別sc-RNA數(shù)據(jù)中具有活躍基因集或基因模塊的細(xì)胞,即可以將某個(gè)通路的富集情況展現(xiàn)在聚類的細(xì)胞上，從而可以鑒定具有特定基因特征的細(xì)胞群惰蜜。AUCell使用“A...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF昂拂，motifs）-SCENIC相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過(guò)SCENIC的使用，這兒抛猖，針對(duì)我自己對(duì)SCENIC的學(xué)習(xí)使用格侯，遇到的問(wèn)題做一個(gè)詳細(xì)的講解說(shuō)明鼻听，希望能對(duì)大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助。 SC...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析流程回顧一下：什么是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)联四？ 細(xì)胞異質(zhì)性是生物組織的普遍特征撑碴。由于傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-Seq)技術(shù)的測(cè)序水平是在個(gè)體或群體水平上對(duì)數(shù)萬(wàn)個(gè)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，因...
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Nature Communications最新項(xiàng)目文章 ｜小膠質(zhì)細(xì)胞在小鼠脊髓修復(fù)過(guò)程中協(xié)調(diào)細(xì)胞相互作用2022年7月14日碎连，來(lái)自俄亥俄州立大學(xué)的 Phillip G Popovich 團(tuán)隊(duì)在《Nature Communications》上發(fā)表了題為“Microglia coo...
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IF 41灰羽！腫瘤單細(xì)胞研究新思路：乳腺癌中新巨噬細(xì)胞類群發(fā)現(xiàn)與研究在我國(guó)，乳腺癌發(fā)病率呈逐漸上升趨勢(shì)鱼辙，是嚴(yán)重危害婦女健康的惡性腫瘤廉嚼。巨噬細(xì)胞是乳腺癌微環(huán)境的主要細(xì)胞類型。腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞通常具有促癌和免疫抑制功能倒戏，與不良預(yù)后相關(guān)怠噪，但也有報(bào)道...
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8.4分傍念，基于M2巨噬細(xì)胞相關(guān)基因的分型文章，可結(jié)合單細(xì)胞對(duì)本文進(jìn)一步升級(jí)葛闷！生信小課堂 本文的思路是通過(guò)WGCNA分析識(shí)別了某種免疫細(xì)胞相關(guān)的marker基因憋槐，然后利用這些基因進(jìn)行預(yù)后模型的構(gòu)建。事實(shí)上淑趾，預(yù)后模型的文章已經(jīng)不好發(fā)了阳仔，甚至有的審稿人看到...
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七福飲：（白叔）遠(yuǎn)歸，當(dāng)?shù)厝顺矗ㄋ釛棧?白術(shù)扣泊、遠(yuǎn)志近范、當(dāng)歸，熟地黃延蟹、人參评矩、甘草、酸棗仁 普濟(jì)消毒飲：陳勝巧攔截牛和馬阱飘，才將秦（國(guó)老）聯(lián)系 =陳皮斥杜、（勝=升=升麻）、連翹沥匈、板藍(lán)根...
